147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3373 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_3373  putative conjugal transfer protein trbI  100 
 
 		 400 aa  788    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3892  conjugation TrbI-like protein  63.68 
 
 		 400 aa  477  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.562266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3532  conjugation TrbI-like protein  60.86 
 
 		 411 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.404539 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1508  conjugal transfer protein trbI  58.95 
 
 		 392 aa  429  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187408  normal  0.430522 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1485  conjugation TrbI family protein  58.33 
 
 		 402 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1185  conjugation TrbI family protein  54.11 
 
 		 394 aa  395  1e-109  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3550  conjugation TrbI family protein  54.11 
 
 		 394 aa  395  1e-109  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2091  conjugation TrbI-like protein  54.39 
 
 		 402 aa  385  1e-106  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.561013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2995  conjugation TrbI family protein  54.72 
 
 		 418 aa  382  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.674957 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0860  conjugation TrbI-like protein  54 
 
 		 402 aa  380  1e-104  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.194892 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2315  conjugation TrbI-like protein  54.9 
 
 		 396 aa  379  1e-104  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00715823  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3095  conjugation TrbI family protein  55.39 
 
 		 421 aa  378  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2887  conjugation TrbI family protein  54.32 
 
 		 401 aa  379  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.174381 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0500  conjugation TrbI-like protein  53.47 
 
 		 399 aa  374  1e-102  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.167407  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7750  putative conjugal transfer protein trbI  54 
 
 		 399 aa  375  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.911232  normal  0.149579 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2833  conjugation TrbI family protein  56.3 
 
 		 400 aa  374  1e-102  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0690  conjugation TrbI family protein  54.01 
 
 		 383 aa  372  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3991  conjugation TrbI family protein  52.9 
 
 		 414 aa  372  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0367583  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0740  conjugation TrbI family protein  52.5 
 
 		 401 aa  369  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3836  conjugation TrbI family protein  53.37 
 
 		 411 aa  369  1e-101  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7449  putative conjugal transfer protein trbI  56.85 
 
 		 335 aa  363  3e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.838533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3860  conjugation TrbI-like protein  50.13 
 
 		 388 aa  354  2e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.757301  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3700  conjugation TrbI family protein  49.75 
 
 		 405 aa  347  2e-94  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3221  conjugation TrbI family protein  53.55 
 
 		 375 aa  344  2e-93  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0332063  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0604  conjugation TrbI family protein  51.42 
 
 		 415 aa  343  4e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3203  conjugation TrbI family protein  49.75 
 
 		 388 aa  339  5e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.71331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0147  conjugation TrbI family protein  48.11 
 
 		 391 aa  327  2.0000000000000001e-88  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1004  conjugation TrbI family protein  49.87 
 
 		 386 aa  326  4.0000000000000003e-88  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1475  conjugation TrbI family protein  51.28 
 
 		 373 aa  325  8.000000000000001e-88  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2605  conjugation TrbI-like protein  47.26 
 
 		 430 aa  312  7.999999999999999e-84  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2477  conjugation TrbI-like protein  46.02 
 
 		 393 aa  285  8e-76  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.260778  normal  0.292469 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0958  conjugation TrbI family protein  45.45 
 
 		 397 aa  284  2.0000000000000002e-75  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2653  conjugation TrbI family protein  43.72 
 
 		 423 aa  277  2e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.382892  normal  0.720932 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1904  conjugation TrbI family protein  43.5 
 
 		 424 aa  276  3e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.1694  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1291  conjugation TrbI family protein  42.59 
 
 		 426 aa  273  3e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1350  conjugation TrbI-like protein  42.43 
 
 		 423 aa  273  5.000000000000001e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000274304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2013  conjugation TrbI family protein  43.15 
 
 		 427 aa  269  5e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2690  conjugation TrbI family protein  41.98 
 
 		 422 aa  270  5e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00708765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1559  conjugation TrbI-like protein  43.69 
 
 		 422 aa  268  1e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22325  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2575  conjugal transfer TrbI transmembrane protein  42.93 
 
 		 425 aa  267  2.9999999999999995e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30850  TrbI-like protein  41.56 
 
 		 423 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000167509  unclonable  5.51965e-22 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2902  conjugation TrbI family protein  43.58 
 
 		 420 aa  266  2.9999999999999995e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.629829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2359  conjugation TrbI family protein  43.07 
 
 		 427 aa  263  4e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.412444 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4203  conjugation TrbI family protein  40.48 
 
 		 439 aa  262  8e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.139872  normal  0.82202 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3497  conjugation TrbI family protein  41.46 
 
 		 423 aa  261  2e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0429  conjugation TrbI family protein  43.47 
 
 		 424 aa  261  2e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.082954  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3697  conjugation TrbI family protein  42.36 
 
 		 425 aa  258  2e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1325  conjugation TrbI family protein  40.82 
 
 		 427 aa  257  3e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00353837  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1148  conjugation TrbI family protein  46.15 
 
