218 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_1746 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_1746  carbon monoxide dehydrogenase, coxC signalling protein  100 
 
 
410 aa  792    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.647734 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1209  putative integral membrane sensor protein  32.02 
 
 
368 aa  166  6.9999999999999995e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.131047  normal  0.490878 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2098  putative integral membrane sensor protein  26.32 
 
 
392 aa  126  9e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.096975  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3702  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.35 
 
 
692 aa  122  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.561666  normal  0.977889 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4875  PAS sensor protein  37.24 
 
 
632 aa  119  9e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.152822  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3749  ggdef domain/eal domain-containing protein  35.23 
 
 
699 aa  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.338574 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3579  ggdef domain/eal domain protein  35.23 
 
 
691 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.189396  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3580  ggdef domain/eal domain protein  35.23 
 
 
699 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3652  ggdef domain/eal domain protein  35.23 
 
 
699 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.117514 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5416  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.4 
 
 
632 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5360  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.82 
 
 
632 aa  117  3e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3686  ggdef domain/eal domain-containing protein  34.85 
 
 
699 aa  116  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0580402 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.77 
 
 
693 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.57074  normal  0.863761 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.62 
 
 
683 aa  114  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.587287 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6743  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.12 
 
 
693 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6277  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  42 
 
 
594 aa  113  5e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1563  putative integral membrane sensor protein  37.04 
 
 
367 aa  113  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2588  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.15 
 
 
766 aa  110  3e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49140  GGDEF domain protein  33.59 
 
 
689 aa  110  3e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0510  hypothetical protein  37.21 
 
 
701 aa  110  6e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0522945 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4460  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.01 
 
 
709 aa  110  6e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200253  normal  0.0648745 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.71 
 
 
766 aa  110  6e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5981  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  42.35 
 
 
602 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3581  GGDEF domain-containing protein  36.29 
 
 
695 aa  109  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2190  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.46 
 
 
695 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2525  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.5 
 
 
693 aa  108  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.37 
 
 
695 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  34.23 
 
 
685 aa  107  5e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0401  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  36.78 
 
 
687 aa  107  6e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.465852 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2057  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.49 
 
 
774 aa  105  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.906607  hitchhiker  0.00133985 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  34.62 
 
 
685 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.48 
 
 
694 aa  105  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0386  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.63 
 
 
685 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5574  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.7 
 
 
611 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5938  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.7 
 
 
611 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1490  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
724 aa  103  5e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.261971  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.07 
 
 
716 aa  103  8e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2456  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.61 
 
 
1128 aa  102  1e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.165433 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1867  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.89 
 
 
710 aa  100  4e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.559225  normal  0.957058 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2786  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.5 
 
 
627 aa  100  5e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7222  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.58 
 
 
589 aa  99  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.368099  normal  0.237593 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2798  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.11 
 
 
695 aa  99  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3335  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.36 
 
 
1122 aa  99  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.42 
 
 
689 aa  99  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6440  histidine kinase  40.2 
 
 
611 aa  96.7  6e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.920923  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0791  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.93 
 
 
1118 aa  94.7  3e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3232  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.93 
 
 
1118 aa  94.7  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and MHYT sensor(s)  32.07 
 
 
799 aa  91.7  2e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00964  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  37.31 
 
 
696 aa  90.5  4e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0651645  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06202  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  37.31 
 
 
696 aa  90.5  4e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.33406  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1466  putative integral membrane sensor protein  36.04 
 
 
322 aa  90.5  5e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.552337  normal  0.565857 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1087  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.87 
 
 
1121 aa  90.1  6e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.740067  hitchhiker  0.00000751372 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3194  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.16 
 
 
726 aa  90.1  6e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.178802  normal  0.0329837 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1252  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.46 
 
 
760 aa  89.7  9e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.849617  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.82 
 
 
686 aa  89.4  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.871944  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4364  putative integral membrane sensor protein  36.04 
 
 
273 aa  88.2  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  34.92 
 
 
453 aa  88.2  3e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0834  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.5 
 
 
831 aa  87.4  4e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.153138  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3722  ATP-binding region, ATPase-like protein  31.34 
 
 
1120 aa  86.7  8e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3515  LytR/AlgR family transcriptional regulator  37.38 
 
 
236 aa  83.6  0.000000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2102  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.04 
 
 
689 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.762889  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0524  putative integral membrane sensor protein  31.09 
 
 
269 aa  83.2  0.000000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.57 
 
 
709 aa  83.2  0.000000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2249  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.58 
 
 
1143 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.673162  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3716  putative integral membrane sensor protein  37.43 
 
 
306 aa  82  0.00000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.20203  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0260  sensor histidine kinase  36.65 
 
 
627 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3843  GGDEF  27.67 
 
 
763 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0922  EAL/GGDEF domain-containing protein  36.65 
 
 
627 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2691  sensor histidine kinase  36.65 
 
 
627 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2386  sensor histidine kinase  36.65 
 
 
627 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0755  sensor histidine kinase  36.65 
 
 
627 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.997175  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2467  sensor histidine kinase  36.65 
 
 
627 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.333423  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5176  MHYT  31.55 
 
 
264 aa  80.5  0.00000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3675  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.55 
 
 
966 aa  80.5  0.00000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2508  putative PAS/PAC sensor protein  36.46 
 
 
433 aa  80.5  0.00000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0530113 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0988  putative integral membrane sensor protein  35.57 
 
 
331 aa  79.7  0.00000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.012877  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  25.82 
 
 
756 aa  79.7  0.00000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4735  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.35 
 
 
689 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0595206  normal  0.234911 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7284  putative integral membrane sensor protein  32.82 
 
 
263 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.609148 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0614  sensor histidine kinase  35.9 
 
 
626 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.294788  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3694  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  25.77 
 
 
678 aa  79.3  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.323415  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0743  sensor histidine kinase  36.13 
 
 
627 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.573337  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1867  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.27 
 
 
712 aa  76.6  0.0000000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.669974  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1182  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  31.38 
 
 
688 aa  76.6  0.0000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0664  EAL/GGDEF domain-containing protein  31.91 
 
 
688 aa  76.6  0.0000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0241577  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0802  EAL/GGDEF domain-containing protein  31.91 
 
 
688 aa  76.6  0.0000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1766  EAL/GGDEF domain-containing protein  31.91 
 
 
688 aa  76.6  0.0000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.356944  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0910  putative integral membrane sensor protein  32.34 
 
 
251 aa  76.3  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2392  EAL/GGDEF domain-containing protein  31.38 
 
 
688 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278752  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1561  putative PAS/PAC sensor protein  34.58 
 
 
249 aa  75.9  0.000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.925231 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1106  diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  31.38 
 
 
688 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.804569  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2757  GGDEF domain/EAL domain protein  37.37 
 
 
703 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.203015  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21190  hypothetical protein  32.63 
 
 
785 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.42827 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1012  putative integral membrane sensor protein  35.07 
 
 
257 aa  72.8  0.000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.158695  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1661  putative integral membrane sensor protein  32.61 
 
 
252 aa  72.8  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.161452  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4067  putative integral membrane sensor protein  30.74 
 
 
289 aa  72  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1808  hypothetical protein  32.63 
 
 
726 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.882104  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2142  CO metabolism transcriptional regulator RcoM  30.58 
 
 
267 aa  71.6  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0995058 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2504  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.39 
 
 
1132 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0009  hypothetical protein  25.82 
 
 
288 aa  70.1  0.00000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>