More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2015 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2015  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 239 aa  481  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2014  GntR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 228 aa  215  5e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3649  GntR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 216 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0460435 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5017  GntR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 231 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.488746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1544  GntR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 221 aa  137  1e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.403257  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1715  GntR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 230 aa  134  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.677468  normal  0.297998 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3471  transcriptional regulator, GntR family  44.13 
 
 		 234 aa  129  4.0000000000000003e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.204704  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0537  GntR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 248 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00104238 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 246 aa  108  5e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 230 aa  106  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0584  transcriptional regulator, GntR family  34.74 
 
 		 231 aa  105  9e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.525368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1557  GntR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 220 aa  100  3e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.76669  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1028  GntR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 230 aa  98.2  1e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000104073  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 218 aa  97.4  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4197  GntR family transcriptional regulator  36.74 
 
 		 255 aa  96.7  3e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.675851  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 226 aa  95.9  4e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4108  transcriptional regulator, GntR family  36.32 
 
 		 227 aa  96.3  4e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.724357  normal  0.672697 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 228 aa  95.1  9e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  26.34 
 
 		 231 aa  94.7  1e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 222 aa  94.7  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 228 aa  93.2  3e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  30.73 
 
 		 226 aa  92.8  4e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0405  transcriptional regulator, GntR family  32.7 
 
 		 219 aa  92.8  5e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  32.39 
 
 		 232 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1422  GntR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 221 aa  91.3  1e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0669169  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 223 aa  90.5  2e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 255 aa  90.5  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 255 aa  90.1  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3766  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 234 aa  90.9  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 262 aa  90.5  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 262 aa  90.5  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7955  transcriptional regulator, GntR family  34.08 
 
 		 233 aa  90.1  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 238 aa  90.1  3e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  30.77 
 
 		 239 aa  89.7  3e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  32.66 
 
 		 258 aa  90.1  3e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 238 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  30.32 
 
 		 240 aa  90.1  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 255 aa  89.7  3e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 255 aa  89.7  3e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 238 aa  89.4  4e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  31.46 
 
 		 237 aa  89.7  4e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 262 aa  89.7  4e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  31.92 
 
 		 240 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 238 aa  89.4  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  33.01 
 
 		 230 aa  89  6e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  31.92 
 
 		 240 aa  89  6e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  33.01 
 
 		 228 aa  89  6e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 233 aa  88.6  7e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3959  GntR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 219 aa  88.6  9e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.426708  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 256 aa  88.2  9e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 227 aa  87.8  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 241 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  32.39 
 
 		 239 aa  88.2  1e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0043  transcriptional regulator, GntR family  33.01 
 
 		 231 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0169991 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 234 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 222 aa  87  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3670  transcriptional regulator, GntR family  30.62 
 
 		 236 aa  87.4  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  26.54 
 
 		 226 aa  86.7  3e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1510  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 232 aa  86.7  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.336226  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 240 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 229 aa  86.3  4e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1418  GntR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 222 aa  86.3  4e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0498  GntR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 231 aa  85.9  5e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 242 aa  85.9  5e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 225 aa  85.9  5e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 237 aa  85.9  5e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  29.63 
 
 		 229 aa  85.9  6e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  29.63 
 
 		 229 aa  85.5  7e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 231 aa  85.1  8e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3335  GntR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 221 aa  84.7  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.222517  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 233 aa  84.3  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3095  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 222 aa  84.3  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000525729  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2500  GntR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 220 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0872238 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 224 aa  85.1  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1856  transcriptional regulator, GntR family protein  28.44 
 
 		 214 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1819  GntR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 222 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.418734  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0483  transcriptional regulator, GntR family  30.29 
 
 		 227 aa  84.7  0.000000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1244  GntR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 229 aa  84  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.376161 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28010  transcriptional regulator, GntR family  31.73 
 
 		 219 aa  84.3  0.000000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0384037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4064  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 227 aa  83.6  0.000000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.916339  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4343  GntR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 218 aa  84  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3159  GntR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 223 aa  83.6  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4617  GntR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 239 aa  83.6  0.000000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3523  GntR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 275 aa  83.2  0.000000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.33471  normal  0.169398 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  27.45 
 
 		 223 aa  82.8  0.000000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 232 aa  82.8  0.000000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  27 
 
 		 235 aa  82.8  0.000000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 219 aa  82.8  0.000000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  31.37 
 
 		 238 aa  82.4  0.000000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1663  GntR-like protein  30.48 
 
 		 218 aa  82  0.000000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4215  transcriptional regulator, GntR family  33.18 
 
 		 222 aa  82  0.000000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.162899  normal  0.774443 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6280  transcriptional regulator, GntR family  29.72 
 
 		 233 aa  82  0.000000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.00000068764  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 251 aa  82  0.000000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  29.06 
 
 		 214 aa  82  0.000000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4341  transcriptional regulator, GntR family  32.87 
 
 		 221 aa  81.6  0.000000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.341994 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4345  GntR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 242 aa  81.6  0.000000000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4862  transcriptional regulator, GntR family  29.61 
 
 		 236 aa  81.6  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.556045  normal  0.353938 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3247  GntR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 230 aa  81.3  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2110  GntR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 220 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.123928  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4561  GntR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 227 aa  81.3  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>