83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3586 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_3586  putative penicillinase repressor, transcriptional regulatory protein  100 
 
 		 126 aa  255  1e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0551529 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3889  CopY family transcriptional regulator  55.17 
 
 		 133 aa  135  3.0000000000000003e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.976085 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3667  transcriptional repressor, CopY family  29.06 
 
 		 130 aa  65.1  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1873  transcriptional regulator  29.75 
 
 		 155 aa  63.5  0.000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000000171303  hitchhiker  0.00000000171103 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1006  penicillinase repressor  35.85 
 
 		 132 aa  62  0.000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1078  penicillinase repressor  35.85 
 
 		 132 aa  62  0.000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0993  beta-lactamase (penicillinase) repressor  34.91 
 
 		 132 aa  59.3  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1175  penicillinase repressor  34.91 
 
 		 133 aa  58.9  0.00000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3352  transcriptional repressor, CopY family  30.61 
 
 		 128 aa  58.9  0.00000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1110  penicillinase repressor  34.91 
 
 		 133 aa  57.8  0.00000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0560  transcriptional repressor, CopY family  29.7 
 
 		 149 aa  55.5  0.0000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000000680415  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0628  copper transport repressor, CopY/TcrY family  29.7 
 
 		 161 aa  55.1  0.0000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.922307 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2407  penicillinase repressor  35.92 
 
 		 133 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1264  transcriptional repressor CopY, putative  29.7 
 
 		 148 aa  54.7  0.0000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.352624  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5186  transcriptional repressor, CopY family  29.52 
 
 		 121 aa  54.3  0.0000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3788  transcriptional repressor, CopY family  30.91 
 
 		 124 aa  53.5  0.0000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00024943  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1547  negative transcriptional regulator - copper transport operon  30.21 
 
 		 143 aa  52.8  0.000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07976  putative antibiotic resistance-related regulatory protein  24.58 
 
 		 121 aa  52.8  0.000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0578  penicillinase repressor  27.35 
 
 		 126 aa  53.5  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3341  CopY family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 131 aa  52.8  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3296  CopY family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 125 aa  52  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2616  transcriptional repressor, CopY family  28.18 
 
 		 124 aa  52  0.000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3753  transcriptional repressor, CopY family  23.81 
 
 		 122 aa  50.8  0.000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.188052  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5968  transcriptional repressor, CopY family  29.46 
 
 		 119 aa  50.4  0.000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.930871 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0948  CopY family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 142 aa  50.1  0.00001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000394556  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3732  CopY family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 136 aa  49.7  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.557988  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2641  transcriptional regulator, TrmB  29.07 
 
 		 127 aa  49.7  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0464026  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2772  CopY family transcriptional regulator  23.48 
 
 		 122 aa  48.9  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00766879  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0384  transcriptional repressor CopY  44.44 
 
 		 138 aa  48.9  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2770  CopY family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 122 aa  48.5  0.00003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.23877  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1663  transcriptional repressor, CopY family  37.84 
 
 		 114 aa  48.1  0.00004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000951511  normal  0.067843 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37280  predicted transcriptional regulator  41.89 
 
 		 127 aa  48.1  0.00004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.122249 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6520  transcriptional repressor, CopY family  24.37 
 
 		 126 aa  47.4  0.00006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.818398  normal  0.183506 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0255  CopY family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 185 aa  47  0.00008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2916  transcriptional regulator  45.59 
 
 		 154 aa  47.4  0.00008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.214905  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3585  transcriptional repressor, CopY family protein  37.88 
 
 		 124 aa  46.6  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0214  Penicillinase repressor  23.81 
 
 		 125 aa  45.8  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.156446 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07470  transcriptional regulator  25.49 
 
 		 117 aa  45.8  0.0002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.717379  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3225  transcriptional repressor, CopY family  40.98 
 
 		 121 aa  46.2  0.0002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.182385  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0076  transcriptional repressor, CopY family  30.68 
 
 		 128 aa  45.4  0.0002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.726818  normal  0.662911 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2519  methicillin-resistance regulatory protein MecI  20 
 
