More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_1238 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_1034  type III restriction protein res subunit  45.38 
 
 		 1126 aa  916    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0485696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3202  type III restriction protein res subunit  45.15 
 
 		 1133 aa  915    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4712  type III restriction enzyme, res subunit  49.91 
 
 		 1137 aa  1112    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2877  type III restriction protein res subunit  50.04 
 
 		 1137 aa  1109    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0160  type III restriction enzyme, res subunit  65.84 
 
 		 1137 aa  1557    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0444998  normal  0.740458 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4808  type III restriction enzyme, res subunit  50.13 
 
 		 1137 aa  1113    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.564367  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1238  hypothetical protein  100 
 
 		 1131 aa  2322    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2026  type III restriction enzyme, res subunit  46.72 
 
 		 1138 aa  1016    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000476841 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3004  type III restriction protein res subunit  35.99 
 
 		 1129 aa  588  1e-166  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.385036  normal  0.0400425 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0803  type III restriction enzyme, res subunit  34.64 
 
 		 1137 aa  582  1e-164  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.874877  normal  0.710753 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2422  type III restriction enzyme, res subunit  32.75 
 
 		 1119 aa  572  1e-161  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.567699  normal  0.274661 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3537  type III restriction enzyme, res subunit  34.73 
 
 		 1130 aa  557  1e-157  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.244688  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3175  type III restriction protein res subunit  34.83 
 
 		 1115 aa  548  1e-154  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03609  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit and related helicase  33.22 
 
 		 1141 aa  543  1e-153  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1062  type III restriction enzyme, res subunit  33.13 
 
 		 1138 aa  543  1e-153  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0902  Type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit related helicase  33.66 
 
 		 1113 aa  536  1e-151  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.164801  hitchhiker  0.00000563993 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4190  type III restriction protein res subunit  32.57 
 
 		 1233 aa  535  1e-150  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1432  type III restriction protein, res subunit  33.42 
 
 		 1108 aa  526  1e-147  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0516  type I restriction-modification system R subunit (endonuclease)  34.19 
 
 		 1115 aa  525  1e-147  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4243  type III restriction protein res subunit  36.83 
 
 		 933 aa  523  1e-147  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1456  type III restriction protein res subunit  35.66 
 
 		 932 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1128  type III restriction enzyme, res subunit  35.87 
 
 		 932 aa  516  1.0000000000000001e-145  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2724  type III restriction protein res subunit  35.82 
 
 		 936 aa  513  1e-144  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1523  DEAD/DEAH box helicase-like  34.21 
 
 		 936 aa  498  1e-139  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1094  type III restriction enzyme, res subunit  35.28 
 
 		 945 aa  485  1e-135  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.5514  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0197  type III restriction protein res subunit  31.57 
 
 		 1125 aa  461  9.999999999999999e-129  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000621753 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0388  type III restriction protein res subunit  34.22 
 
 		 907 aa  449  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000267171 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3394  putative restriction modification enzyme R subunit protein  33.26 
 
 		 954 aa  425  1e-117  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0725  type III restriction protein res subunit  41.88 
 
 		 1005 aa  395  1e-108  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.147192 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1171  type III restriction enzyme, res subunit  30.84 
 
 		 912 aa  370  1e-100  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.145829  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1025  type III restriction enzyme, res subunit  32.06 
 
 		 753 aa  269  2.9999999999999995e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1993  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  29.53 
 
 		 1082 aa  247  8e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000937848  normal  0.215415 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3651  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.99 
 
 		 1126 aa  233  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.408969 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1672  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  29.78 
 
 		 1080 aa  231  5e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0840  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  29.3 
 
 		 1068 aa  224  7e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.473643  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02066  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.81 
 
 		 1157 aa  223  1.9999999999999999e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0129  type III restriction protein res subunit  31.35 
 
 		 846 aa  215  2.9999999999999995e-54  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.042937  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0843  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.85 
 
 		 1068 aa  215  3.9999999999999995e-54  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.76009e-28 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4267  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.62 
 
 		 1188 aa  203  1.9999999999999998e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0896  type III restriction enzyme, res subunit  27.91 
 
 		 845 aa  202  3.9999999999999996e-50  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2963  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.17 
 
 		 1167 aa  196  2e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3671  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  27.07 
 
 		 1174 aa  193  1e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3601  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  28.27 
 
 		 1137 aa  189  2e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1258  type III restriction protein res subunit  30.09 
 
 		 787 aa  185  5.0000000000000004e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.377183  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04216  endonuclease R  26.26 
 
 		 1170 aa  184  7e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4932  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.43 
 
 		 1169 aa  184  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1098  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.89 
 
 		 1124 aa  182  2e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1495  type III restriction enzyme, res subunit  30.48 
 
 		 931 aa  183  2e-44  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5278  type III restriction protein res subunit  26.9 
 
 		 899 aa  179  2e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2990  EcoEI R domain protein  28.62 
 
 		 875 aa  179  2e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3274  type I site-specific deoxyribonuclease  29.13 
 
