More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2420 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_2420  putative ABC spermidine/putrescine transporter permease protein  100 
 
 
281 aa  545  1e-154  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.814446  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1479  ABC transporter, permease protein  37.5 
 
 
260 aa  188  8e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0195961  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1221  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  39.92 
 
 
282 aa  179  4.999999999999999e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3109  spermidine/putrescine ABC transporter permease  39.92 
 
 
282 aa  179  7e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.92 
 
 
282 aa  179  7e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4679  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.54 
 
 
287 aa  178  7e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.08 
 
 
272 aa  176  4e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3639  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.11 
 
 
268 aa  176  5e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.344703 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.08 
 
 
272 aa  175  7e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2708  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  39.92 
 
 
264 aa  169  4e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319241  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.18 
 
 
278 aa  169  6e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.09 
 
 
275 aa  165  8e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.98 
 
 
268 aa  165  8e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3236  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.87 
 
 
262 aa  165  8e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0387101  normal  0.554966 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.82 
 
 
274 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
279 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.144254  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.84 
 
 
279 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0828593 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4946  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.65 
 
 
264 aa  162  6e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.650523  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3393  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  37.45 
 
 
264 aa  162  7e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
264 aa  162  7e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.645477  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.39 
 
 
274 aa  161  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.17 
 
 
265 aa  161  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.973641  normal  0.52762 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.38 
 
 
275 aa  160  2e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0709875  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.39 
 
 
275 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.355956 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.4 
 
 
272 aa  159  5e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3945  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
264 aa  159  6e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.334886  normal  0.870267 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.71 
 
 
269 aa  158  8e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.96 
 
 
275 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0306  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.8 
 
 
264 aa  158  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0887  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.96 
 
 
263 aa  157  1e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.15 
 
 
268 aa  158  1e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.12 
 
 
279 aa  157  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576146  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.96 
 
 
275 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.439073 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.72 
 
 
275 aa  157  3e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1236  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  35.63 
 
 
267 aa  156  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.362839  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.82 
 
 
275 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.776443 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5506  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.01 
 
 
267 aa  156  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.673957  normal  0.0589597 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4322  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.29 
 
 
265 aa  155  6e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.102499  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07900  putative permease of ABC transporter  39.63 
 
 
276 aa  155  6e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280578 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4437  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.86 
 
 
264 aa  155  7e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.67 
 
 
262 aa  155  9e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.438917 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.06 
 
 
262 aa  154  1e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2522  ABC transporter, permease protein  36.36 
 
 
264 aa  155  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.63 
 
 
284 aa  154  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.47 
 
 
275 aa  154  1e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.84 
 
 
264 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8304  ABC transporter  34.15 
 
 
265 aa  154  2e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0178234  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.61 
 
 
268 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.217099  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.17 
 
 
606 aa  153  2e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.2 
 
 
269 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0037178  normal  0.4746 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.2 
 
 
268 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.911704  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3243  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.62 
 
 
269 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.06 
 
 
269 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0161656 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2705  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  35.6 
 
 
265 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.628706  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0750  ABC transporter permease  39.63 
 
 
276 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2333  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.6 
 
 
264 aa  152  4e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.161709  normal  0.782854 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.94 
 
 
264 aa  152  7e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.381273  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.34 
 
 
264 aa  152  8e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.447694  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1894  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.6 
 
 
265 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00977235  normal  0.387076 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.34 
 
 
264 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.628457 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.1 
 
 
264 aa  151  1e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.533361  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003666  probable permease of ABC transporter  35.16 
 
 
282 aa  151  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1834  ABC transporter, permease protein  36.1 
 
 
269 aa  151  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.632575 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1588  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  41.55 
 
 
279 aa  150  2e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.148375 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7195  ABC transporter permease  36.78 
 
 
271 aa  150  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.94 
 
 
264 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.94 
 
 
264 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.332864 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.94 
 
 
264 aa  150  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.183233 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.17 
 
 
268 aa  150  3e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0474626  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.69 
 
 
391 aa  149  3e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0689786  normal  0.478679 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.17 
 
 
263 aa  149  5e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.829399  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0469  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.75 
 
 
261 aa  149  6e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
264 aa  149  6e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.16 
 
 
264 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.676109 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4377  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.83 
 
 
265 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4045  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.28 
 
 
274 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.329946  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0645  polyamine ABC transporter, permease protein  34.75 
 
 
279 aa  146  3e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.637437  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2930  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  32.95 
 
 
279 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6034  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.58 
 
 
259 aa  145  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.958438 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1105  polyamine ABC transporter, permease protein  36.19 
 
 
267 aa  145  6e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2498  putative polyamine ABC transporter, permease protein  34.75 
 
 
289 aa  145  6e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.633965  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2359  putative polyamine ABC transporter, permease protein  34.75 
 
 
289 aa  145  6e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1033  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.92 
 
 
550 aa  145  6e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.957073  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0812  polyamine ABC transporter, permease protein  34.75 
 
 
279 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610714  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.14 
 
 
278 aa  145  7.0000000000000006e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2579  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.78 
 
 
277 aa  145  8.000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.715101  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1008  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.27 
 
 
273 aa  145  1e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.507644  normal  0.428884 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4689  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.24 
 
 
276 aa  145  1e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.363302  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1647  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.3 
 
 
262 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.29435 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6836  putrescine ABC transporter membrane protein  37.29 
 
 
274 aa  144  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263779  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0748  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter inner membrane protein  33.74 
 
 
264 aa  144  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.467059  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.32 
 
 
279 aa  144  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.644272 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.9 
 
 
267 aa  144  1e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35 
 
 
284 aa  144  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.109099  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0565  polyamine ABC transporter, permease protein  39.81 
 
 
273 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.903035  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0498  putative sperimidine/putrescine ABC transporter (permease protein)  35.96 
 
 
265 aa  144  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.986757  normal  0.371454 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0533  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.68 
 
 
302 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1886  ABC polyamine/opine transporter, inner membrane subunit  36.68 
 
 
302 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0261044  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.8 
 
 
270 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.46 
 
 
268 aa  143  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.303148  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>