More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_1308 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_1308  biopolymer transport exbD protein  100 
 
 		 151 aa  300  6.000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.47684  normal  0.431843 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3544  biopolymer transport protein ExbD  71.81 
 
 		 156 aa  207  4e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2091  biopolymer transport protein ExbD/TolR  73.68 
 
 		 149 aa  203  7e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0300188 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1268  biopolymer transport protein ExbD/TolR  69.66 
 
 		 156 aa  200  5e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0930334  normal  0.120494 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2306  biopolymer transport protein ExbD/TolR  69.66 
 
 		 156 aa  200  5e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.426715  normal  0.290697 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3332  biopolymer transport protein ExbD/TolR  73.48 
 
 		 150 aa  199  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.156003  normal  0.605878 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1516  biopolymer transport protein ExbD/TolR  67.59 
 
 		 156 aa  195  2.0000000000000003e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.890263  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3966  TonB system transport protein ExbD  68.75 
 
 		 149 aa  191  3e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4650  TonB system transport protein ExbD  60.42 
 
 		 145 aa  172  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.404384 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2358  biopolymer transport protein ExbD/TolR  60.84 
 
 		 145 aa  171  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.309044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3640  biopolymer transport protein ExbD/TolR  56 
 
 		 150 aa  167  4e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2419  TonB system transport protein ExbD  60 
 
 		 145 aa  167  6e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1132  TonB system transport protein ExbD  64.75 
 
 		 157 aa  164  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0234  TonB system transport protein ExbD  56.38 
 
 		 177 aa  163  8e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.617554 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0825  TonB system transport protein ExbD  56.76 
 
 		 153 aa  162  1.0000000000000001e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.027584 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1656  biopolymer transport protein ExbD/TolR  58.5 
 
 		 151 aa  161  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1981  biopolymer transport protein ExbD/TolR  57.82 
 
 		 157 aa  161  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0594702  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0068  TonB system transport protein ExbD  56.34 
 
 		 141 aa  159  1e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5983  TonB system transport protein ExbD  54.97 
 
 		 155 aa  159  1e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.241351  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1433  TonB system transport protein ExbD  59.09 
 
 		 145 aa  158  2e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.584969  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0937  biopolymer transport protein ExbD/TolR  57.93 
 
 		 145 aa  159  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4003  biopolymer transport protein ExbD/TolR  58.91 
 
 		 145 aa  157  5e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0204  biopolymer transport protein ExbD  56.52 
 
 		 141 aa  156  9e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1242  biopolymer transport protein ExbD/TolR  58.14 
 
 		 146 aa  155  1e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0853044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1255  TonB system transport protein ExbD type-1  56.38 
 
 		 169 aa  155  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.51439  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10620  TonB system transport protein ExbD  55.63 
 
 		 141 aa  153  8e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.160821  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4274  TonB system transport protein ExbD type-1  53.96 
 
 		 164 aa  152  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0093154 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5556  biopolymer transport protein ExbD  54.35 
 
 		 142 aa  152  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0374  TonB system transport protein ExbD type-1  56.12 
 
 		 141 aa  152  2e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0726  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.86 
 
 		 187 aa  150  4e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.15869  normal  0.498503 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4541  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.77 
 
 		 142 aa  149  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0704  biopolymer transport protein ExbD/TolR  57.97 
 
 		 156 aa  148  3e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.486388 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2580  biopolymer transport protein ExbD/TolR  56.39 
 
 		 141 aa  147  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.25042  normal  0.920318 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3341  biopolymer transport protein ExbD  55.56 
 
 		 141 aa  147  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.620363 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0748  biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.11 
 
 		 152 aa  147  4e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1147  TonB system transport protein ExbD type-1  56.12 
 
 		 141 aa  146  9e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.103894  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2039  biopolymer transport protein ExbD/TolR  59.38 
 
 		 156 aa  146  9e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.827879  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02879  membrane spanning protein in TonB-ExbB-ExbD complex  54.35 
 
 		 141 aa  145  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0693  TonB system transport protein ExbD  54.35 
 
 		 141 aa  145  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3474  biopolymer transport protein ExbD  54.35 
 
 		 141 aa  145  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3184  biopolymer transport protein ExbD  54.35 
 
 		 141 aa  145  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3507  biopolymer transport protein ExbD  54.35 
 
 		 141 aa  145  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3412  biopolymer transport protein ExbD  54.35 
 
 		 141 aa  145  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3332  biopolymer transport protein ExbD  54.35 
 
 		 141 aa  145  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3433  biopolymer transport protein ExbD  54.35 
 
 		 141 aa  145  1.0000000000000001e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4316  biopolymer transport protein ExbD  54.35 
 
 		 141 aa  145  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3290  biopolymer transport protein ExbD  54.35 
 
 		 141 aa  145  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02829  hypothetical protein  54.35 
 
