More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0961 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_0961  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  100 
 
 		 496 aa  1005    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.731254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  61.97 
 
 		 517 aa  651    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0962  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  62.9 
 
 		 512 aa  624  1e-178  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  60.76 
 
 		 519 aa  620  1e-176  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  55.85 
 
 		 539 aa  570  1e-161  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1635  putative branched-chain amino acid ABC transporter  60.32 
 
 		 497 aa  494  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.314294  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1725  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  43.96 
 
 		 393 aa  292  9e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0953  extracellular ligand-binding receptor  45.21 
 
 		 426 aa  291  2e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  38.07 
 
 		 480 aa  228  2e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  37.53 
 
 		 398 aa  224  3e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  37.5 
 
 		 386 aa  224  4e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  36.41 
 
 		 408 aa  218  2.9999999999999998e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  36.56 
 
 		 472 aa  212  1e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  37.17 
 
 		 423 aa  211  2e-53  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  38.59 
 
 		 377 aa  211  2e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0335  Extracellular ligand-binding receptor  37.08 
 
 		 374 aa  192  9e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  35.23 
 
 		 382 aa  191  2e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2079  Extracellular ligand-binding receptor  33.61 
 
 		 386 aa  191  2.9999999999999997e-47  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3001  extracellular ligand-binding receptor  35.62 
 
 		 392 aa  186  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  35.52 
 
 		 385 aa  183  7e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  35.52 
 
 		 385 aa  182  8.000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1033  extracellular ligand-binding receptor  32.53 
 
 		 416 aa  181  2e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.344987  hitchhiker  0.000487812 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1004  Extracellular ligand-binding receptor  32.53 
 
 		 416 aa  181  2e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0825  extracellular ligand-binding receptor  30.59 
 
 		 380 aa  180  4e-44  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  35.31 
 
 		 386 aa  178  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0768  extracellular ligand-binding receptor  36.39 
 
 		 380 aa  176  9e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  34.96 
 
 		 385 aa  176  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  33.07 
 
 		 411 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  32.6 
 
 		 377 aa  175  1.9999999999999998e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  32.81 
 
 		 411 aa  172  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  33.42 
 
 		 382 aa  171  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  35.62 
 
 		 378 aa  169  1e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  31.5 
 
 		 388 aa  167  5.9999999999999996e-40  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  37.13 
 
 		 385 aa  165  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0358  extracellular ligand-binding receptor  29.57 
 
 		 386 aa  164  5.0000000000000005e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00342329  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  30.9 
 
 		 425 aa  163  5.0000000000000005e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 		 375 aa  161  2e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03096  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  32.33 
 
 		 386 aa  156  6e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0735365  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0452  extracellular ligand-binding receptor  34.74 
 
 		 382 aa  152  1e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128382  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0443  Extracellular ligand-binding receptor  34.74 
 
 		 382 aa  152  1e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363055  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21341  hypothetical protein  31.06 
 
 		 342 aa  151  2e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.551591 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0210  Extracellular ligand-binding receptor  31.42 
 
 		 592 aa  150  7e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.019468 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  30.73 
 
 		 379 aa  145  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.64 
 
 		 425 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  28.03 
 
 		 378 aa  128  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5732  extracellular ligand-binding receptor  29.32 
 
 		 403 aa  128  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588725 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1452  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  28.5 
 
 		 458 aa  127  6e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.691281  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0789  extracellular ligand-binding receptor  31.38 
 
 		 383 aa  127  7e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394286  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  27.42 
 
 		 386 aa  122  9.999999999999999e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 		 386 aa  118  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  28.07 
 
 		 384 aa  116  8.999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  28.32 
 
 		 387 aa  115  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  26.76 
 
 		 377 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0681  extracellular ligand-binding receptor  30.12 
 
 		 382 aa  115  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.35117  normal  0.336917 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  26.29 
 
 		 377 aa  114  3e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0299  extracellular ligand-binding receptor  29.17 
 
 		 378 aa  114  5e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  28.74 
 
 		 395 aa  113  7.000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1040  Extracellular ligand-binding receptor  28.15 
 
 		 382 aa  113  8.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.098407 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 		 387 aa  113  1.0000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4704  Extracellular ligand-binding receptor  27.49 
 
 		 371 aa  112  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  25.49 
 
 		 392 aa  110  7.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0549  extracellular ligand-binding receptor  26.98 
 
 		 384 aa  108  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0807314 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  27.38 
 
 		 368 aa  108  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0550  extracellular ligand-binding receptor  27.57 
 
 		 383 aa  108  3e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0045  extracellular ligand-binding receptor  29.13 
 
 		 385 aa  107  4e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.406138  normal  0.264074 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  25.68 
 
 		 403 aa  106  1e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  26.21 
 
 		 415 aa  106  1e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3748  extracellular ligand-binding receptor  27.01 
 
 		 370 aa  105  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0065  Extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 		 385 aa  105  2e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3029  Extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 		 370 aa  105  2e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.518701  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  23.49 
 
 		 389 aa  104  3e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  28.66 
 
 		 388 aa  104  4e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4409  extracellular ligand-binding receptor  27.54 
 
 		 383 aa  103  5e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1661  hypothetical protein  27.3 
 
 		 430 aa  103  8e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.429909  normal  0.749387 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1879  putative amino acids-binding transmembrane protein  28.18 
 
 		 383 aa  102  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.399388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2080  Extracellular ligand-binding receptor  27.87 
 
 		 383 aa  100  5e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 		 373 aa  100  7e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  26.95 
 
 		 410 aa  100  8e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3749  extracellular ligand-binding receptor  27.46 
 
 		 374 aa  99.4  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.314564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3030  Extracellular ligand-binding receptor  26.88 
 
 		 374 aa  99.4  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.394704  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0038  extracellular ligand-binding receptor  27.46 
 
 		 406 aa  99  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  28.41 
 
 		 401 aa  98.6  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  24.72 
 
 		 367 aa  97.4  5e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  27.11 
 
 		 410 aa  97.1  6e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4371  extracellular ligand-binding receptor  25.27 
 
 		 391 aa  97.1  6e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  24.73 
 
 		 401 aa  97.1  7e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  25.44 
 
 		 370 aa  97.1  7e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3340  Extracellular ligand-binding receptor  27.75 
 
 		 394 aa  96.7  8e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.157564  normal  0.523018 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3061  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.74 
 
 		 388 aa  95.9  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.664691  normal  0.158134 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 		 410 aa  96.3  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2334  Extracellular ligand-binding receptor  26.97 
 
 		 388 aa  95.9  1e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.10397  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  23.46 
 
 		 398 aa  95.9  1e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  27.66 
 
 		 409 aa  96.3  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2845  extracellular ligand-binding receptor  26.97 
 
 		 388 aa  95.9  2e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2993  Extracellular ligand-binding receptor  28.03 
 
 		 363 aa  95.5  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4703  Extracellular ligand-binding receptor  26.96 
 
 		 368 aa  95.5  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  26.74 
 
 		 411 aa  94.7  3e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4394  extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 		 406 aa  94.7  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  26.91 
 
 		 409 aa  94  5e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5294  putative ABC-type branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  27.94 
 
 		 406 aa  94.4  5e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>