More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3420 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_3420  cytochrome b561 family protein  100 
 
 
197 aa  389  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00251628  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3652  putative cytochrome B561  79.46 
 
 
195 aa  289  2e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1941  cytochrome B561  58.6 
 
 
184 aa  231  5e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.273152  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5571  putative cytochrome b561  51.09 
 
 
182 aa  178  4e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.620506 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0923  cytochrome B561  38.07 
 
 
196 aa  132  4e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.651214  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1521  cytochrome B561  35.26 
 
 
182 aa  118  7e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5285  cytochrome B561  39.46 
 
 
183 aa  103  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.621373  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1636  hypothetical protein  34.07 
 
 
184 aa  103  2e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0965469  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0459  cytochrome B561  38.2 
 
 
189 aa  103  2e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0483  cytochrome B561  39.46 
 
 
183 aa  101  7e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3199  cytochrome B561  35 
 
 
183 aa  97.4  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000519809  normal  0.560519 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2703  cytochrome B561  35 
 
 
183 aa  96.7  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.100012  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0418  cytochrome B561  35.87 
 
 
196 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.134853  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2745  putative cytochrome B561  31.22 
 
 
191 aa  97.1  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.227394  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1714  cytochrome B561  33.87 
 
 
182 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00452879  normal  0.140891 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4855  cytochrome B561  39.46 
 
 
183 aa  96.3  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745808  normal  0.0891705 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4982  cytochrome B561  39.46 
 
 
183 aa  95.9  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1225  YceJ  37.16 
 
 
190 aa  95.1  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.307715  normal  0.414708 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3042  cytochrome B561  35 
 
 
183 aa  94.4  9e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  6.18987e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2719  putative cytochrome B-561 transmembrane protein  35.8 
 
 
195 aa  94.4  9e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.12151 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3056  cytochrome B561  34.44 
 
 
183 aa  94  1e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000111673  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1322  cytochrome B561  35 
 
 
183 aa  94.4  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00114864  normal  0.0249294 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2711  cytochrome B561  33.7 
 
 
183 aa  94.4  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5031  cytochrome B561  39.89 
 
 
183 aa  94  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.416621  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52380  cytochrome b561  34.95 
 
 
182 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.583912 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4593  cytochrome b561  34.41 
 
 
182 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1177  cytochrome B561  33.7 
 
 
183 aa  92.8  3e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  3.21845e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1186  cytochrome B561  39.01 
 
 
193 aa  92.8  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.592212  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1738  hypothetical protein  32.97 
 
 
186 aa  92  5e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0392514  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1178  cytochrome B561  33.15 
 
 
183 aa  92  5e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000103692  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6306  cytochrome B561  32.8 
 
 
191 aa  92  5e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0508  cytochrome B561  34.48 
 
 
191 aa  92  5e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3013  cytochrome B561  32.07 
 
 
183 aa  92  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00637618 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1248  cytochrome B561  33.7 
 
 
183 aa  91.3  8e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00191634  normal  0.790409 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01688  cytochrome B561  32.45 
 
 
187 aa  90.9  1e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.883966  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3682  cytochrome B561  36.02 
 
 
188 aa  89.7  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.388705  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1956  cytochrome b561  32.77 
 
 
176 aa  89.7  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3507  cytochrome B561  37.71 
 
 
185 aa  90.5  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.563423 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1306  cytochrome B561  35.52 
 
 
208 aa  90.5  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2553  cytochrome B561  35.88 
 
 
193 aa  89.7  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.885989  normal  0.411403 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05500  hypothetical protein  36.96 
 
 
189 aa  89.4  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0522  hypothetical protein  37.5 
 
 
189 aa  89.4  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.336315  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2963  cytochrome B561  35.88 
 
 
193 aa  89.4  3e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2073  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  33.67 
 
 
213 aa  89  4e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.636056  normal  0.331643 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2023  cytochrome B561  34.05 
 
 
186 aa  88.6  5e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.971591  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0761  cytochrome B561  35.75 
 
 
204 aa  87.8  8e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.599963 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0603  cytochrome B561  34.54 
 
 
188 aa  87.8  9e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0098  putative cytochrome B561  33.52 
 
 
191 aa  87.4  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7129  putative cytochrome b561  30.29 
 
 
176 aa  87.4  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.815078 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3307  cytochrome B561  33.51 
 
 
180 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3997  putative cytochrome b-561 membrane protein  33.89 
 
 
186 aa  87  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.50922  normal  0.334764 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5072  cytochrome b561, putative  35.64 
 
 
184 aa  86.7  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01061  hypothetical protein  34.18 
 
