More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2530 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_2530  putative ABC transporter  100 
 
 
553 aa  1132  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.745103 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2173  extracellular solute-binding protein family 5  42.67 
 
 
544 aa  430  1e-119  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24440  extracellular solute-binding protein  34.66 
 
 
601 aa  292  1e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3498  extracellular solute-binding protein family 5  34.67 
 
 
560 aa  262  1e-68  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.716688 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3479  extracellular solute-binding protein family 5  32.97 
 
 
541 aa  260  5e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0507  extracellular solute-binding protein family 5  32.36 
 
 
537 aa  258  2e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0428  extracellular solute-binding protein family 5  31.81 
 
 
537 aa  257  5e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.970035  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1797  extracellular solute-binding protein family 5  34.06 
 
 
551 aa  255  1e-66  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.645119  normal  0.0256709 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3603  extracellular solute-binding protein family 5  33.46 
 
 
542 aa  255  1e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12220  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  32.67 
 
 
550 aa  252  1e-65  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3479  extracellular solute-binding protein  32.88 
 
 
546 aa  249  1e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.116614  normal  0.0951056 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2115  extracellular solute-binding protein  30.42 
 
 
511 aa  214  4e-54  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.435863  normal  0.188347 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1599  extracellular solute-binding protein family 5  32.32 
 
 
535 aa  214  5e-54  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.525219 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4174  extracellular solute-binding protein family 5  30.78 
 
 
545 aa  210  5e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2767  extracellular solute-binding protein  29.4 
 
 
555 aa  209  1e-52  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1266  extracellular solute-binding protein  32.92 
 
 
546 aa  208  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.335203  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6171  4-phytase  32.92 
 
 
546 aa  208  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.194184 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6565  extracellular solute-binding protein  32.92 
 
 
546 aa  208  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0953437  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2382  peptide ABC transporter  31.76 
 
 
560 aa  207  4e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0031  extracellular solute-binding protein family 5  30.62 
 
 
547 aa  204  3e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.255435  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0939  extracellular solute-binding protein family 5  32.3 
 
 
532 aa  199  9e-50  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0467048 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3157  extracellular solute-binding protein  30.43 
 
 
541 aa  198  2e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.821676 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4456  extracellular solute-binding protein family 5  30.22 
 
 
545 aa  194  3e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7175  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  28.8 
 
 
543 aa  194  5e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2659  extracellular solute-binding protein  33.67 
 
 
535 aa  185  2e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.696058  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4854  putative ABC transporter (substrate binding protein)  27.51 
 
 
554 aa  182  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.441686 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3845  extracellular solute-binding protein  29 
 
 
564 aa  179  8e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.267838  normal  0.0712114 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0033  extracellular solute-binding protein family 5  29.66 
 
 
547 aa  177  6e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  28.23 
 
 
528 aa  175  2e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  3.82125e-05  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34340  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  32.38 
 
 
562 aa  173  6e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.144528  normal  0.124622 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0241  extracellular solute-binding protein family 5  28.83 
 
 
551 aa  167  3e-40  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.161576  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  26.36 
 
 
534 aa  167  6e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2311  extracellular solute-binding protein family 5  27.9 
 
 
562 aa  166  7e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.34367  normal  0.0804809 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4320  extracellular solute-binding protein family 5  30.79 
 
 
554 aa  164  3e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0295  extracellular solute-binding protein family 5  27.38 
 
 
558 aa  164  5e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  25.98 
 
 
535 aa  162  1e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1057  extracellular solute-binding protein  28.14 
 
 
557 aa  162  1e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.553694 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5184  ABC-type transporter, substrate binding protein  30.64 
 
 
550 aa  161  3e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.532866  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4832  putative ABC transporter (substrate binding protein)  26.92 
 
 
551 aa  161  3e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.264059  normal  0.92248 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0469  extracellular solute-binding protein family 5  29.41 
 
 
554 aa  157  3e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.232879  normal  0.208856 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  24.49 
 
 
521 aa  157  5e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  28.6 
 
 
520 aa  157  6e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  24.49 
 
 
521 aa  156  8e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  24.49 
 
 
521 aa  156  8e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  24.49 
 
 
521 aa  156  8e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  24.49 
 
 
521 aa  156  8e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  29.74 
 
 
531 aa  155  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34390  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  30.25 
 