 		 917 aa  176  1.9999999999999998e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.3318 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2892  type III restriction protein res subunit  28.87 
 
 		 583 aa  172  3e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0853  type III restriction enzyme, res subunit  29.61 
 
 		 921 aa  171  5e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.237382  normal  0.0361479 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0509  type III restriction enzyme, res subunit  29.39 
 
 		 918 aa  171  7e-41  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2408  type III restriction enzyme, res subunit  29.58 
 
 		 907 aa  170  2e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1670  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  26.39 
 
 		 1169 aa  169  4e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.225795  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3779  type III restriction enzyme, res subunit  28.81 
 
 		 803 aa  167  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3852  type III restriction enzyme, res subunit  28.81 
 
 		 803 aa  167  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.345387  normal  0.793201 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0731  type III restriction enzyme, res subunit  26.39 
 
 		 899 aa  165  6e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1205  hypothetical protein  29.7 
 
 		 919 aa  162  4e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.326173  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4457  EcoEI R domain protein  29.29 
 
 		 771 aa  159  3e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3512  type III restriction protein res subunit  27.63 
 
 		 924 aa  158  4e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0810  DEAD/DEAH box helicase-like  31.23 
 
 		 797 aa  159  4e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.135985  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1637  Type I site-specific deoxyribonuclease  28.52 
 
 		 804 aa  157  1e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.000133951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2096  type III restriction protein res subunit  29.24 
 
 		 889 aa  157  1e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0226  type III restriction protein res subunit  29.96 
 
 		 760 aa  156  2e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0087  type III restriction enzyme, res subunit  27.72 
 
 		 925 aa  154  8e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.517588  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1134  EcoEI R domain-containing protein  29.7 
 
 		 780 aa  152  3e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.122502  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1575  type I restriction-modification system, R subunit  29.87 
 
 		 760 aa  152  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1283  EcoEI R domain-containing protein  28.6 
 
 		 765 aa  151  6e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1416  EcoEI R domain protein  29.42 
 
 		 800 aa  149  3e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4882  type I restriction enzyme EcoEI R protein  29.47 
 
 		 809 aa  148  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5861  type III restriction enzyme domain protein  29.06 
 
 		 810 aa  147  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0503  EcoEI R domain-containing protein  28.94 
 
 		 824 aa  145  3e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000156579  normal  0.0688429 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0270  DEAD/DEAH box helicase  28.94 
 
 		 790 aa  145  5e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.113163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1895  EcoEI R domain-containing protein  30.37 
 
 		 780 aa  145  5e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0749811  hitchhiker  0.00699891 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20230  EcoEI R domain protein  30.96 
 
 		 770 aa  145  5e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.601124  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0616  Type I site-specific deoxyribonuclease  29.41 
 
 		 783 aa  145  5e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0824  EcoEI R domain-containing protein  29.45 
 
 		 783 aa  145  6e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1537  type III restriction protein res subunit  29.6 
 
 		 776 aa  144  8e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3273  hypothetical protein  28.81 
 
 		 776 aa  144  9.999999999999999e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.246841 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2867  EcoEI R domain-containing protein  28.83 
 
 		 821 aa  144  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3568  type III restriction protein res subunit  29.21 
 
 		 802 aa  143  1.9999999999999998e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.427174  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1475  type I restriction-modification system, R subunit  28.86 
 
 		 761 aa  141  7.999999999999999e-32  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4614  EcoEI R domain-containing protein  29.84 
 
 		 790 aa  140  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000837819 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04062  type I site-specific restriction-modification system, R (restriction) subunit  27.59 
 
 		 796 aa  140  1e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0344  type I restriction-modification system, R subunit  28.57 
 
 		 770 aa  139  3.0000000000000003e-31  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000108762  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6047  type I restriction-modification system subunit R  28.37 
 
 		 788 aa  139  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.494965  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1976  EcoEI R domain-containing protein  29.27 
 
 		 825 aa  139  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.411939  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2656  EcoEI R domain protein  29.7 
 
 		 811 aa  139  4e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1234  type III restriction enzyme, res subunit  29.03 
 
 		 829 aa  138  5e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4740  type I restriction-modification system, R subunit  28.9 
 
 		 787 aa  137  8e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00141278 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1255  DEAD/DEAH box helicase  28.21 
 
 		 811 aa  137  9e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0785  EcoEI R domain-containing protein  27.07 
 
 		 791 aa  136  3e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.519017  normal  0.352411 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3086  Type I site-specific deoxyribonuclease  27.63 
 
 		 813 aa  134  1.0000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.461628  normal  0.442211 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02070  type I restriction enzyme EcoAI R protein  27.89 
 
 		 793 aa  133  2.0000000000000002e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0683  type I restriction-modification system, R subunit  28.35 
 
 		 784 aa  132  5.0000000000000004e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0832  EcoEI R domain protein  28.35 
 
 		 784 aa  132  5.0000000000000004e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.916446  normal  0.633032 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3535  hypothetical protein  28.53 
 
 		 815 aa  130  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.115476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3225  EcoEI R domain-containing protein  28.2 
 
 		 815 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.376811  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>