More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3265 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  100 
 
 
354 aa  721  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3636  DNA polymerase IV  82.52 
 
 
396 aa  587  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.892851 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  67.99 
 
 
359 aa  496  1e-139  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  66.38 
 
 
385 aa  476  1e-133  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  66.95 
 
 
378 aa  475  1e-133  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  66.57 
 
 
363 aa  471  1e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  64.12 
 
 
365 aa  462  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1442  DNA polymerase IV (Pol IV 3)  66.29 
 
 
330 aa  458  1e-128  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365984  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1640  DNA-directed DNA polymerase  63.17 
 
 
360 aa  451  1e-126  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.582821 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1272  DNA-directed DNA polymerase  65.49 
 
 
359 aa  450  1e-125  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2097  DNA-directed DNA polymerase  65.53 
 
 
373 aa  440  1e-122  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1185  DNA-directed DNA polymerase  60.62 
 
 
381 aa  432  1e-120  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.129375  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  62.89 
 
 
363 aa  431  1e-119  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2024  DNA-directed DNA polymerase  61.47 
 
 
373 aa  426  1e-118  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  60.06 
 
 
380 aa  424  1e-117  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0473  DNA-directed DNA polymerase  59.89 
 
 
375 aa  421  1e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  60.77 
 
 
378 aa  411  1e-114  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3809  DNA-directed DNA polymerase  90.2 
 
 
412 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  56.77 
 
 
371 aa  364  1e-99  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0756  DNA polymerase IV  54.87 
 
 
376 aa  357  2e-97  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  54.28 
 
 
360 aa  357  2e-97  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  54.55 
 
 
372 aa  349  3e-95  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02810  DNA polymerase IV  55.14 
 
 
368 aa  347  2e-94  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.495536  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0662  DNA-directed DNA polymerase  55.03 
 
 
353 aa  345  8e-94  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  55.88 
 
 
356 aa  344  2e-93  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1330  DNA-directed DNA polymerase  52.21 
 
 
359 aa  340  1e-92  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.64899  normal  0.124466 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2663  DNA-directed DNA polymerase  53.35 
 
 
358 aa  340  3e-92  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0579235  normal  0.454418 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  56.34 
 
 
355 aa  337  2e-91  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  50.42 
 
 
378 aa  336  4e-91  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  50.42 
 
 
378 aa  336  4e-91  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  3.1101e-06 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  51.41 
 
 
369 aa  335  1e-90  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  7.22148e-10  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1563  DNA-directed DNA polymerase  50 
 
 
371 aa  327  2e-88  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.233621  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03139  DNA polymerase IV  51.43 
 
 
369 aa  325  7e-88  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0455  DNA polymerase IV  52.01 
 
 
356 aa  321  1e-86  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  50.72 
 
 
374 aa  320  3e-86  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3537  DNA-directed DNA polymerase  49.7 
 
 
357 aa  318  1e-85  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  47.04 
 
 
359 aa  312  6e-84  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1538  DNA polymerase IV  49.26 
 
 
359 aa  300  2e-80  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.142291  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3552  DNA polymerase IV  48.48 
 
 
358 aa  293  5e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0935  DNA polymerase IV  47.93 
 
 
358 aa  290  2e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1726  DNA polymerase IV  44.07 
 
 
364 aa  290  3e-77  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.503643  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3427  DNA polymerase IV  48.21 
 
 
358 aa  290  4e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3355  DNA polymerase IV  48.21 
 
 
358 aa  290  4e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0951  DNA polymerase IV  53.85 
 
 
379 aa  289  5e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.126406  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2142  DNA polymerase IV  46.92 
 
 
361 aa  288  1e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  46.38 
 
 
399 aa  288  1e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5935  DNA polymerase IV  46.92 
 
 
383 aa  288  1e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0630772  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2160  DNA polymerase IV  46.92 
 
 
408 aa  287  2e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.916632  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1859  DNA polymerase IV  48.1 
 
 
392 aa  285  8e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0762  DNA polymerase IV  45.63 
 
 
352 aa  281  1e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.072436 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3092  DNA polymerase IV  47.43 
 
 
358 aa  280  2e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1433  DNA polymerase IV  45.19 
 
