272 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2007 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_2007  hydrogenase nickel incorporation  100 
 
 
321 aa  650    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.300196  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3761  hydrogenase accessory protein HypB  74.78 
 
 
307 aa  347  2e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1166  hydrogenase accessory protein HypB  75.11 
 
 
318 aa  324  2e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.153393  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2744  hydrogenase accessory protein HypB  55.19 
 
 
293 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3978  hydrogenase accessory protein HypB  52.28 
 
 
352 aa  305  6e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7255  hydrogenase accessory protein HypB  54.1 
 
 
292 aa  305  8.000000000000001e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.634166  normal  0.351792 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1536  hydrogenase accessory protein HypB  54.31 
 
 
326 aa  305  1.0000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0107781  normal  0.0565242 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50480  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  55.73 
 
 
303 aa  303  2.0000000000000002e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0494141  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1174  hydrogenase accessory protein HypB  73.13 
 
 
312 aa  302  5.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.150463  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02577  GTP hydrolase involved in nickel liganding into hydrogenases  50.81 
 
 
290 aa  301  1e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0962  hydrogenase accessory protein HypB  50.81 
 
 
290 aa  301  1e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0985  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  50.81 
 
 
290 aa  301  1e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.225312 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2852  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  50.81 
 
 
290 aa  301  1e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.484483 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2864  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  50.81 
 
 
290 aa  301  1e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02542  hypothetical protein  50.81 
 
 
290 aa  301  1e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3150  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  50.81 
 
 
290 aa  301  1e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3015  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  50.49 
 
 
290 aa  300  3e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3979  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  50.81 
 
 
290 aa  300  3e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3008  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  50.81 
 
 
290 aa  298  7e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0101113 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2977  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  50.81 
 
 
290 aa  298  9e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3044  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  50.81 
 
 
290 aa  298  9e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00655441 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3060  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  50.81 
 
 
290 aa  298  9e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0585288 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4559  hydrogenase accessory protein HypB  66.36 
 
 
301 aa  297  1e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3922  hydrogenase accessory protein HypB  52.56 
 
 
322 aa  298  1e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.320935  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3165  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  50.49 
 
 
290 aa  294  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.591749 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4493  hydrogenase accessory protein HypB  53.42 
 
 
300 aa  291  7e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.166702 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2445  hydrogenase accessory protein HypB  58.23 
 
 
323 aa  287  1e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.120884 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2886  hydrogenase accessory protein HypB  50.33 
 
 
267 aa  287  2e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.896709  normal  0.39572 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3288  hydrogenase accessory protein HypB  50.33 
 
 
266 aa  286  2.9999999999999996e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0506  NI2+-binding GTPase protein HypB  53.04 
 
 
289 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2157  hydrogenase accessory protein HypB  52.24 
 
 
289 aa  281  1e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.126874  normal  0.122693 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1169  hydrogenase accessory protein HypB  64.49 
 
 
268 aa  280  3e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0580173  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4096  hydrogenase accessory protein HypB  50.78 
 
 
312 aa  279  5e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0534  hydrogenase accessory protein HypB  49.52 
 
 
300 aa  278  6e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0802  hydrogenase accessory protein HypB  44.44 
 
 
279 aa  277  2e-73  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.287566  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1417  hydrogenase accessory protein HypB  63.23 
 
 
394 aa  275  9e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1963  hydrogenase accessory protein HypB  54.14 
 
 
328 aa  273  2.0000000000000002e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2436  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  63.23 
 
 
264 aa  273  4.0000000000000004e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0427  hydrogenase accessory protein HypB  43.73 
 
 
284 aa  271  1e-71  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0438  hydrogenase accessory protein HypB  43.73 
 
 
284 aa  271  1e-71  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.408549 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3200  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  48.21 
 
 
287 aa  267  2e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.747467  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1285  hydrogenase accessory protein HypB  54.55 
 
 
345 aa  267  2e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.497783 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2815  hydrogenase-3 accessory protein, assembly of metallocenter  46.79 
 
 
345 aa  267  2e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1810  hydrogenase accessory protein HypB  49.8 
 
 
292 aa  266  5e-70  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3108  hydrogenase accessory protein HypB  51.48 
 
 
306 aa  265  8e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3881  hydrogenase accessory protein HypB  42.76 
 
 
267 aa  263  2e-69  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.675088  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2018  hydrogenase accessory protein HypB  45.48 
 
 
315 aa  262  6e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.709474  normal 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0171  hydrogenase accessory protein HypB  43.93 
 
 
303 aa  262  6.999999999999999e-69  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.452603  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3748  hydrogenase accessory protein HypB  43.43 
 
 
319 aa  261  2e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3904  hydrogenase accessory protein HypB  57.14 
 
 
284 aa  259  5.0000000000000005e-68  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2183  hydrogenase accessory protein HypB  58.44 
 
 
313 aa  259  6e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.177735  normal  0.20266 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0475  hydrogenase accessory protein HypB  55.24 
 
 
288 aa  258  8e-68  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.600099 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4608  hydrogenase accessory protein HypB  43 
 