 		 412 aa  257  3e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0170  conjugation TrbI family protein  43.65 
 
 		 395 aa  251  2e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.238278  normal  0.267939 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2276  conjugation TrbI family protein  40.7 
 
 		 384 aa  246  4e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.125244  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1843  conjugation TrbI family protein  36.71 
 
 		 431 aa  243  3.9999999999999997e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.851946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0309  conjugation TrbI-like protein  55.24 
 
 		 398 aa  239  5.999999999999999e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2035  conjugation TrbI family protein  42.33 
 
 		 399 aa  224  2e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2355  conjugation TrbI family protein  40.94 
 
 		 428 aa  222  8e-57  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0735  conjugation TrbI family protein  39.27 
 
 		 379 aa  205  1e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.997406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5367  conjugation TrbI family protein  44.13 
 
 		 418 aa  202  9e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.196515  normal  0.456411 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5214  conjugation TrbI family protein  52.63 
 
 		 408 aa  194  3e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1711  conjugation TrbI family protein  43.78 
 
 		 428 aa  190  4e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000031555  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2343  conjugation TrbI family protein  34.66 
 
 		 410 aa  189  1e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4698  conjugation TrbI family protein  43.24 
 
 		 431 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4559  conjugal transfer protein TrbI  38.57 
 
 		 433 aa  181  2e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0054  conjugal transfer protein TrbI  41.67 
 
 		 459 aa  178  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6509  conjugal transfer protein TrbI  42.86 
 
 		 473 aa  178  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6628  conjugal transfer protein TrbI  42.86 
 
 		 473 aa  178  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4267  conjugal transfer protein TrbI  42.35 
 
 		 472 aa  176  8e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.119587  hitchhiker  0.00641799 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5492  conjugal transfer protein TrbI  40.18 
 
 		 426 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9257  conjugal transfer protein TrbI  40.37 
 
 		 437 aa  172  1e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0531878  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5386  conjugal transfer protein TrbI  33.55 
 
 		 430 aa  171  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0420791 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2232  conjugal transfer protein TrbI  37.28 
 
 		 466 aa  169  6e-41  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9647  conjugal transfer protein TrbI  38.46 
 
 		 445 aa  169  8e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000862164  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1667  conjugation TrbI family protein  35.86 
 
 		 439 aa  167  2.9999999999999998e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8323  conjugal transfer protein TrbI  38.53 
 
 		 437 aa  165  1.0000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.294198  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0075  conjugal transfer protein TrbI  42.37 
 
 		 190 aa  159  8e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.766506  normal  0.509225 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1186  conjugation TrbI family protein  30.77 
 
 		 465 aa  156  7e-37  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0895  conjugation TrbI family protein  34.1 
 
 		 467 aa  154  2e-36  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2511  conjugation TrbI family protein  35.78 
 
 		 490 aa  138  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.26137  normal  0.383909 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5193  conjugation TrbI family protein  36.02 
 
 		 403 aa  127  3e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.261515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1528  conjugation TrbI family protein  36.02 
 
 		 403 aa  127  3e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6299  conjugation TrbI-like protein  36.22 
 
 		 414 aa  125  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.627257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1395  conjugation TrbI family protein  40.58 
 
 		 486 aa  124  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6398  conjugation TrbI family protein  34.85 
 
 		 403 aa  123  6e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0259  conjugation TrbI family protein  40.1 
 
 		 469 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.089272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4556  conjugation TrbI family protein  36.16 
 
 		 410 aa  117  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.451217  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5007  conjugation TrbI family protein  35.94 
 
 		 447 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.14472  normal  0.964803 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5455  conjugation TrbI-like protein  35.2 
 
 		 422 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0206751 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4171  conjugation TrbI-like protein  34.25 
 
 		 406 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5412  conjugation TrbI family protein  35.42 
 
 		 447 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525455  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9812  type IV secretion protein AvhB10  36.51 
 
 		 402 aa  110  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5237  conjugation TrbI-like protein  35.86 
 
 		 483 aa  110  5e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4756  conjugation TrbI family protein  32.66 
 
 		 444 aa  107  3e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.745717 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4252  conjugation TrbI-like protein  32.11 
 
 		 440 aa  106  6e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4438  conjugation TrbI-like protein  35.51 
 
 		 445 aa  105  1e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5021  conjugation TrbI family protein  34.21 
 
 		 450 aa  105  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.553821  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2826  conjugation TrbI family protein  33.17 
 
 		 446 aa  103  4e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0160  hypothetical protein  33.33 
 
 		 363 aa  101  2e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3695  conjugation TrbI family protein  30.74 
 
 		 425 aa  100  4e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.856917 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0178  hypothetical protein  33.49 
 
 		 363 aa  99.4  1e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0060  type IV secretion system protein VirB10  33.16 
 
 		 391 aa  97.4  4e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0055  type IV secretion system protein VirB10  33.16 
 
 		 380 aa  96.7  6e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>