More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2546 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2546  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  100 
 
 		 365 aa  705    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3801  inner-membrane translocator  71.71 
 
 		 347 aa  404  1e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3493  inner-membrane translocator  72.04 
 
 		 347 aa  391  1e-108  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3875  inner-membrane translocator  71.38 
 
 		 347 aa  388  1e-107  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.165994 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3003  inner-membrane translocator  61.73 
 
 		 354 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2750  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  61.11 
 
 		 354 aa  366  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0595138  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43520  amino acid ABC transporter-like protein  58.84 
 
 		 355 aa  347  1e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00847282  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43760  LivM family inner-membrane translocator  62.14 
 
 		 352 aa  345  6e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.205767  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7158  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  60.26 
 
 		 350 aa  345  1e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.258104  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0551  inner-membrane translocator  59.55 
 
 		 355 aa  344  1e-93  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.340472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2722  inner-membrane translocator  50.76 
 
 		 358 aa  314  9.999999999999999e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.285208  normal  0.425385 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0263  inner-membrane translocator  51.66 
 
 		 358 aa  312  4.999999999999999e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0252  inner-membrane translocator  50 
 
 		 358 aa  309  4e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.231195  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2988  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  57.01 
 
 		 355 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.475714  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5148  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  51.78 
 
 		 351 aa  307  2.0000000000000002e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0217  inner-membrane translocator  52.72 
 
 		 358 aa  306  3e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5009  inner-membrane translocator  51.7 
 
 		 354 aa  304  2.0000000000000002e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1156  inner-membrane translocator  51.71 
 
 		 354 aa  303  3.0000000000000004e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.412429  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3362  inner-membrane translocator  49.36 
 
 		 358 aa  303  3.0000000000000004e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0601  inner-membrane translocator  50.31 
 
 		 358 aa  301  1e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.828078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4296  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  54.25 
 
 		 351 aa  294  2e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.258747  decreased coverage  0.00201809 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3610  inner-membrane translocator  48.56 
 
 		 358 aa  293  4e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.963885  normal  0.413755 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0379  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livM  50.47 
 
 		 358 aa  291  9e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.192974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0118  inner-membrane translocator  49.54 
 
 		 358 aa  289  5.0000000000000004e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.301625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0051  inner-membrane translocator  50.78 
 
 		 368 aa  289  5.0000000000000004e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.702732 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0467  inner-membrane translocator  48.15 
 
 		 358 aa  287  2e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.193008  normal  0.0775893 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0784  inner-membrane translocator  51.78 
 
 		 354 aa  287  2e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3539  inner-membrane translocator  49.07 
 
 		 358 aa  286  4e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.17747  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0458  inner-membrane translocator  48.15 
 
 		 358 aa  286  4e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.441083  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3437  inner-membrane translocator  52.6 
 
 		 354 aa  281  1e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00193702 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0951  inner-membrane translocator  49.39 
 
 		 358 aa  281  2e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2276  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  49.39 
 
 		 358 aa  281  2e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.158559  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2985  inner-membrane translocator  57.45 
 
 		 355 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.538372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2220  inner-membrane translocator  47.21 
 
 		 358 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.120044  normal  0.964416 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4005  inner-membrane translocator  48.14 
 
 		 384 aa  270  2.9999999999999997e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5036  inner-membrane translocator  52.16 
 
 		 362 aa  263  4e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1436  inner-membrane translocator  55.78 
 
 		 344 aa  259  4e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.476305  hitchhiker  0.00000379274 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2769  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  53.42 
 
 		 329 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.387381  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0944  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  37.77 
 
 		 350 aa  176  5e-43  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.223424  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5289  inner-membrane translocator  33.76 
 
 		 357 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.975087  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_815  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  37.65 
 
 		 350 aa  173  3.9999999999999995e-42  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.488573  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0828  inner-membrane translocator  37.15 
 
 		 350 aa  172  1e-41  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2358  inner-membrane translocator  38.04 
 
 		 348 aa  167  2e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.165636  normal  0.556674 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1595  inner-membrane translocator  42.25 
 
 		 355 aa  166  6.9999999999999995e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3840  inner-membrane translocator  39.87 
 
 		 349 aa  163  5.0000000000000005e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125888  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4064  inner-membrane translocator  38 
 
