151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3415 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  54.6 
 
 
724 aa  754  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1454  hypothetical protein  55.18 
 
 
665 aa  739  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.236827  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7274  hypothetical protein  58.3 
 
 
693 aa  776  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4249  Carbohydrate-selective porin OprB  55.92 
 
 
670 aa  745  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3415  putative outer membrane protein of unknown function  100 
 
 
680 aa  1369  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.154801  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  41.64 
 
 
662 aa  454  1e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  40.96 
 
 
661 aa  454  1e-126  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1131  Carbohydrate-selective porin OprB  51.86 
 
 
446 aa  446  1e-124  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.778341 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  39.51 
 
 
689 aa  444  1e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1039  Carbohydrate-selective porin OprB  51.25 
 
 
462 aa  443  1e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.661938 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1552  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  42.11 
 
 
598 aa  441  1e-122  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0187168  normal  0.160619 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  43.42 
 
 
674 aa  440  1e-122  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  42.6 
 
 
692 aa  441  1e-122  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4992  Carbohydrate-selective porin OprB  52.62 
 
 
498 aa  437  1e-121  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  2.30615e-14  hitchhiker  0.00966153 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1195  hypothetical protein  52.33 
 
 
501 aa  430  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.282348  normal  0.538855 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  41.45 
 
 
710 aa  430  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2536  Carbohydrate-selective porin OprB  52.38 
 
 
498 aa  432  1e-119  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.761533 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2010  carbohydrate-selective porin OprB  38.34 
 
 
703 aa  342  1e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.10211  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2286  Carbohydrate-selective porin OprB  38.34 
 
 
703 aa  340  7e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.725177 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1972  Carbohydrate-selective porin OprB  37.66 
 
 
703 aa  338  3e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0983998 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3804  carbohydrate-selective porin OprB  37.06 
 
 
708 aa  334  3e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0335542 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1590  Carbohydrate-selective porin OprB  42.59 
 
 
476 aa  320  6e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2951  Carbohydrate-selective porin OprB  42.03 
 
 
482 aa  315  1e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1665  Carbohydrate-selective porin OprB  42.03 
 
 
482 aa  315  1e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3166  Carbohydrate-selective porin OprB  41.55 
 
 
482 aa  310  5e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.390986  hitchhiker  1.49961e-10 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0352  carbohydrate-selective porin OprB  39.51 
 
 
492 aa  305  1e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3545  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  41.49 
 
 
437 aa  297  4e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.339839 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0411  hypothetical protein  37.19 
 
 
499 aa  295  2e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1331  carbohydrate-selective porin OprB  38.81 
 
 
494 aa  294  4e-78  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0703  carbohydrate-selective porin OprB  37.77 
 
 
471 aa  274  5e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6797  Carbohydrate-selective porin OprB  35.97 
 
 
458 aa  267  5e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4280  carbohydrate-selective porin OprB  38 
 
 
478 aa  255  2e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0647  Carbohydrate-selective porin OprB  35.73 
 
 
472 aa  255  2e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2120  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  35.73 
 
 
490 aa  240  7e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0794  Carbohydrate-selective porin OprB  28.41 
 
 
473 aa  148  3e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  4.21873e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1395  Carbohydrate-selective porin OprB  28.19 
 
 
471 aa  144  4e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.567539  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1112  hypothetical protein  26.48 
 
 
490 aa  87.8  6e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.503741  normal  0.220663 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  32.07 
 
 
232 aa  87  1e-15  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  31.5 
 
 
225 aa  86.3  2e-15  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  31.97 
 
 
240 aa  85.5  3e-15  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  30.56 
 
 
236 aa  85.5  3e-15  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  31.58 
 
 
240 aa  83.2  1e-14  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  33.33 
 
 
454 aa  81.3  5e-14  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  29.82 
 
 
207 aa  80.1  1e-13  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  30.23 
 
 
207 aa  78.2  5e-13  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1282  putative outer membrane protein  30.23 
 
 
207 aa  77.8  6e-13  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.494917  normal  0.183567 
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  30.32 
 
 
261 aa  77.4  9e-13  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  28.52 
 
