192 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_1493 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  68.17 
 
 
659 aa  895  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  66.62 
 
 
666 aa  877  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7438  conjugal transfer coupling protein TraG  67.32 
 
 
660 aa  867  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291662  normal  0.932105 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  67.47 
 
 
664 aa  914  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  68.67 
 
 
662 aa  922  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  68.56 
 
 
661 aa  910  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3708  conjugal transfer coupling protein TraG  60.92 
 
 
669 aa  816  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  67.92 
 
 
661 aa  898  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  66.57 
 
 
663 aa  876  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  65.94 
 
 
687 aa  880  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  66.32 
 
 
687 aa  788  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  61.08 
 
 
664 aa  814  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  100 
 
 
700 aa  1432  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  60.84 
 
 
665 aa  783  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  62.43 
 
 
663 aa  827  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  61.48 
 
 
668 aa  810  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  61.61 
 
 
665 aa  823  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  61.41 
 
 
666 aa  797  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  67.32 
 
 
669 aa  906  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1506  conjugal transfer coupling protein TraG  66.02 
 
 
661 aa  879  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  66.03 
 
 
674 aa  898  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1280  conjugal transfer coupling protein TraG  61.19 
 
 
665 aa  805  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3508  conjugal transfer coupling protein TraG  61.22 
 
 
667 aa  786  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1316  TRAG family protein  68.49 
 
 
670 aa  734  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30960  conjugal transfer coupling protein TraG  61.49 
 
 
666 aa  816  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  5.01937e-10  unclonable  1.70004e-21 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1339  conjugal transfer coupling protein TraG  61.23 
 
 
664 aa  802  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.953058  normal  0.786812 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  66.57 
 
 
663 aa  876  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  59.14 
 
 
678 aa  769  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  67.77 
 
 
573 aa  784  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  67.12 
 
 
666 aa  865  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  61.56 
 
 
670 aa  811  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2643  conjugal transfer coupling protein TraG  60.82 
 
 
672 aa  796  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  55.56 
 
 
723 aa  655  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  69.31 
 
 
666 aa  813  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  68.37 
 
 
660 aa  874  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  68.76 
 
 
660 aa  915  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  67.72 
 
 
660 aa  890  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  61.5 
 
 
675 aa  803  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  67.77 
 
 
661 aa  896  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  60.48 
 
 
669 aa  796  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.801098 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  61.22 
 
 
669 aa  783  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  67.42 
 
 
661 aa  880  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  68.62 
 
 
661 aa  895  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  69.17 
 
 
662 aa  869  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  67.02 
 
 
663 aa  915  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4007  conjugal transfer coupling protein TraG  68.88 
 
 
659 aa  896  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  67.07 
 
 
665 aa  884  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  67.92 
 
 
664 aa  880  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  66.86 
 
 
676 aa  896  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0440  conjugal transfer coupling protein TraG  61.27 
 
 
673 aa  814  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  64.4 
 
 
661 aa  848  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  68.78 
 
 
662 aa  923  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0479  TRAG family protein  70.16 
 
 
531 aa  626  1e-178  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.903949  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0686  conjugal transfer coupling protein TraG  50 
 
 
756 aa  616  1e-175  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1649  TRAG family protein  44.48 
 
 
823 aa  465  1e-129  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2530  TRAG family protein  39.68 
 
 
661 aa  407  1e-112  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684984  normal 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2248  conjugal transfer coupling protein TraG  38.02 
 
 
644 aa  375  1e-102  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0025  conjugal transfer coupling protein TraG  37.27 
 
 
645 aa  372  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000549825  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4317  conjugal transfer coupling protein TraG  36.96 
 
 
634 aa  367  1e-100  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.184857  normal 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6612  conjugal transfer coupling protein TraG  36.73 
 
 
637 aa  363  8e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6525  conjugal transfer coupling protein TraG  36.73 
 
 
637 aa  362  2e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.646585  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1398  TRAG family protein  45.01 
 
 
828 aa  362  2e-98  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.277319  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1699  TraG/TraD family protein  45.01 
 
 
834 aa  361  3e-98  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0262  TRAG family protein  44.81 
 
 
809 aa  360  5e-98  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.963876  normal 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4715  conjugal transfer coupling protein TraG  36.24 
 
 
626 aa  355  2e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5160  TRAG family protein  35.4 
 
 
638 aa  295  2e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5331  TRAG family protein  34.56 
 
 
658 aa  295  2e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.390385 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1185  TRAG family protein  31.42 
 
 
630 aa  275  2e-72  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0894  TRAG family protein  31.18 
 
 
627 aa  270  9e-71  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0018  type IV secretion system component VirD4  33.92 
 
 
723 aa  264  3e-69  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.512537  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0040  type IV secretion system component VirD4  33.79 
 
 
714 aa  263  9e-69  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0739  type IV secretion system component VirD4  31.99 
 
 
641 aa  262  2e-68  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0008  type IV secretion system component VirD4  34.83 
 
 
648 aa  259  8e-68  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.325178  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  32.89 
 
 
670 aa  236  9e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6559  TRAG family protein  35.93 
 
 
561 aa  234  6e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4975  TRAG family protein  35.51 
 
 
560 aa  228  3e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24546  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  35.23 
 
 
648 aa  216  8e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4368  TRAG family protein  29.87 
 
 
713 aa  211  3e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.538935 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  34.49 
 
 
651 aa  211  4e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0680  agrobacteirum virulence protein VirD4  34.35 
 
 
554 aa  209  1e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  31.21 
 
 
699 aa  195  3e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0170  cmgd4  27.11 
 
 
658 aa  195  3e-48  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.035471  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0862  TRAG family protein  30.54 
 
 
677 aa  191  3e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.777114 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6143  type IV secretion system protein VirD4  29.07 
 
 
548 aa  191  3e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7522  TRAG family protein  29.33 
 
 
601 aa  187  5e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.445518  normal  0.175078 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5019  TRAG family protein  29.06 
 
 
758 aa  186  1e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8210  type IV secretion system protein VirD4  29.25 
 
 
663 aa  186  2e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  30.97 
 
 
695 aa  184  4e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2451  TRAG family protein  29.2 
 
 
559 aa  184  5e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.885622  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  31.22 
 
 
678 aa  183  8e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  29.89 
 
 
699 aa  183  1e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4436  TRAG protein  29.92 
 
 
714 aa  180  6e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a021  conjugal transfer protein TraG/VirD4  26.65 
 
 
598 aa  177  5e-43  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0172  TRAG family protein  31 
 
 
594 aa  175  3e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.218422 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0458  putative type IV secretory pathway protein VirD4  30.4 
 
 
593 aa  175  3e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.626492  normal 
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0040  cmgD4  27.32 
 
 
603 aa  172  2e-41  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6495  TRAG family protein  30.37 
 
 
583 aa  172  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  31.19 
 
 
575 aa  172  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4192  TRAG family protein  31.76 
 
 
570 aa  171  4e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  30.38 
 
 
576 aa  170  7e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>