57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_1494 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_1494  CopG family protein  100 
 
 
144 aa  288  1e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00276069  normal  0.69135 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1195  hypothetical protein  59.38 
 
 
149 aa  160  6e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.423858  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3540  hypothetical protein  59.38 
 
 
149 aa  160  6e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0700  hypothetical protein  60.47 
 
 
145 aa  149  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0590  hypothetical protein  59.09 
 
 
142 aa  147  4e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3690  hypothetical protein  55.47 
 
 
139 aa  147  5e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2819  hypothetical protein  60.16 
 
 
143 aa  143  7e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3194  hypothetical protein  55.04 
 
 
149 aa  142  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.14235  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1505  hypothetical protein  58.68 
 
 
142 aa  141  3e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.738458 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0143  hypothetical protein  56.49 
 
 
136 aa  139  1e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.802001  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2877  hypothetical protein  55.81 
 
 
143 aa  138  2e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.230975 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0750  hypothetical protein  55.04 
 
 
144 aa  138  2e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.751711  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7740  hypothetical protein  53.38 
 
 
144 aa  134  4e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.589979 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3902  hypothetical protein  50.78 
 
 
146 aa  133  8e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3826  hypothetical protein  51.94 
 
 
144 aa  133  9e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3189  hypothetical protein  49.61 
 
 
173 aa  132  1e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4006  hypothetical protein  59.69 
 
 
144 aa  132  1e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.567441 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0514  helix-turn-helix protein, CopG  48.03 
 
 
140 aa  132  1e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.139241  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3085  hypothetical protein  53.79 
 
 
150 aa  132  2e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.835522  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7439  hypothetical protein  47.73 
 
 
145 aa  130  4e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3357  hypothetical protein  49.23 
 
 
145 aa  130  4e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.800437  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1732  hypothetical protein  48.46 
 
 
141 aa  129  1e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0811  helix-turn-helix protein, CopG  48.03 
 
 
156 aa  129  1e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2326  CopG-like DNA-binding  47.66 
 
 
145 aa  125  2e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.17892  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2644  CopG domain protein DNA-binding domain protein  47.29 
 
 
154 aa  122  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.862924 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0967  hypothetical protein  55.64 
 
 
143 aa  121  3e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3507  CopG domain protein DNA-binding domain protein  46.51 
 
 
154 aa  121  3e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.709312  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30950  hypothetical protein  45.74 
 
 
154 aa  120  4e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  2.17049e-13  unclonable  2.16388e-22 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2700  CopG/DNA-binding domain-containing protein  46.51 
 
 
154 aa  121  4e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0802362  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2912  CopG/DNA-binding domain-containing protein  46.51 
 
 
148 aa  121  4e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1340  CopG-like DNA-binding  45.74 
 
 
154 aa  120  6e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.126057  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1549  CopG-like DNA-binding  45.74 
 
 
154 aa  120  6e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0162848  normal  0.655156 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3850  helix-turn-helix protein, CopG  44.09 
 
 
142 aa  120  6e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00136711  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3005  CopG/DNA-binding domain-containing protein  45.31 
 
 
145 aa  120  7e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.78909  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35730  hypothetical protein  47.29 
 
 
154 aa  120  8e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3707  CopG/DNA-binding domain-containing protein  45.74 
 
 
154 aa  119  1e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1894  CopG domain protein DNA-binding domain protein  44.96 
 
 
154 aa  118  2e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0725  CopG/DNA-binding domain-containing protein  46.51 
 
 
158 aa  118  3e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.946674  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0439  CopG/DNA-binding domain-containing protein  44.96 
 
 
154 aa  117  4e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1022  hypothetical protein  49.21 
 
 
144 aa  117  6e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4194  CopG/DNA-binding domain-containing protein  42.64 
 
 
150 aa  117  6e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1281  CopG/DNA-binding domain-containing protein  45.74 
 
 
154 aa  117  8e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3547  CopG-like DNA-binding  44.7 
 
 
154 aa  116  1e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.715677 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2003  CopG/DNA-binding domain-containing protein  44.96 
 
 
158 aa  115  2e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.31572  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2349  CopG/DNA-binding domain-containing protein  44.96 
 
 
158 aa  115  2e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.61469 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2617  hypothetical protein  43.55 
 
 
150 aa  103  6e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2585  hypothetical protein  47.29 
 
 
158 aa  102  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1680  helix-turn-helix protein, CopG  40.3 
 
 
149 aa  100  6e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.522229  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0319  hypothetical protein  46.28 
 
 
127 aa  97.8  5e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0127184  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2257  hypothetical protein  39.71 
 
 
138 aa  95.1  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.338715  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1066  putative regulator protein  34.65 
 
 
144 aa  86.7  9e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638052  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2026  CopG/DNA-binding domain-containing protein  38.35 
 
 
136 aa  85.9  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1834  CopG/DNA-binding domain-containing protein  33.09 
 
 
139 aa  73.2  1e-12  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0687  hypothetical protein  28.68 
 
 
142 aa  66.6  1e-10  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2345  hypothetical protein  23.14 
 
 
157 aa  54.7  4e-07  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1496  hypothetical protein  32.04 
 
 
461 aa  46.2  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.000950555  normal  0.877787 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1640  hypothetical protein  32.18 
 
 
157 aa  45.8  0.0002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>