 
281 aa  257  2e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1160  hydrogenase accessory protein HypB  53.9 
 
 
313 aa  257  2e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3978  hydrogenase accessory protein HypB  57.82 
 
 
283 aa  253  4.0000000000000004e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.83518  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3066  hydrogenase accessory protein HypB  60.09 
 
 
286 aa  252  5.000000000000001e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.13732  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2417  hydrogenase accessory protein HypB  58.02 
 
 
267 aa  252  7e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0580161  normal  0.128777 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0478  hydrogenase nickel incorporation  56.07 
 
 
237 aa  251  8.000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.278517  normal  0.249483 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0120  hydrogenase accessory protein HypB  57.52 
 
 
244 aa  251  1e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000574081  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2052  hydrogenase accessory protein HypB  57.08 
 
 
269 aa  250  2e-65  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.858375  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1212  GTP hydrolase, accessory liganding Ni into hydrogenases, HypB  52.25 
 
 
264 aa  249  4e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.113745 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2145  hydrogenase accessory protein HypB  57.49 
 
 
261 aa  244  9.999999999999999e-64  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2191  hydrogenase accessory protein HypB  57.49 
 
 
261 aa  244  9.999999999999999e-64  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.23017 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3133  hydrogenase accessory protein HypB  56.76 
 
 
282 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0866  hydrogenase accessory protein HypB  43.85 
 
 
305 aa  243  3.9999999999999997e-63  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2132  hydrogenase accessory protein HypB  56.52 
 
 
263 aa  242  6e-63  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00364389 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1458  hydrogenase accessory protein HypB  55.71 
 
 
268 aa  241  7.999999999999999e-63  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0534  hydrogenase accessory protein HypB  55.61 
 
 
275 aa  241  1e-62  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0721  hydrogenase accessory protein HypB  53.49 
 
 
270 aa  241  2e-62  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2781  hydrogenase accessory protein HypB  56.87 
 
 
276 aa  238  8e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1938  hydrogenase accessory protein HypB  48.77 
 
 
283 aa  237  2e-61  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.1209  normal 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3214  hydrogenase accessory protein HypB  58.65 
 
 
303 aa  236  3e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0718  hydrogenase accessory protein HypB  48.57 
 
 
257 aa  236  5.0000000000000005e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1786  hydrogenase accessory protein HypB  53.92 
 
 
269 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000796055  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2540  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  53.62 
 
 
252 aa  232  6e-60  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1765  hydrogenase accessory protein HypB  52.56 
 
 
264 aa  230  2e-59  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.997182 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1644  hydrogenase accessory protein HypB  51.83 
 
 
270 aa  230  3e-59  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2395  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  52.66 
 
 
252 aa  229  5e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0756  hydrogenase accessory protein HypB  50.95 
 
 
218 aa  226  6e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.901261  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0448  hydrogenase accessory protein HypB  51.44 
 
 
220 aa  222  7e-57  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1307  hydrogenase accessory protein HypB  50.23 
 
 
219 aa  219  3.9999999999999997e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00162338  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2482  hydrogenase accessory protein HypB  49.57 
 
 
239 aa  216  4e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08010  hydrogenase accessory protein HypB  49.77 
 
 
273 aa  215  8e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3165  hydrogenase accessory protein HypB  48.56 
 
 
218 aa  214  9.999999999999999e-55  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0461052 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0044  hydrogenase accessory protein HypB  47 
 
 
250 aa  214  1.9999999999999998e-54  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0929  hydrogenase accessory protein HypB  48.33 
 
 
224 aa  214  1.9999999999999998e-54  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.367308 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1079  hydrogenase accessory protein HypB  44.6 
 
 
297 aa  208  8e-53  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0788642  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4012  hydrogenase accessory protein HypB  49.07 
 
 
225 aa  208  1e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.411512 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2357  hydrogenase accessory protein HypB  46.01 
 
 
254 aa  205  8e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0142835 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0871  hydrogenase accessory protein HypB  37.86 
 
 
283 aa  202  5e-51  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2552  hydrogenase accessory protein HypB  49.32 
 
 
242 aa  202  9e-51  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.146085  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1274  hydrogenase accessory protein HypB  46.25 
 
 
277 aa  201  9.999999999999999e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.388022  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5247  hydrogenase accessory protein HypB  46.95 
 
 
224 aa  201  9.999999999999999e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0726  hydrogenase accessory protein HypB  46.12 
 
 
247 aa  201  1.9999999999999998e-50  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.932617  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1497  hydrogenase accessory protein HypB  44.71 
 
 
222 aa  200  1.9999999999999998e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0637666  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3363  hydrogenase accessory protein HypB  46.38 
 
 
220 aa  201  1.9999999999999998e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1893  hydrogenase accessory protein HypB  42.21 
 
 
295 aa  199  5e-50  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1098  hydrogenase accessory protein HypB  46.76 
 
 
278 aa  199  6e-50  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11720  hydrogenase accessory protein HypB  45.12 
 
 
217 aa  199  7e-50  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.708429  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1398  hydrogenase accessory protein HypB  44.73 
 
 
246 aa  199  7e-50  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0991365  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>