More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0962 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  70.52 
 
 		 519 aa  728    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0962  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  100 
 
 		 512 aa  1033    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  62.2 
 
 		 517 aa  625  1e-178  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0961  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  62.9 
 
 		 496 aa  616  1e-175  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.731254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  58.86 
 
 		 539 aa  561  1e-158  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1635  putative branched-chain amino acid ABC transporter  55.81 
 
 		 497 aa  442  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.314294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0953  extracellular ligand-binding receptor  42.12 
 
 		 426 aa  252  1e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1725  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  40 
 
 		 393 aa  246  8e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  35.64 
 
 		 480 aa  184  3e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  34.84 
 
 		 386 aa  176  9e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  34.62 
 
 		 472 aa  172  1e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  32.88 
 
 		 408 aa  171  2e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  35.47 
 
 		 382 aa  171  3e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  35.6 
 
 		 398 aa  171  4e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  35.16 
 
 		 423 aa  170  7e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  35.71 
 
 		 377 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0335  Extracellular ligand-binding receptor  35.99 
 
 		 374 aa  166  6.9999999999999995e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2079  Extracellular ligand-binding receptor  30.79 
 
 		 386 aa  164  4.0000000000000004e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  34.08 
 
 		 377 aa  161  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1033  extracellular ligand-binding receptor  31.48 
 
 		 416 aa  159  1e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.344987  hitchhiker  0.000487812 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1004  Extracellular ligand-binding receptor  31.22 
 
 		 416 aa  157  3e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  35.38 
 
 		 375 aa  156  7e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  32.69 
 
 		 385 aa  155  1e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0768  extracellular ligand-binding receptor  34.36 
 
 		 380 aa  155  2e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  32.69 
 
 		 385 aa  155  2e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  33.43 
 
 		 385 aa  154  5e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  34.79 
 
 		 385 aa  152  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3001  extracellular ligand-binding receptor  33.15 
 
 		 392 aa  149  9e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0825  extracellular ligand-binding receptor  28.93 
 
 		 380 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  30.21 
 
 		 425 aa  147  5e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  32.79 
 
 		 386 aa  145  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  30.98 
 
 		 382 aa  145  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  33.15 
 
 		 378 aa  144  4e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  31.25 
 
 		 411 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  31.25 
 
 		 411 aa  139  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  31.17 
 
 		 388 aa  137  4e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0210  Extracellular ligand-binding receptor  31.01 
 
 		 592 aa  136  9e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.019468 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  28.37 
 
 		 379 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0358  extracellular ligand-binding receptor  27.13 
 
 		 386 aa  132  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00342329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  32.75 
 
 		 384 aa  130  4.0000000000000003e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.9 
 
 		 425 aa  130  6e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_003296  RS03096  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  29.35 
 
 		 386 aa  130  7.000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0735365  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0443  Extracellular ligand-binding receptor  32.17 
 
 		 382 aa  130  7.000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363055  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0452  extracellular ligand-binding receptor  32.17 
 
 		 382 aa  129  9.000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21341  hypothetical protein  30.49 
 
 		 342 aa  129  1.0000000000000001e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.551591 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2080  Extracellular ligand-binding receptor  30.56 
 
 		 383 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1879  putative amino acids-binding transmembrane protein  30.75 
 
 		 383 aa  126  1e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.399388  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  30.05 
 
 		 378 aa  124  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0681  extracellular ligand-binding receptor  32.77 
 
 		 382 aa  122  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.35117  normal  0.336917 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0789  extracellular ligand-binding receptor  30.92 
 
 		 383 aa  120  4.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394286  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1040  Extracellular ligand-binding receptor  28.14 
 
 		 382 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.098407 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  29.71 
 
 		 386 aa  117  6.9999999999999995e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  25.67 
 
 		 398 aa  116  7.999999999999999e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  29.81 
 
 		 395 aa  116  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  31.16 
 
 		 373 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  26.65 
 
 		 377 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  26.65 
 
 		 377 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  27.19 
 
 		 392 aa  108  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4704  Extracellular ligand-binding receptor  26.69 
 
 		 371 aa  108  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3748  extracellular ligand-binding receptor  27.68 
 
 		 370 aa  107  6e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0550  extracellular ligand-binding receptor  29.41 
 
 		 383 aa  107  6e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5732  extracellular ligand-binding receptor  27.2 
 
 		 403 aa  106  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588725 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3029  Extracellular ligand-binding receptor  27.4 
 
 		 370 aa  106  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.518701  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4409  extracellular ligand-binding receptor  27.97 
 
 		 383 aa  106  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  26.18 
 
 		 401 aa  103  5e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  29.63 
 
 		 410 aa  103  7e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  28.44 
 
 		 368 aa  102  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0549  extracellular ligand-binding receptor  27.16 
 
 		 384 aa  102  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0807314 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3749  extracellular ligand-binding receptor  27.65 
 
 		 374 aa  101  3e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.314564  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4703  Extracellular ligand-binding receptor  28.39 
 
 		 368 aa  101  4e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  25.79 
 
 		 386 aa  100  6e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  27.42 
 
 		 370 aa  100  6e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1661  hypothetical protein  31.25 
 
 		 430 aa  100  7e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.429909  normal  0.749387 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  27.71 
 
 		 415 aa  100  7e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0065  Extracellular ligand-binding receptor  27.47 
 
 		 385 aa  99.8  9e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0045  extracellular ligand-binding receptor  28.02 
 
 		 385 aa  99.8  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.406138  normal  0.264074 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0299  extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 		 378 aa  99.4  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  25.98 
 
 		 389 aa  99.4  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  29.06 
 
 		 410 aa  99.4  1e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3030  Extracellular ligand-binding receptor  27.37 
 
 		 374 aa  99.4  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.394704  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4394  extracellular ligand-binding receptor  28.93 
 
 		 406 aa  99.8  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  27.82 
 
 		 387 aa  98.6  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4388  extracellular ligand-binding receptor  29.08 
 
 		 372 aa  98.2  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.861875 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  27.12 
 
 		 387 aa  98.2  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1452  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  24.88 
 
 		 458 aa  97.8  4e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.691281  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  28.25 
 
 		 367 aa  97.4  5e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5294  putative ABC-type branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  28.08 
 
 		 406 aa  96.3  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  27.05 
 
 		 407 aa  95.5  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  27 
 
 		 403 aa  95.5  2e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2765  extracellular ligand-binding receptor  26.99 
 
 		 408 aa  94.7  4e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.094864  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22980  amino acid-binding protein  25.82 
 
 		 434 aa  94.7  4e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0512293  normal  0.104714 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  24.44 
 
 		 438 aa  93.6  8e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2993  Extracellular ligand-binding receptor  26.45 
 
 		 363 aa  93.6  8e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  27.87 
 
 		 410 aa  92.8  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4823  extracellular ligand-binding receptor  26.69 
 
 		 437 aa  92.8  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.615465 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0707  extracellular ligand-binding receptor  29.7 
 
 		 382 aa  92.8  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142871  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3340  Extracellular ligand-binding receptor  25.72 
 
 		 394 aa  92.4  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.157564  normal  0.523018 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 		 388 aa  90.1  9e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  28.28 
 
 		 410 aa  89.7  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4684  extracellular ligand-binding receptor  26.97 
 
 		 406 aa  89.4  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>