More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_1341 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_1341  ABC transporter substrate-binding protein  100 
 
 
291 aa  582  1.0000000000000001e-165  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.328207 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4830  periplasmic solute binding protein  67.01 
 
 
294 aa  391  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4557  periplasmic solute binding protein  67.46 
 
 
304 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.667309  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0928  periplasmic solute binding protein  66.23 
 
 
305 aa  381  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.664518  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0916  periplasmic solute binding protein  67.75 
 
 
307 aa  364  1e-100  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.357489  normal  0.451592 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3426  periplasmic solute binding protein  62.38 
 
 
313 aa  365  1e-100  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.525736  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0845  periplasmic solute binding protein  68.2 
 
 
289 aa  355  3.9999999999999996e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0688938 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5737  periplasmic solute binding protein  54.45 
 
 
302 aa  326  3e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4709  periplasmic solute binding protein  57.63 
 
 
321 aa  325  7e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.150845 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2898  periplasmic solute binding protein  56.46 
 
 
301 aa  321  9.999999999999999e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.910422  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3101  periplasmic solute binding protein  52.72 
 
 
309 aa  315  8e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal  0.191751 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2656  periplasmic solute binding protein  55.56 
 
 
301 aa  312  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.149358 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2875  periplasmic solute binding protein  52.38 
 
 
309 aa  311  7.999999999999999e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.279263  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3704  periplasmic solute binding protein  53.71 
 
 
316 aa  309  2.9999999999999997e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.474771  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2998  periplasmic solute binding protein  52.51 
 
 
311 aa  301  1e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0528665  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5661  periplasmic solute binding protein  49.13 
 
 
291 aa  292  4e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1972  periplasmic solute binding protein  48.15 
 
 
303 aa  292  4e-78  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2227  periplasmic solute binding protein  47.38 
 
 
327 aa  290  2e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.82387 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5591  periplasmic solute binding protein  52 
 
 
339 aa  282  6.000000000000001e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.462365  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2784  periplasmic solute binding protein  49.48 
 
 
301 aa  279  4e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199172  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2368  periplasmic solute binding protein  50 
 
 
298 aa  278  1e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000358992  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2635  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  48.31 
 
 
298 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0828517  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3532  periplasmic solute binding protein  45.39 
 
 
292 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2051  periplasmic solute binding protein  45.96 
 
 
303 aa  271  9e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0478383  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3681  periplasmic solute binding protein  44.37 
 
 
292 aa  270  2e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3176  periplasmic solute binding protein  46.08 
 
 
292 aa  267  1e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0350  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.52 
 
 
315 aa  265  5e-70  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2472  periplasmic solute binding protein  45.54 
 
 
311 aa  265  5.999999999999999e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1142  periplasmic solute binding protein  46.23 
 
 
307 aa  263  2e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.987303  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0703  periplasmic solute binding protein  46.44 
 
 
292 aa  263  3e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.326839  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1062  ABC transporter substrate binding protein  47.14 
 
 
298 aa  261  1e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0653  periplasmic solute binding protein  46.07 
 
 
292 aa  260  2e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1123  periplasmic solute binding protein  46.42 
 
 
292 aa  259  4e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000244311  unclonable  0.0000000116493 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0180  periplasmic solute binding protein  45.21 
 
 
301 aa  258  7e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.946938  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1597  periplasmic solute binding protein  48.16 
 
 
309 aa  255  6e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0467055 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3500  periplasmic solute binding protein  50.9 
 
 
312 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.639001  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0623  periplasmic solute binding protein  48.29 
 
 
299 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.917925 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0678  periplasmic solute binding protein  47.95 
 
 
299 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0630556 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0220  periplasmic solute binding protein  44.73 
 
 
333 aa  253  4.0000000000000004e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.732372  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3560  periplasmic solute binding protein  44.71 
 
 
307 aa  251  1e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.24573 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3392  periplasmic solute binding protein  47.24 
 
 
320 aa  250  2e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00563427  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1312  periplasmic solute binding protein  45.35 
 
 
306 aa  227  2e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0037  ABC transporter substrate-binding protein  36.75 
 
 
321 aa  205  9e-52  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3728  periplasmic solute binding protein  38.36 
 
 
303 aa  203  2e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06571  ABC transporter substrate-binding protein  37.09 
 
 
321 aa  203  3e-51  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.140221  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3624  periplasmic solute binding protein  38.69 
 
 
303 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3262  periplasmic solute binding protein  37.55 
 
 
341 aa  200  3e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000710757  normal  0.410992 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2983  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  37.1 
 
 
305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3050  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  37.1 
 
 
305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0195762 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3014  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  36.75 
 
 
305 aa  198  9e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0700149 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3171  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  36.75 
 
 
305 aa  198  9e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.866924 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3066  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  36.75 
 