 
542 aa  155  2e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.256824  normal  0.563037 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  26.87 
 
 
524 aa  154  4e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3103  extracellular solute-binding protein  28.63 
 
 
519 aa  153  6e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.376049  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3088  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein, putative  25.96 
 
 
542 aa  153  7e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.118464  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1779  extracellular solute-binding protein family 5  30.07 
 
 
547 aa  151  2e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.79401e-13 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  25.05 
 
 
544 aa  152  2e-35  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  24.5 
 
 
544 aa  151  3e-35  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1288  extracellular solute-binding protein  32.15 
 
 
492 aa  151  3e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.213997  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1012  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.88 
 
 
492 aa  150  6e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.622148  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  28.33 
 
 
565 aa  150  7e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3243  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 
509 aa  150  7e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.649697  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0077  extracellular solute-binding protein family 5  33.43 
 
 
501 aa  149  1e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18670  extracellular solute-binding protein  25.83 
 
 
587 aa  149  1e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  24.82 
 
 
541 aa  148  2e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  6.66118e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3755  extracellular solute-binding protein  27.89 
 
 
557 aa  148  2e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  27.8 
 
 
493 aa  147  5e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3223  ABC transporter, periplasmic binding protein  26.61 
 
 
539 aa  146  9e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.680403  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1961  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  27.31 
 
 
513 aa  146  9e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.386989 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0917  glutathione-binding protein GsiB  26.65 
 
 
512 aa  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2958  extracellular solute-binding protein  26.2 
 
 
543 aa  145  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  26.36 
 
 
508 aa  145  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1000  glutathione-binding protein GsiB  26.65 
 
 
512 aa  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0890  glutathione-binding protein GsiB  26.65 
 
 
512 aa  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.362875  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0950  glutathione-binding protein GsiB  26.65 
 
 
512 aa  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.981703  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0979  glutathione-binding protein GsiB  26.65 
 
 
512 aa  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0954  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  32.74 
 
 
479 aa  145  3e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2497  extracellular solute-binding protein family 5  32.18 
 
 
528 aa  144  3e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0778602 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2795  extracellular solute-binding protein family 5  33.06 
 
 
499 aa  144  4e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.730452 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  27.5 
 
 
538 aa  144  4e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2197  extracellular solute-binding protein family 5  26.75 
 
 
556 aa  144  5e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1605  extracellular solute-binding protein  28.78 
 
 
595 aa  143  7e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  26.93 
 
 
519 aa  143  8e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  27.62 
 
 
515 aa  142  1e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3437  extracellular solute-binding protein  28.77 
 
 
492 aa  142  1e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.58601  normal  0.852102 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0888  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  28.04 
 
 
512 aa  142  2e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  27.31 
 
 
516 aa  142  2e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6076  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  32.36 
 
 
524 aa  141  3e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.814144  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2658  extracellular solute-binding protein family 5  31.03 
 
 
529 aa  141  4e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00293814 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48060  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
525 aa  140  4e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1324  extracellular solute-binding protein  28.16 
 
 
512 aa  140  4e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.725738 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0981  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  27.83 
 
 
512 aa  140  5e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0901  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  27.61 
 
 
512 aa  140  5e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2518  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  27.83 
 
 
512 aa  140  5e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0855  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  27.83 
 
 
512 aa  140  6e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7328  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  32.03 
 
 
517 aa  140  7e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.399444  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3852  extracellular solute-binding protein  28.41 
 
 
521 aa  140  7e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0773863  normal  0.697886 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2814  extracellular solute-binding protein  27.03 
 
 
512 aa  140  8e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.993061  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7558  putative dipeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  25.97 
 
 
515 aa  140  8e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.864379 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05550  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.85 
 
 
550 aa  139  9e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.163393  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1632  extracellular solute-binding protein family 5  28.6 
 
 
517 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1491  extracellular solute-binding protein family 5  26.67 
 
 
514 aa  139  1e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00797  predicted peptide transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.4 
 
 
493 aa  138  3e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.719474  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  27.35 
 
 
538 aa  138  3e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>