 
240 aa  77  1e-12  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  28.3 
 
 
236 aa  77  1e-12  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  29.07 
 
 
447 aa  76.6  2e-12  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2527  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  29.36 
 
 
206 aa  75.9  2e-12  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  28.73 
 
 
258 aa  76.3  2e-12  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  30.04 
 
 
248 aa  75.1  4e-12  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  28.83 
 
 
452 aa  75.1  4e-12  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  30.23 
 
 
206 aa  75.1  4e-12  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  29.52 
 
 
250 aa  74.7  5e-12  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  30.14 
 
 
212 aa  74.7  5e-12  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2788  hypothetical protein  32.17 
 
 
578 aa  74.7  5e-12  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0959536  normal  0.707292 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0925  porin  31.62 
 
 
243 aa  73.9  8e-12  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.743956  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4560  outer membrane protein  28.57 
 
 
238 aa  73.9  8e-12  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  30.59 
 
 
207 aa  73.2  1e-11  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1770  putative outer membrane protein  31.52 
 
 
571 aa  73.2  1e-11  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1363  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  28.7 
 
 
207 aa  72.8  2e-11  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.76499  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  32.58 
 
 
449 aa  72.4  3e-11  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  27.66 
 
 
254 aa  71.6  4e-11  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  28.52 
 
 
254 aa  71.6  4e-11  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0866  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  31.38 
 
 
243 aa  70.5  9e-11  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0649997 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4401  OmpA-like transmembrane region  29.67 
 
 
559 aa  70.5  9e-11  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  29.31 
 
 
242 aa  70.1  1e-10  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  32.4 
 
 
453 aa  70.5  1e-10  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1666  OmpA-like transmembrane region  31.79 
 
 
238 aa  70.5  1e-10  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  28.68 
 
 
236 aa  68.9  3e-10  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4691  hypothetical protein  27.24 
 
 
562 aa  68.6  4e-10  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  30.18 
 
 
449 aa  68.2  5e-10  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0513  porin  34.43 
 
 
279 aa  67.8  7e-10  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.263575  hitchhiker  0.00240622 
 
 
-
 
NC_004310  BR0119  outer membrane protein, putative  28.02 
 
 
228 aa  67.4  8e-10  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.109473  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0901  outer membrane autotransporter  30.2 
 
 
638 aa  66.6  1e-09  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  27.82 
 
 
255 aa  67  1e-09  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  25.78 
 
 
229 aa  67  1e-09  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  27.9 
 
 
250 aa  65.9  2e-09  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  25.27 
 
 
255 aa  65.9  2e-09  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  29 
 
 
240 aa  65.9  3e-09  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3699  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  28.91 
 
 
1186 aa  65.5  3e-09  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0724462  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1729  putative outer membrane protein precursor  33.89 
 
 
206 aa  65.5  3e-09  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.259515 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  29.18 
 
 
251 aa  65.5  3e-09  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0971  outer membrane protein, putative  23.5 
 
 
236 aa  65.5  3e-09  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0116  putative outer membrane protein  26.92 
 
 
228 aa  64.7  5e-09  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  27.97 
 
 
237 aa  63.5  1e-08  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  28.95 
 
 
997 aa  63.9  1e-08  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5301  hypothetical protein  31.03 
 
 
561 aa  63.2  2e-08  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1238  outer membrane protein, 31 kDa  29.37 
 
 
234 aa  62.4  2e-08  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  24.9 
 
 
228 aa  62.4  3e-08  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1013  Outer membrane autotransporter barrel  30.4 
 
 
645 aa  62.4  3e-08  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.645383  normal  0.106647 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  26.82 
 
 
237 aa  61.2  6e-08  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3175  hypothetical protein  29.67 
 
 
566 aa  61.2  6e-08  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.424838  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  29.82 
 
 
234 aa  60.5  1e-07  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  28.1 
 
 
570 aa  60.1  1e-07  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0072  outer membrane immunogenic protein  25.69 
 
 
225 aa  59.3  2e-07  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  4.17135e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_010373  M446_7000  hypothetical protein  31.4 
 
 
583 aa  59.7  2e-07  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  1.22606e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  30.54 
 
 
245 aa  59.3  2e-07  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>