 
188 aa  86.3  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.649815  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2589  cytochrome B561  34.18 
 
 
188 aa  86.3  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.806134  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0706  cytochrome B561  34.78 
 
 
186 aa  87  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.404491  normal  0.794115 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01053  predicted cytochrome b561  34.18 
 
 
188 aa  86.3  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.580116  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0456  cytochrome B561  35.64 
 
 
182 aa  86.3  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0977  cytochrome B561  33.33 
 
 
177 aa  85.9  4e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2152  cytochrome B561  32.54 
 
 
180 aa  85.9  4e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00081786  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1180  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  33.67 
 
 
188 aa  85.1  6e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.901054  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1436  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  33.67 
 
 
188 aa  85.1  6e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.887549  normal  0.160518 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2543  cytochrome B561  33.67 
 
 
188 aa  85.1  6e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.210551  normal  0.464909 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3599  cytochrome b561 family protein  30.43 
 
 
189 aa  85.1  6e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.206371  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2271  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  33.67 
 
 
188 aa  85.1  6e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1179  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  33.67 
 
 
188 aa  85.1  6e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2215  hypothetical protein  37.7 
 
 
190 aa  84.7  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.511005 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1026  cytochrome B561  36 
 
 
188 aa  84.7  8e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1254  hypothetical protein  38.25 
 
 
192 aa  83.2  2e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.73358 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1491  cytochrome b561  32.61 
 
 
192 aa  83.6  2e-15  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.336708  normal  0.0588061 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0980  putative cytochrome b561  31.52 
 
 
177 aa  83.2  2e-15  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1445  hypothetical protein  29.67 
 
 
182 aa  83.2  2e-15  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1571  cytochrome B561  33.15 
 
 
192 aa  83.2  2e-15  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.896883 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2093  cytochrome B561  30.99 
 
 
175 aa  82.8  3e-15  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3506  putative cytochrome b-561 membrane protein  39.13 
 
 
186 aa  82.8  3e-15  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.456908  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1538  hypothetical protein  29.12 
 
 
182 aa  83.2  3e-15  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2517  cytochrome B561  34.62 
 
 
184 aa  83.2  3e-15  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2031  YceJ  36.61 
 
 
192 aa  82.8  3e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2889  cytochrome B561  32.8 
 
 
183 aa  82  5e-15  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0592122  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1269  hypothetical protein  36.61 
 
 
190 aa  82  5e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5858  cytochrome B561  31.32 
 
 
184 aa  81.6  6e-15  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0993  cytochrome B561  30.56 
 
 
177 aa  81.6  7e-15  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1888  cytochrome B561  32.78 
 
 
184 aa  81.6  7e-15  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.743741  hitchhiker  0.000498058 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0490  cytochrome B561  35.87 
 
 
186 aa  81.3  8e-15  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.370053  hitchhiker  0.00220712 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3930  cytochrome b561 family protein  29.67 
 
 
184 aa  80.9  1e-14  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.698888  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2612  cytochrome B561  32.79 
 
 
191 aa  80.9  1e-14  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3580  cytochrome B561  40 
 
 
172 aa  80.5  1e-14  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1820  cytochrome b561 family protein  33.15 
 
 
184 aa  80.1  2e-14  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0593327  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7083  cytochrome B561  33.68 
 
 
199 aa  80.5  2e-14  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.280542  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2184  putative cytochrome B561  31.09 
 
 
400 aa  80.1  2e-14  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0201  putative cytochrome b-561 protein  33.68 
 
 
222 aa  80.1  2e-14  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2064  putative cytochrome b-561 membrane protein  31.36 
 
 
184 aa  79.7  2e-14  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.913396  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1930  cytochrome B561  33.15 
 
 
184 aa  80.1  2e-14  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3044  cytochrome B561  34.03 
 
 
190 aa  80.1  2e-14  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1120  cytochrome B561  32.78 
 
 
184 aa  79.7  3e-14  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  1.37011e-06  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03240  cytochrome b561  38.92 
 
 
184 aa  79.7  3e-14  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1811  nickel-dependent hydrogenase b561-type cytochrome subunit  31.36 
 
 
175 aa  79.3  3e-14  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0046692  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0967  cytochrome B561  28.26 
 
 
181 aa  79.3  3e-14  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4185  cytochrome B561  32.02 
 
 
189 aa  79  4e-14  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3371  cytochrome B561  32.78 
 
 
183 aa  79.3  4e-14  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1517  cytochrome b561  32.22 
 
 
176 aa  78.6  5e-14  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.39069  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>