More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2349 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2349  octaprenyl diphosphate synthase  100 
 
 		 336 aa  678    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130526 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1088  farnesyltranstransferase  92.86 
 
 		 336 aa  638    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1214  farnesyltranstransferase  91.96 
 
 		 336 aa  634    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1232  Polyprenyl synthetase  91.67 
 
 		 336 aa  630  1e-180  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4354  farnesyltranstransferase  91.07 
 
 		 336 aa  622  1e-177  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.523786  hitchhiker  0.00985531 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2592  polyprenyl synthetase  89.58 
 
 		 336 aa  615  1e-175  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.114773 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3215  farnesyltranstransferase  88.99 
 
 		 336 aa  614  1e-175  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.153645  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1373  polyprenyl synthetase  78.87 
 
 		 335 aa  540  9.999999999999999e-153  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4378  Polyprenyl synthetase  75.36 
 
 		 345 aa  520  1e-146  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.399439  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2749  polyprenyl synthetase  75.65 
 
 		 345 aa  520  1e-146  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0535555  normal  0.102238 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3301  Polyprenyl synthetase  78.15 
 
 		 351 aa  517  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.470384 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1115  Polyprenyl synthetase  75.3 
 
 		 337 aa  509  1e-143  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3427  Polyprenyl synthetase  75 
 
 		 340 aa  508  1e-143  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.640132 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0855  polyprenyl synthetase  74.55 
 
 		 336 aa  510  1e-143  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.215594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3108  polyprenyl synthetase  75.29 
 
 		 340 aa  509  1e-143  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.185036 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5347  polyprenyl synthetase  71.98 
 
 		 339 aa  489  1e-137  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.960617 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0519  polyprenyl synthetase  68.85 
 
 		 356 aa  458  9.999999999999999e-129  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0401  polyprenyl synthetase family protein  68.54 
 
 		 340 aa  452  1.0000000000000001e-126  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0711  polyprenyl synthetase  63.99 
 
 		 338 aa  449  1e-125  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0498261  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0567  Farnesyltranstransferase  67.56 
 
 		 338 aa  444  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0523  Polyprenyl synthetase  67.56 
 
 		 338 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.057969  normal  0.393199 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0410  polyprenyl synthetase family protein  67.91 
 
 		 328 aa  444  1e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.21047  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0458  polyprenyl synthetase  66.07 
 
 		 338 aa  443  1e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.480075 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0722  polyprenyl synthetase  65.49 
 
 		 339 aa  435  1e-121  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.197048  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0943  octaprenyl-diphosphate synthase  66.07 
 
 		 338 aa  432  1e-120  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.560813  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0383  polyprenyl synthetase  57.32 
 
 		 338 aa  390  1e-107  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.398476  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0514  trans-hexaprenyltranstransferase  58.2 
 
 		 337 aa  380  1e-104  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.655757 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2950  farnesyltranstransferase  56.79 
 
 		 360 aa  354  1e-96  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.530131  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3448  polyprenyl synthetase  53.73 
 
 		 341 aa  352  4e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.142936 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1353  farnesyltranstransferase  54.83 
 
 		 337 aa  343  2.9999999999999997e-93  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.350614  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0054  Polyprenyl synthetase  51.35 
 
 		 358 aa  332  4e-90  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00942137  normal  0.0473484 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2470  polyprenyl synthetase  53.46 
 
 		 333 aa  331  1e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.870364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3742  farnesyltranstransferase  52.13 
 
 		 336 aa  331  1e-89  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.326793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2406  trans-hexaprenyltranstransferase  53.46 
 
 		 333 aa  330  2e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.463272  normal  0.792362 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2184  trans-hexaprenyltranstransferase  53.5 
 
 		 340 aa  330  3e-89  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0750  geranylgeranyl pyrophosphate synthase/polyprenyl synthetase  53.14 
 
 		 333 aa  328  6e-89  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1432  polyprenyl synthetase  52.31 
 
 		 344 aa  327  2.0000000000000001e-88  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0487  trans-hexaprenyltranstransferase  51.66 
 
 		 335 aa  327  2.0000000000000001e-88  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3072  octaprenyl-diphosphate synthase  58.84 
 
 		 334 aa  324  1e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.436808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2031  trans-hexaprenyltranstransferase  50.78 
 
 		 333 aa  318  6e-86  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3354  trans-hexaprenyltranstransferase  51.55 
 
 		 331 aa  313  1.9999999999999998e-84  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00431304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3376  polyprenyl synthetase  51.88 
 
 		 322 aa  307  1.0000000000000001e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0854  farnesyltranstransferase  49.52 
 
 		 322 aa  303  4.0000000000000003e-81  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3032  trans-hexaprenyltranstransferase  46.41 
 
 		 345 aa  286  4e-76  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1003  polyprenyl synthetase  46.15 
 
 		 323 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000127512  decreased coverage  0.00000500836 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0244  octaprenyl-diphosphate synthase  44.27 
 
 		 326 aa  281  1e-74  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000222684  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1317  octaprenyl-diphosphate synthase  44.94 
 
 		 322 aa  277  1e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0769  Polyprenyl synthetase  49.2 
 
 		 327 aa  275  6e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3205  octaprenyl-diphosphate synthase  45.94 
 
 		 322 aa  274  1.0000000000000001e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.192377  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0510  dimethylallyltransferase  47.69 
 