 
356 aa  280  3e-74  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4215  DNA polymerase IV  46.89 
 
 
354 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.154299  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1185  DNA polymerase IV  46.07 
 
 
358 aa  280  4e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  3.35845e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2871  DNA polymerase IV  49.12 
 
 
359 aa  279  4e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1726  DNA polymerase IV  45.61 
 
 
352 aa  279  6e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000164893  normal  0.305741 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1566  DNA polymerase IV  47.51 
 
 
369 aa  277  2e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0682981  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2179  DNA polymerase IV  45.48 
 
 
405 aa  277  2e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288104  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1203  DNA polymerase IV  46.61 
 
 
354 aa  277  2e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4012  DNA polymerase IV  46.33 
 
 
354 aa  276  4e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.333158  normal  0.93726 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5448  DNA polymerase IV  44.75 
 
 
379 aa  276  5e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2527  DNA polymerase IV  50.84 
 
 
355 aa  275  7e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.598645 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3604  DNA polymerase IV  46.59 
 
 
364 aa  275  7e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.85941  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3422  DNA polymerase IV  46.99 
 
 
360 aa  275  1e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0597  DNA polymerase IV  47.38 
 
 
355 aa  275  1e-72  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0265  DNA polymerase IV  47.94 
 
 
351 aa  274  2e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0260  DNA polymerase IV  47.94 
 
 
351 aa  274  2e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2619  DNA polymerase IV  46.18 
 
 
403 aa  274  2e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3990  DNA polymerase IV  46.61 
 
 
353 aa  274  2e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0614  DNA polymerase IV  47.09 
 
 
355 aa  273  3e-72  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00226  DNA polymerase IV  47.94 
 
 
351 aa  273  3e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3376  DNA-directed DNA polymerase  47.94 
 
 
351 aa  273  3e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52310  DNA polymerase IV  48.3 
 
 
349 aa  273  3e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.88026 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1727  DNA polymerase IV  46.63 
 
 
404 aa  273  3e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3349  DNA polymerase IV  47.94 
 
 
351 aa  273  3e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00229  hypothetical protein  47.94 
 
 
351 aa  273  3e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2675  DNA polymerase IV  45.88 
 
 
406 aa  273  4e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1508  DNA polymerase IV  45.88 
 
 
400 aa  273  4e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.408147  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3083  DNA polymerase IV  45.88 
 
 
400 aa  273  4e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2751  DNA polymerase IV  45.88 
 
 
404 aa  273  4e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2236  DNA polymerase IV  45.88 
 
 
400 aa  273  4e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.783166  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  43.64 
 
 
408 aa  272  5e-72  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0285  DNA polymerase IV  47.94 
 
 
351 aa  272  6e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.32449 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  44.41 
 
 
389 aa  272  8e-72  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0362  DNA polymerase IV  45.38 
 
 
351 aa  271  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.933253  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1114  DNA polymerase IV  46.09 
 
 
357 aa  271  1e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0343  DNA polymerase IV  47.8 
 
 
351 aa  271  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.663031 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0228  DNA polymerase IV  47.92 
 
 
354 aa  271  1e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.190428  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0352  DNA polymerase IV  45.38 
 
 
351 aa  271  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.990512 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0347  DNA polymerase IV  45.38 
 
 
351 aa  271  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1128  DNA polymerase IV  45.07 
 
 
429 aa  270  2e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.456598  normal  0.41428 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1232  DNA polymerase IV  46.05 
 
 
354 aa  271  2e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.46587  normal  0.838167 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0276  DNA polymerase IV  47.62 
 
 
351 aa  271  2e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.820662 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1621  DNA polymerase IV  40.51 
 
 
367 aa  270  2e-71  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0354  DNA polymerase IV  47.8 
 
 
351 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  3.60383e-06 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4587  DNA polymerase IV  45.71 
 
 
349 aa  270  3e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.099232  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2052  DNA polymerase IV  46.33 
 
 
407 aa  270  4e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.217696  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  44.8 
 
 
426 aa  269  5e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0985  DNA polymerase IV  46.28 
 
 
359 aa  269  5e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1949  DNA polymerase IV  44.44 
 
 
356 aa  269  5e-71  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.259115  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>