 		 345 aa  159  5e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0625  inner-membrane translocator  38.24 
 
 		 352 aa  159  7e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.580095  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0030  inner-membrane translocator  38.08 
 
 		 345 aa  159  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2284  inner-membrane translocator  36.25 
 
 		 349 aa  158  2e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.98813  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5717  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  36.73 
 
 		 357 aa  157  3e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0890739  normal  0.936934 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0403  inner-membrane translocator  37.75 
 
 		 346 aa  155  1e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3507  inner-membrane translocator  37.42 
 
 		 373 aa  154  2e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4178  inner-membrane translocator  37.62 
 
 		 357 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.983484  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0543  inner-membrane translocator  38.22 
 
 		 352 aa  149  6e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2306  inner-membrane translocator  34.5 
 
 		 357 aa  147  3e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  normal  0.0196621 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000401  branched-chain amino acid transport system permease protein livM  35.49 
 
 		 355 aa  147  3e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.241122  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1863  inner-membrane translocator  35.38 
 
 		 356 aa  147  4.0000000000000006e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  33.88 
 
 		 562 aa  146  6e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1567  inner-membrane translocator  38.73 
 
 		 357 aa  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.394848  normal  0.43203 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2608  inner-membrane translocator  36.28 
 
 		 357 aa  145  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0299  inner-membrane translocator  34.5 
 
 		 357 aa  144  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.658484  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3134  inner-membrane translocator  36.45 
 
 		 357 aa  143  4e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.628981  normal  0.885727 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1424  inner-membrane translocator  37.98 
 
 		 381 aa  142  7e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132982  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3414  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.68 
 
 		 357 aa  140  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2426  inner-membrane translocator  35.63 
 
 		 352 aa  140  4.999999999999999e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1834  inner-membrane translocator  37.97 
 
 		 357 aa  139  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.519151  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2440  inner-membrane translocator  35.71 
 
 		 356 aa  139  1e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1557  inner-membrane translocator  38.46 
 
 		 357 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.505429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2374  inner-membrane translocator  36.09 
 
 		 356 aa  136  7.000000000000001e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4574  inner-membrane translocator  36.42 
 
 		 357 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4096  inner-membrane translocator  34.87 
 
 		 358 aa  129  7.000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.949458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3500  inner-membrane translocator  34.23 
 
 		 358 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.674248  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3659  inner-membrane translocator  32.69 
 
 		 341 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0138  inner-membrane translocator  33.9 
 
 		 358 aa  119  7e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6116  branched chain amino acid ABC transporter permease  33.33 
 
 		 332 aa  119  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661138  normal  0.287958 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3838  inner-membrane translocator  31.38 
 
 		 315 aa  118  1.9999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.242692  normal  0.204744 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0913  ABC transporter related  32.06 
 
 		 646 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  30.69 
 
 		 321 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4939  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 358 aa  116  7.999999999999999e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.408733  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0504  inner-membrane translocator  30.04 
 
 		 571 aa  115  1.0000000000000001e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.92013  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3519  ABC transporter related  32.09 
 
 		 643 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  32.61 
 
 		 407 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  32.18 
 
 		 415 aa  114  3e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2754  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.61 
 
 		 325 aa  114  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129032  normal  0.265528 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  36.48 
 
 		 317 aa  114  3e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0891  inner-membrane translocator  31.48 
 
 		 320 aa  113  5e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  31.31 
 
 		 328 aa  113  6e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  31.43 
 
 		 407 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2738  inner-membrane translocator  32.77 
 
 		 360 aa  111  2.0000000000000002e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  28.7 
 
 		 321 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3708  branched chain amino acid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  30.53 
 
 		 646 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.400523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1482  inner-membrane translocator  31.02 
 
 		 360 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  30.75 
 
 		 319 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22990  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  31.93 
 
 		 356 aa  110  6e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0910597  normal  0.0451282 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0261  inner-membrane translocator  28.8 
 
 		 324 aa  109  8.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1407  inner-membrane translocator  27.83 
 
 		 332 aa  108  1e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14353  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1259  inner-membrane translocator  30.03 
 
 		 357 aa  108  1e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0610  ABC transporter related  31.7 
 
 		 647 aa  108  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  28.48 
 
 		 337 aa  108  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2238  inner-membrane translocator  29.45 
 
 		 326 aa  108  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>