More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2885 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2885  putative ABC transporter permiase component  100 
 
 		 277 aa  526  1e-148  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0257829 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1949  inner-membrane translocator  83.33 
 
 		 292 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.926324  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1848  inner-membrane translocator  84.44 
 
 		 292 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.623579  normal  0.509442 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3619  inner-membrane translocator  83.33 
 
 		 305 aa  448  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.551009 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1664  inner-membrane translocator  85.19 
 
 		 292 aa  433  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1099  inner-membrane translocator  71.48 
 
 		 292 aa  395  1e-109  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.110891  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2127  inner-membrane translocator  70.76 
 
 		 292 aa  394  1e-109  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.172623  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1501  inner-membrane translocator  72.56 
 
 		 291 aa  392  1e-108  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1619  inner-membrane translocator  40 
 
 		 290 aa  186  4e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.755467  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1533  inner-membrane translocator  39.49 
 
 		 288 aa  182  6e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.575934  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2425  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  39.13 
 
 		 288 aa  181  1e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.674149  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1905  inner-membrane translocator  37.09 
 
 		 290 aa  181  1e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.419507 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1438  inner-membrane translocator  39.13 
 
 		 288 aa  181  1e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1454  inner-membrane translocator  38.41 
 
 		 288 aa  177  1e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.566264  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0793  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 290 aa  173  2.9999999999999996e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.806317  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3399  inner-membrane translocator  38.49 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0293629 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1563  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 283 aa  165  9e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3749  inner-membrane translocator  36.96 
 
 		 295 aa  163  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3646  inner-membrane translocator  34.3 
 
 		 287 aa  160  2e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.362219  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5994  branched chain amino acid ABC transporter permease  34.78 
 
 		 290 aa  159  7e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0717664 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1707  inner-membrane translocator  34.66 
 
 		 294 aa  156  3e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.666506  normal  0.0117709 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1928  inner-membrane translocator  35.87 
 
 		 290 aa  155  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0896  inner-membrane translocator  34.39 
 
 		 295 aa  154  1e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1581  inner-membrane translocator  33.73 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0862  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.79 
 
 		 288 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0185519  normal  0.209309 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0336  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.43 
 
 		 294 aa  152  7e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.43 
 
 		 294 aa  152  8e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.844252  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1091  inner-membrane translocator  36.73 
 
 		 325 aa  148  9e-35  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2006  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.23 
 
 		 288 aa  144  1e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.766894  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1194  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.43 
 
 		 287 aa  142  4e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.633758  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1096  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.43 
 
 		 287 aa  142  4e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1829  inner-membrane translocator  36 
 
 		 289 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000486818  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0142  inner-membrane translocator  34.53 
 
 		 288 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0313  inner-membrane translocator  34.43 
 
 		 291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.477934 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2331  inner-membrane translocator  37.35 
 
 		 300 aa  132  5e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.729625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2141  inner-membrane translocator  34.06 
 
 		 292 aa  132  9e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.694846 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0005  inner-membrane translocator  32.72 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.901395  hitchhiker  0.00000431174 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1676  inner-membrane translocator  36.12 
 
 		 285 aa  130  3e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0527356 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0362  inner-membrane translocator  34.97 
 
 		 296 aa  130  3e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2588  inner-membrane translocator  27.57 
 
 		 290 aa  122  5e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  36.79 
 
 		 290 aa  122  5e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1601  inner-membrane translocator  32 
 
 		 287 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.549265  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 290 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2705  inner-membrane translocator  34.89 
 
 		 289 aa  120  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.787107 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  36.17 
 
 		 299 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3725  inner-membrane translocator  34.17 
 
 		 294 aa  119  4.9999999999999996e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0553822  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  29.08 
 
 		 300 aa  119  7e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7434  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  30.29 
 
 		 287 aa  118  9e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3207  inner-membrane translocator  28.47 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0327  inner-membrane translocator  35.38 
 