 		 330 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0303508 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0851  polyprenyl synthetase  45.34 
 
 		 323 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000684066  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2455  polyprenyl synthetase  43.85 
 
 		 322 aa  273  3e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000180398  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60470  octaprenyl-diphosphate synthase  45.57 
 
 		 322 aa  272  5.000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.456687  normal  0.0384277 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0700  trans-hexaprenyltranstransferase  46.03 
 
 		 322 aa  270  2e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.286073 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0472  octaprenyl diphosphate synthase  44.86 
 
 		 323 aa  270  2e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000437093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5209  octaprenyl-diphosphate synthase  45.57 
 
 		 322 aa  270  2e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1814  farnesyltranstransferase  45.2 
 
 		 322 aa  270  2e-71  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3415  Polyprenyl synthetase  43.12 
 
 		 322 aa  271  2e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00212563  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0863  trans-hexaprenyltranstransferase  47.52 
 
 		 343 aa  270  2.9999999999999997e-71  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0603068  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0833  trans-hexaprenyltranstransferase  47.52 
 
 		 322 aa  270  2.9999999999999997e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3481  octaprenyl diphosphate synthase  43.61 
 
 		 323 aa  269  4e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000172444  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3683  polyprenyl synthetase  46.84 
 
 		 322 aa  269  5e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.719488  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00798  octaprenyl-diphosphate synthase  44.13 
 
 		 323 aa  268  7e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2830  trans-hexaprenyltranstransferase  42.77 
 
 		 333 aa  268  1e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000446804  normal  0.601872 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3477  Trans-hexaprenyltranstransferase  42.5 
 
 		 322 aa  268  1e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00654823 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3623  octaprenyl diphosphate synthase  45.66 
 
 		 323 aa  268  1e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000129591  normal  0.282199 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0796  octylprenyl diphosphate synthase  46.03 
 
 		 322 aa  267  2e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3497  octaprenyl diphosphate synthase  45.43 
 
 		 370 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000502837  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001674  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  43.81 
 
 		 323 aa  267  2e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000010929  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2004  Trans-hexaprenyltranstransferase  45.51 
 
 		 322 aa  267  2e-70  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3566  octaprenyl diphosphate synthase  45.43 
 
 		 370 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000499434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3602  octaprenyl diphosphate synthase  45.43 
 
 		 370 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0102331  normal  0.778789 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3664  octaprenyl diphosphate synthase  45.43 
 
 		 370 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000479372  normal  0.0578061 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3495  octaprenyl diphosphate synthase  45.43 
 
 		 370 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000567296  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2823  octaprenyl-diphosphate synthase  46.23 
 
 		 322 aa  266  2.9999999999999995e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000462084  normal  0.156809 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2852  octaprenyl-diphosphate synthase  44.76 
 
 		 348 aa  266  2.9999999999999995e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000355591  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4498  polyprenyl synthetase  45.4 
 
 		 322 aa  266  5e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.507536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0719  polyprenyl synthetase  45.4 
 
 		 322 aa  266  5e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0687  polyprenyl synthetase  45.4 
 
 		 322 aa  265  7e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.573498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1849  trans-hexaprenyltranstransferase  47.22 
 
 		 323 aa  265  7e-70  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3361  octaprenyl diphosphate synthase  43.96 
 
 		 323 aa  265  8e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000000777945  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2007  trans-hexaprenyltranstransferase  44.48 
 
 		 322 aa  265  1e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00197396  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3583  octaprenyl diphosphate synthase  44.62 
 
 		 323 aa  265  1e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000015877  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0360  octaprenyl-diphosphate synthase  44.44 
 
 		 323 aa  264  1e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00089716  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0718  polyprenyl synthetase  45.4 
 
 		 322 aa  264  1e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.454253  decreased coverage  0.00754032 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0953  trans-hexaprenyltranstransferase  42.24 
 
 		 323 aa  264  2e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0940385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1007  phage tail region protein  44.83 
 
 		 320 aa  264  2e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000193077  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4513  octaprenyl-diphosphate synthase  43.34 
 
 		 327 aa  263  3e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0340  trans-hexaprenyltranstransferase  50 
 
 		 321 aa  263  3e-69  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104163  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2277  Polyprenyl synthetase  42.41 
 
 		 322 aa  263  4e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03052  octaprenyl diphosphate synthase  45.72 
 
 		 323 aa  262  4.999999999999999e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0077638  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0520  Polyprenyl synthetase  45.72 
 
 		 323 aa  262  4.999999999999999e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000996752  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0513  octaprenyl diphosphate synthase  45.72 
 
 		 323 aa  262  4.999999999999999e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000265793  normal  0.0203333 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2582  hypothetical protein  43.34 
 
 		 322 aa  262  4.999999999999999e-69  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4861  polyprenyl synthetase  46.03 
 
 		 322 aa  262  4.999999999999999e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.615334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3673  octaprenyl diphosphate synthase  45.72 
 
 		 323 aa  262  4.999999999999999e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000447788  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03003  hypothetical protein  45.72 
 
 		 323 aa  262  4.999999999999999e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00507808  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3380  octaprenyl diphosphate synthase  45.72 
 
 		 323 aa  262  4.999999999999999e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.3954399999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3483  octaprenyl diphosphate synthase  45.39 
 
 		 323 aa  262  6e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000324786  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4509  octaprenyl diphosphate synthase  45.72 
 
 		 323 aa  261  8.999999999999999e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>