 		 123 aa  45.8  0.0002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0200801  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0031  penicillinase repressor  20 
 
 		 123 aa  45.8  0.0002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0031  CopY family transcriptional regulator  20 
 
 		 123 aa  45.8  0.0002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0684  transcriptional repressor, CopY family  33.71 
 
 		 133 aa  45.1  0.0004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0951  transcriptional repressor, CopY family  39.19 
 
 		 118 aa  44.7  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.778736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2853  CopY family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 148 aa  45.1  0.0004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4332  transcriptional repressor, CopY family  40 
 
 		 120 aa  43.9  0.0008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.781234 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1459  penicillinase repressor  22.88 
 
 		 126 aa  43.5  0.001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00000472068  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1141  Penicillinase repressor  26.32 
 
 		 127 aa  43.5  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3999  transcriptional regulator, TrmB  28.57 
 
 		 125 aa  43.5  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2747  CopY family transcriptional regulator  22.88 
 
 		 126 aa  43.1  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.513766  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3721  transcriptional repressor, CopY family  23.81 
 
 		 124 aa  43.1  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.229138 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3609  transcriptional repressor, CopY family  35.71 
 
 		 121 aa  43.5  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0225174  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2824  penicillinase repressor  22.88 
 
 		 126 aa  43.1  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.167752  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4544  transcriptional repressor, CopY family  40.32 
 
 		 125 aa  43.1  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0241416  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3208  CopY family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 125 aa  43.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.448139  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0677  penicillinase repressor  34.43 
 
 		 133 aa  42.7  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2616  CopY family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 133 aa  42.4  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.940233  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07786  putative antibiotic resistance-related regulatory protein  22.86 
 
 		 155 aa  42.4  0.002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2994  CopY family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 124 aa  42.7  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1882  CopY family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 140 aa  42.7  0.002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.128581  normal  0.417671 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2928  CopY family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 122 aa  42.7  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.315918  normal  0.877498 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9018  transcriptional repressor, CopY family  37.29 
 
 		 119 aa  42.4  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.247062 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5737  CopY family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 130 aa  42  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006663  SEA0005  penicillinase repressor  23.36 
 
 		 117 aa  41.6  0.003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.014635  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5639  transcriptional repressor, CopY family  38.24 
 
 		 131 aa  42  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0388648 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3766  transcriptional repressor, CopY family  36.25 
 
 		 116 aa  42  0.003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0962354  normal  0.434319 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4388  transcriptional regulator, TrmB  28.57 
 
 		 125 aa  41.6  0.003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.503101 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0825  penicillinase repressor  40.54 
 
 		 144 aa  41.2  0.005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.118786 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1354  transcriptional repressor, CopY family  29.36 
 
 		 126 aa  41.2  0.006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1350  transcriptional repressor, CopY family  30.95 
 
 		 122 aa  40.8  0.006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1285  CopY family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 139 aa  40.8  0.007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.237344 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02324  transcriptional regulator BlaI family  36.51 
 
 		 121 aa  40.8  0.007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.29109  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4517  CopY family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 141 aa  40.8  0.007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1811  CopY family transcriptional regulator  25 
 
 		 124 aa  40.4  0.008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00935  transcriptional regulator, BlaI family protein  24.56 
 
 		 130 aa  40.4  0.008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3737  CopY family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 123 aa  40.4  0.008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.185846  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2027  transcriptional repressor, CopY family  35.82 
 
 		 125 aa  40.4  0.009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.129536  normal  0.867039 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0359  CopY family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 122 aa  40.4  0.009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.666305 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11874  transcriptional regulator  33.65 
 
 		 138 aa  40.4  0.009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0126364  normal  0.333827 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2313  transcriptional repressor, CopY family  38.67 
 
 		 129 aa  40.4  0.009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1287  transcriptional repressor, CopY family  26.37 
 
 		 119 aa  40  0.01  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.58486  normal  0.221741 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0782  transcriptional repressor, CopY family  24.78 
 
 		 124 aa  40  0.01  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.130795  normal  0.268772 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>