 		 141 aa  145  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0690  biopolymer transport protein ExbD  54.35 
 
 		 141 aa  145  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4210  TonB system transport protein ExbD type-1  52.08 
 
 		 142 aa  145  2.0000000000000003e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0166  biopolymer transport protein ExbD  52.45 
 
 		 142 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0981914 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3597  TonB system transport protein ExbD  53.62 
 
 		 139 aa  144  3e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3406  biopolymer transport protein ExbD  54.07 
 
 		 141 aa  145  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.479649 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0389  biopolymer transport protein ExbD  53.62 
 
 		 141 aa  145  3e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.627769  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5307  biopolymer transport protein ExbD  51.75 
 
 		 142 aa  144  5e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.153689 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5216  biopolymer transport protein ExbD  51.75 
 
 		 142 aa  144  5e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.421083 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5355  biopolymer transport protein ExbD  51.75 
 
 		 142 aa  144  5e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.610359  normal  0.681563 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2995  biopolymer transport protein ExbD/TolR  56.49 
 
 		 142 aa  144  6e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.310145  normal  0.213252 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3760  TonB system transport protein ExbD  52.14 
 
 		 139 aa  142  2e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0346  biopolymer transport protein ExbD  53.1 
 
 		 141 aa  142  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0267  biopolymer transport protein ExbD  49.31 
 
 		 143 aa  140  5e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.134786  normal  0.162508 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0592  biopolymer transport protein ExbD  49.31 
 
 		 143 aa  140  5e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0921  biopolymer transport protein, ExbD  55.64 
 
 		 141 aa  140  9e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284427  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3416  biopolymer transport protein ExbD  52.86 
 
 		 141 aa  139  9.999999999999999e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2229  inner membrane protein  50.35 
 
 		 141 aa  139  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.243191  normal  0.205918 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0673  biopolymer transport protein ExbD  49.65 
 
 		 143 aa  139  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.717059  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3309  TonB system transport protein ExbD  51.13 
 
 		 141 aa  135  3.0000000000000003e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.537817  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1667  TonB system transport protein ExbD  57.45 
 
 		 164 aa  131  3e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1613  TonB system transport protein ExbD  57.45 
 
 		 164 aa  131  3e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2120  biopolymer transport TolR  50.42 
 
 		 152 aa  118  3e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0523748  normal  0.245656 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0174  TonB system transport protein ExbD  38.67 
 
 		 152 aa  110  9e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3580  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.57 
 
 		 144 aa  108  3e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4434  protein TolR  44.54 
 
 		 147 aa  107  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0620039  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1617  protein TolR  41.61 
 
 		 153 aa  107  5e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.776263  hitchhiker  0.0037279 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1899  protein TolR  41.61 
 
 		 153 aa  107  5e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.937922 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0746  protein TolR  46.22 
 
 		 148 aa  107  7.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1619  protein TolR  41.61 
 
 		 153 aa  106  9.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.1444  normal  0.157176 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3389  protein TolR  45.38 
 
 		 145 aa  106  9.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.436196  normal  0.250194 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3136  protein TolR  40.94 
 
 		 146 aa  106  1e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4762  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.38 
 
 		 149 aa  106  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.718124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.74 
 
 		 166 aa  106  1e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5229  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.38 
 
 		 149 aa  106  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.334933  normal  0.0672636 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1109  biopolymer transport TolR  48 
 
 		 134 aa  105  2e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00176605  normal  0.311844 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5304  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.38 
 
 		 149 aa  105  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.159444  normal  0.423662 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2901  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.53 
 
 		 147 aa  104  3e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00149833  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3058  biopolymer transport TolR  45.08 
 
 		 152 aa  104  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0312035  normal  0.159163 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3498  protein TolR  44.54 
 
 		 151 aa  103  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.124794 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3203  protein TolR  44.54 
 
 		 151 aa  103  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.349327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3166  protein TolR  45.76 
 
 		 158 aa  103  8e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.93 
 
 		 149 aa  102  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.673251  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0527  protein TolR  41.91 
 
 		 155 aa  102  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4429  protein TolR  45.38 
 
 		 173 aa  102  3e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.681247 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0971  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.9 
 
 		 137 aa  101  3e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0272  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.8 
 
 		 149 aa  100  5e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.512888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1216  biopolymer transport TolR  42.15 
 
 		 150 aa  100  6e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212808  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3619  protein TolR  40.5 
 
 		 152 aa  100  9e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0684  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.9 
 
 		 154 aa  100  9e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.508331  normal  0.11063 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1213  protein TolR  42.19 
 
 		 147 aa  99.4  1e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1699  ExbD/TolR family TonB system transport protein  41.32 
 
 		 150 aa  99.4  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1641  protein TolR  41.32 
 
 		 150 aa  99.4  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436956  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>