 
305 aa  198  9e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.354258  normal  0.0719754 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1919  periplasmic solute binding protein  35.52 
 
 
304 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00461225  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3170  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  36.86 
 
 
304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.857236  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1815  periplasmic solute binding protein  35.92 
 
 
322 aa  194  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.566125  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2630  periplasmic-binding protein  35.92 
 
 
322 aa  193  3e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00574815  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1612  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  36.97 
 
 
294 aa  193  3e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0432091  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1705  chelated iron ABC transporter, periplasmic iron binding protein YfeA  35.92 
 
 
311 aa  192  4e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0084  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  35.79 
 
 
304 aa  192  6e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.224306  hitchhiker  0.0000000789185 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2211  periplasmic solute binding protein  35.64 
 
 
304 aa  192  7e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00443052  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2600  periplasmic solute binding protein  35.97 
 
 
316 aa  192  8e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0328  chelated iron ABC transporter, periplasmic-binding protein  35.52 
 
 
286 aa  191  8e-48  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000651268  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3452  periplasmic solute binding protein  38.13 
 
 
310 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.593558  normal  0.669669 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1010  ABC transporter substrate-binding protein  38.83 
 
 
310 aa  190  2e-47  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.172647  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1488  ABC transporter substrate-binding protein  40.82 
 
 
337 aa  190  2.9999999999999997e-47  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.520647  normal  0.191838 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2998  periplasmic solute binding protein  37.07 
 
 
328 aa  190  2.9999999999999997e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000688581  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1111  periplasmic solute binding protein  36.33 
 
 
303 aa  189  5.999999999999999e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10491  ABC transporter substrate-binding protein  35.53 
 
 
320 aa  188  1e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.232212  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1601  periplasmic solute binding protein  36.92 
 
 
325 aa  187  1e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3402  periplasmic solute binding protein  37.37 
 
 
305 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.832439 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1207  periplasmic solute binding protein  37.83 
 
 
324 aa  186  5e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.773922  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0843  periplasmic solute-binding protein  35.22 
 
 
344 aa  184  1.0000000000000001e-45  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.620273  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0534  periplasmic solute binding protein  38.04 
 
 
293 aa  184  1.0000000000000001e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2914  periplasmic solute binding protein  37.19 
 
 
301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2575  Mn transporter MntC  35.74 
 
 
313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3218  periplasmic solute binding protein  33.93 
 
 
371 aa  183  3e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0863891  normal  0.580114 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2141  periplasmic solute binding protein  38.18 
 
 
315 aa  183  3e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2483  periplasmic solute binding protein  34.16 
 
 
317 aa  182  7e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18691  ABC transporter substrate-binding protein  35.56 
 
 
287 aa  181  1e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.349553 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3280  periplasmic solute binding protein  34.14 
 
 
326 aa  181  1e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.956978  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1311  iron chelate ABC transporter, periplasmic iron chelate-binding protein  36.2 
 
 
302 aa  180  2e-44  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7253  periplasmic solute binding protein  36.14 
 
 
346 aa  180  2.9999999999999997e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518447  normal  0.0520295 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3625  periplasmic solute binding protein  33.81 
 
 
326 aa  179  4e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2133  periplasmic solute binding protein  38.04 
 
 
314 aa  177  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.501771 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3553  periplasmic solute binding protein  34.67 
 
 
306 aa  177  2e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00157548  normal 
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0036  adhesion lipoprotein  29.51 
 
 
311 aa  176  5e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0129637  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3634  periplasmic solute binding protein  31.27 
 
 
311 aa  175  7e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2553  periplasmic solute binding protein  34.8 
 
 
319 aa  174  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3168  periplasmic solute binding protein  34.73 
 
 
313 aa  174  9.999999999999999e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.601869  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0370  periplasmic solute binding protein  36.69 
 
 
309 aa  173  1.9999999999999998e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3698  periplasmic solute binding protein  34 
 
 
300 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1663  putative ABC transporter substrate-binding protein  38.1 
 
 
311 aa  172  9e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.315809  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1397  periplasmic solute binding protein  31.54 
 
 
299 aa  171  1e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.682117  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2067  manganese ABC transporter substrate-binding lipoprotein  28.85 
 
 
311 aa  171  1e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31330  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  34.93 
 
 
305 aa  171  1e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4439  periplasmic solute binding protein  37.96 
 
 
304 aa  170  2e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.977167  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2964  adhesion lipoprotein  28.85 
 
 
311 aa  170  3e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00274739  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3189  adhesion lipoprotein  28.85 
 
 
311 aa  170  3e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1278  periplasmic solute binding protein  35.96 
 
 
315 aa  170  3e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3371  periplasmic solute binding protein  36.03 
 
 
307 aa  170  3e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.131803 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>