 		 293 aa  118  9.999999999999999e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0975712  normal  0.166918 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1139  inner-membrane translocator  30.55 
 
 		 287 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.124287 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  34.89 
 
 		 290 aa  117  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2302  inner-membrane translocator  29.25 
 
 		 289 aa  116  5e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.418685 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4442  inner-membrane translocator  34.18 
 
 		 294 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0847  inner-membrane translocator  31.71 
 
 		 291 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.658608 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0116  inner-membrane translocator  28.06 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5641  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 289 aa  114  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1652  inner-membrane translocator  28.57 
 
 		 291 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.124335  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2751  inner-membrane translocator  29.89 
 
 		 301 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2492  inner-membrane translocator  30.88 
 
 		 304 aa  110  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.366827  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  31.9 
 
 		 652 aa  110  2.0000000000000002e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0220  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  34.89 
 
 		 290 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.168677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  27.96 
 
 		 291 aa  110  2.0000000000000002e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1892  branched-chain amino acid AbC-type transport system permease  28.03 
 
 		 308 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.339228  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1523  inner-membrane translocator  31.45 
 
 		 291 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00164732  normal  0.617596 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4798  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 304 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.337539  normal  0.0254161 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4909  inner-membrane translocator  30.58 
 
 		 300 aa  110  3e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26779 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0548  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 291 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.081498  hitchhiker  0.0000417079 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1954  branched chain amino acid ABC transporter permease  32.4 
 
 		 297 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0998  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.73 
 
 		 289 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.301783  normal  0.758902 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  31.64 
 
 		 294 aa  109  4.0000000000000004e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3349  inner-membrane translocator  29.12 
 
 		 319 aa  109  6e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5018  inner-membrane translocator  29.12 
 
 		 319 aa  109  6e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.52703 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  29.96 
 
 		 287 aa  108  7.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5269  inner-membrane translocator  29.12 
 
 		 308 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.867489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1822  inner-membrane translocator  27.99 
 
 		 302 aa  108  8.000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.564217  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0652  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  28.77 
 
 		 319 aa  108  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.276019  normal  0.481307 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0513  inner-membrane translocator  27.72 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0503611  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0802  inner-membrane translocator  30.87 
 
 		 286 aa  107  1e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4431  inner-membrane translocator  28.77 
 
 		 308 aa  107  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.964764  hitchhiker  0.00013091 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0835  inner-membrane translocator  29.18 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.982603 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4946  inner-membrane translocator  28.77 
 
 		 308 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0447  inner-membrane translocator  32.11 
 
 		 290 aa  107  2e-22  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4887  inner-membrane translocator  31.62 
 
 		 304 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0852  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.91 
 
 		 289 aa  107  3e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.416371  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0259  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.37 
 
 		 301 aa  106  3e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  28.42 
 
 		 308 aa  107  3e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5536  inner-membrane translocator  29.09 
 
 		 287 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0898761  hitchhiker  0.00000762258 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4182  inner-membrane translocator  31.79 
 
 		 289 aa  107  3e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1020  inner-membrane translocator  30.25 
 
 		 548 aa  106  4e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.205797 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3508  inner-membrane translocator  30.25 
 
 		 297 aa  106  5e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.771205  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  30.07 
 
 		 290 aa  106  5e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3624  inner-membrane translocator  28.77 
 
 		 308 aa  105  7e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1543  inner-membrane translocator  27.35 
 
 		 289 aa  105  7e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4018  inner-membrane translocator  27.44 
 
 		 639 aa  105  7e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.730254 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2139  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  28.42 
 
 		 308 aa  105  8e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.270395  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0863  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.42 
 
 		 308 aa  105  8e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.21729  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0773  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.42 
 
 		 308 aa  105  8e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2284  inner-membrane translocator  33.57 
 
 		 285 aa  105  9e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0058  inner-membrane translocator  29.64 
 
 		 295 aa  104  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.148316  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>