28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3082 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_3082  light harvesting protein B-800-850, alpha chain  100 
 
 
127 aa  258  2e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3421  antenna complex alpha/beta subunit  58.06 
 
 
59 aa  77.4  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.419433  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4447  antenna complex, alpha/beta subunit  60 
 
 
59 aa  77  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.598274 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2399  antenna complex, alpha/beta subunit  61.02 
 
 
59 aa  75.5  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0690333 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3784  antenna complex, alpha/beta subunit  72.34 
 
 
65 aa  75.1  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.821557  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1239  antenna complex, alpha/beta subunit  56.67 
 
 
59 aa  73.9  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000000666416  unclonable  0.0000000160108 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3786  antenna complex, alpha/beta subunit  56.67 
 
 
59 aa  73.6  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0407827 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1679  antenna complex alpha/beta subunit  55 
 
 
59 aa  71.6  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2926  antenna complex alpha/beta subunit  53.33 
 
 
59 aa  70.9  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4032  antenna complex, alpha/beta subunit  55 
 
 
59 aa  70.9  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.460767  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3419  antenna complex alpha/beta subunit  63.83 
 
 
65 aa  68.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.540512  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3788  antenna complex, alpha/beta subunit  55 
 
 
59 aa  69.3  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2392  antenna complex, alpha/beta subunit  63.83 
 
 
65 aa  68.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.118704 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1334  antenna complex, alpha/beta subunit  60.42 
 
 
67 aa  68.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.188367 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4441  antenna complex, alpha/beta subunit  61.7 
 
 
65 aa  67.4  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.562609 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4771  antenna complex alpha/beta subunit  61.7 
 
 
66 aa  67.4  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2609  antenna complex, alpha/beta subunit  53.33 
 
 
59 aa  65.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.142942  hitchhiker  0.00280772 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2863  antenna complex, alpha/beta subunit  54.24 
 
 
59 aa  65.5  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.105944  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3891  antenna complex, alpha/beta subunit  58.33 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00637036  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0220  antenna complex, alpha/beta subunit  57.45 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00667798  decreased coverage  0.00260316 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1959  antenna complex, alpha/beta subunit  47.17 
 
 
54 aa  60.1  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3038  antenna complex, alpha/beta subunit  51.06 
 
 
239 aa  59.7  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.631702  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6256  LHII alpha, light-harvesting B800/850 protein  47.17 
 
 
54 aa  60.1  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0209  antenna complex, alpha/beta subunit  48.98 
 
 
257 aa  59.3  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6158  light-harvesting complex alpha subunit  48.98 
 
 
263 aa  59.3  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.210194  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1582  antenna complex, alpha/beta subunit  40.79 
 
 
107 aa  58.2  0.00000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.666557  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0980  antenna complex, alpha/beta subunit  48.94 
 
 
54 aa  57.4  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2899  putative light-harvesting protein B-800/850 alpha chain  46.94 
 
 
113 aa  41.6  0.003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>