More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2983 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_2983  putative Uracil-DNA glycosylase  100 
 
 
496 aa  1011    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0229765  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2002  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  69.26 
 
 
495 aa  685    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.515023  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1899  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  70.02 
 
 
480 aa  665    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.530135 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2713  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.69 
 
 
484 aa  442  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2974  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.61 
 
 
484 aa  432  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.547002  normal  0.081946 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03048  uracil DNA glycosylase superfamily protein  48.23 
 
 
477 aa  410  1e-113  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2039  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  46.56 
 
 
476 aa  401  9.999999999999999e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3539  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  48.45 
 
 
493 aa  402  9.999999999999999e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.72599  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2306  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  47.66 
 
 
485 aa  398  1e-109  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.555277  normal  0.0113153 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2581  Uracil-DNA glycosylase superfamily  47.66 
 
 
485 aa  398  1e-109  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.148154  normal  0.520534 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2232  putative uracil-DNA glycosylase  47.53 
 
 
474 aa  392  1e-108  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0908  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.94 
 
 
485 aa  392  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2263  Uracil-DNA glycosylase superfamily  48.15 
 
 
485 aa  387  1e-106  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6621  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  46.11 
 
 
493 aa  387  1e-106  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.647751  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2502  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.79 
 
 
476 aa  385  1e-106  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.562292  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7466  hypothetical protein  45.21 
 
 
492 aa  376  1e-103  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2261  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.97 
 
 
485 aa  373  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.102912  normal  0.247283 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2068  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  45.1 
 
 
465 aa  368  1e-100  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.803704  normal  0.600316 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4607  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.11 
 
 
479 aa  353  2.9999999999999997e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2261  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  71.07 
 
 
225 aa  335  1e-90  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.237053  normal  0.0854342 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1310  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.76 
 
 
490 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2259  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  67.21 
 
 
247 aa  298  1e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.166552  normal  0.62912 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2339  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.05 
 
 
491 aa  291  2e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.716146 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1758  uracil-DNA glycosylase  48.07 
 
 
299 aa  256  8e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2572  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  54.39 
 
 
260 aa  238  3e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.222133  normal  0.578981 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1286  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  56.12 
 
 
209 aa  230  4e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3354  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  55.45 
 
 
217 aa  226  5.0000000000000005e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.995704 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3335  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  57.58 
 
 
211 aa  220  3.9999999999999997e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0920628 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4595  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  43.06 
 
 
300 aa  216  8e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5910  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  52.86 
 
 
220 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2840  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  52.2 
 
 
206 aa  214  2.9999999999999995e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.182688  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4850  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  43.75 
 
 
279 aa  213  4.9999999999999996e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0473991  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01932  putative DNA polymerase related protein  40.77 
 
 
265 aa  213  7e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2690  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  53.42 
 
 
224 aa  213  9e-54  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4052  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  55.78 
 
 
202 aa  210  5e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.833859  normal  0.9784 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4407  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  55.21 
 
 
213 aa  209  7e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.380012 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3585  putative DNA polymerase related protein  40.08 
 
 
264 aa  209  1e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1481  putative phage DNA polymerase  51.78 
 
 
235 aa  208  2e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5870  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  52.74 
 
 
213 aa  206  9e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.669863  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2785  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  52.36 
 
 
224 aa  205  2e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12930  uracil-DNA glycosylase, family 4  55 
 
 
211 aa  203  5e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2228  hypothetical protein  32.62 
 
 
507 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1181  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  55.22 
 
 
224 aa  199  7e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3202  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.5 
 
 
217 aa  197  4.0000000000000005e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.961371 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2808  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.72 
 
 
237 aa  196  7e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.347525  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6775  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50 
 
 
213 aa  194  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.150197  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3194  Uracil-DNA glycosylase superfamily  47.26 
 
 
428 aa  193  7e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.4407  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4300  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.95 
 
 
207 aa  191  2e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3008  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50 
 
 
229 aa  190  4e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00780326 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2993  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.5 
 
 
230 aa  190  4e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3037  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.5 
 
 
230 aa  190  4e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.541371  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6057  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  51.85 
 
 
223 aa  189  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.632041  normal  0.181537 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0522  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.52 
 
 
208 aa  189  1e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0078684 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6379  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  53.8 
 
 
217 aa  189  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.693226  normal  0.500254 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0118  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.24 
 
 
217 aa  189  1e-46  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5631  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.47 
 
 
217 aa  187  5e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0609757  normal  0.0369434 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5408  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.35 
 
 
244 aa  186  6e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.937407 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3144  uracil-DNA glycosylase  53.55 
 
 
218 aa  186  7e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1364  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.46 
 
 
223 aa  186  9e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6465  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.46 
 
 
223 aa  186  9e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.114604  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3015  uracil-DNA glycosylase  51.81 
 
 
218 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5462  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.3 
 
 
219 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00414402 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1364  putative DNA glycosylase  51.81 
 
 
218 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.77623  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0404  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.85 
 
 
214 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.112864  normal  0.964796 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4396  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.26 
 
 
207 aa  181  2.9999999999999997e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0933493  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1521  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.75 
 
 
229 aa  181  2.9999999999999997e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0463679 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0834  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.7 
 
 
223 aa  181  4e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.597478  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0075  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  51.74 
 
 
216 aa  178  2e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5994  Uracil-DNA glycosylase superfamily  39.16 
 
 
546 aa  170  7e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.263417 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4147  hypothetical protein  38.89 
 
 
295 aa  164  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3623  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.15 
 
 
216 aa  163  7e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8784  Uracil-DNA glycosylase superfamily  42.2 
 
 
222 aa  155  2e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.644788 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2624  hypothetical protein  36.05 
 
 
279 aa  150  5e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00205381  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3468  hypothetical protein  35.27 
 
 
279 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0524823 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2364  hypothetical protein  35.94 
 
 
279 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.09488  normal  0.230532 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0113  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.33 
 
 
206 aa  143  6e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1204  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.28 
 
 
210 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0469279  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0503  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36 
 
 
216 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0266  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.57 
 
 
315 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0552  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.58 
 
 
264 aa  128  2.0000000000000002e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.446381  hitchhiker  0.00103013 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2853  hypothetical protein  34.11 
 
 
282 aa  128  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.889205  normal  0.120479 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2187  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.61 
 
 
205 aa  127  5e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0466  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.21 
 
 
264 aa  127  6e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.113584  hitchhiker  0.00887798 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1937  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.27 
 
 
285 aa  126  7e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.090684  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2370  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.04 
 
 
245 aa  126  7e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.114234  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2122  hypothetical protein  32.74 
 
 
278 aa  126  9e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0384708  normal  0.383593 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2923  hypothetical protein  31.6 
 
 
285 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.301224  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1479  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.14 
 
 
184 aa  123  7e-27  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.242328  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1940  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.88 
 
 
205 aa  122  9.999999999999999e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000409376 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1589  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.51 
 
 
205 aa  122  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.316918  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0082  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.44 
 
 
264 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1494  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.31 
 
 
295 aa  122  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.363091  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1580  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  37.73 
 
 
220 aa  121  3e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0245048  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4359  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40 
 
 
277 aa  121  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0982104  normal  0.010155 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1085  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  31.46 
 
 
217 aa  121  3e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.863324  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0372  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.46 
 
 
294 aa  120  3.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000046016 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1083  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.91 
 
 
277 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.761546 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2276  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.59 
 
 
243 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1058  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.8 
 
 
276 aa  120  4.9999999999999996e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.503443  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2028  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.24 
 
 
290 aa  120  4.9999999999999996e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>