More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0774 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_0774  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
278 aa  564  1e-160  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000960474 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2380  transcriptional regulator, AraC family  56.83 
 
 
300 aa  299  4e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0838291  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0799  AraC family transcriptional regulator  53.79 
 
 
280 aa  283  2e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.506953 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1987  helix-turn-helix domain-containing protein  53.82 
 
 
283 aa  268  5e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1802  AraC family transcriptional regulator  35.92 
 
 
281 aa  129  5e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.460896 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1357  transcriptional regulator, AraC family  33.72 
 
 
277 aa  90.5  3e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.193095  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  32.24 
 
 
304 aa  90.1  4e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  40.82 
 
 
309 aa  88.2  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1284  AraC family transcriptional regulator  39.64 
 
 
168 aa  85.9  6e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5964  transcriptional regulator, AraC family  40.35 
 
 
134 aa  86.3  6e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.194078  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  41.44 
 
 
299 aa  84.7  2e-15  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001441  L-rhamnose operon transcriptional activator RhaR  33.85 
 
 
275 aa  83.2  4e-15  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  44.04 
 
 
303 aa  83.6  4e-15  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  34.85 
 
 
301 aa  82  9e-15  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  34.85 
 
 
301 aa  82  9e-15  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  39.64 
 
 
154 aa  81.6  1e-14  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  34.55 
 
 
322 aa  81.6  1e-14  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  34.85 
 
 
301 aa  82  1e-14  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  32.02 
 
 
304 aa  80.9  2e-14  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2463  transcriptional regulator, AraC family  43.01 
 
 
162 aa  80.9  2e-14  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.400735  normal  0.926275 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2719  AraC family transcriptional regulator  35.16 
 
 
276 aa  80.9  2e-14  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.894112  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  40.43 
 
 
299 aa  79.7  5e-14  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  39.47 
 
 
301 aa  78.2  1e-13  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  35.96 
 
 
278 aa  78.2  1e-13  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  2.96813e-06 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0236  AraC/XylS family transcriptional regulator  38.71 
 
 
277 aa  78.2  1e-13  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  39.6 
 
 
331 aa  78.6  1e-13  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3138  AraC family transcriptional regulator  39.78 
 
 
279 aa  78.6  1e-13  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.606385 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  32.04 
 
 
286 aa  77.4  2e-13  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3415  AraC family transcriptional regulator  35.57 
 
 
266 aa  77.4  3e-13  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1627  transcriptional regulator, AraC family  26.72 
 
 
273 aa  77  3e-13  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  1.16038e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 
299 aa  77  3e-13  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2986  transcriptional regulator, AraC family  43.64 
 
 
148 aa  77  3e-13  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0872  AraC family transcriptional regulator  42.05 
 
 
292 aa  77  3e-13  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2090  AraC family transcriptional regulator  42 
 
 
261 aa  77  3e-13  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00753492 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  41.94 
 
 
296 aa  77  3e-13  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  38.68 
 
 
291 aa  76.6  4e-13  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3175  helix-turn-helix domain-containing protein  36.56 
 
 
287 aa  76.6  4e-13  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1196  transcriptional regulator, AraC family  36.56 
 
 
287 aa  76.6  4e-13  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3174  helix-turn-helix domain-containing protein  36.56 
 
 
287 aa  76.6  4e-13  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  38.3 
 
 
296 aa  76.6  4e-13  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3318  AraC family transcriptional regulator  36.56 
 
 
287 aa  76.6  4e-13  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.877504 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1568  AraC family transcriptional regulator  39.81 
 
 
278 aa  76.3  5e-13  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4104  transcriptional regulator, AraC family  42.16 
 
 
250 aa  76.3  5e-13  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  38.95 
 
 
316 aa  76.3  5e-13  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2781  transcriptional regulator, AraC family  39.81 
 
 
271 aa  76.3  5e-13  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.109963 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3702  transcriptional regulator, AraC type  37.14 
 
 
308 aa  76.3  5e-13  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  41.86 
 
 
299 aa  76.3  5e-13  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1599  AraC family transcriptional regulator  39.81 
 
 
278 aa  76.3  6e-13  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000366861  normal  0.399443 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  38.24 
 
 
294 aa  75.9  6e-13  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  32.3 
 
 
306 aa  76.3  6e-13  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1562  AraC family transcriptional regulator  39.81 
 
 
278 aa  76.3  6e-13  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1049  AraC family transcriptional regulator  49.43 
 
 
276 aa  75.9  6e-13  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000110999  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 
517 aa  75.9  7e-13  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  6.11836e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2855  AraC family substrate binding transcriptional regulator  40.86 
 
 
280 aa  75.9  7e-13  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.222069  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1460  AraC family transcriptional regulator  39.81 
 
 
278 aa  75.5  8e-13  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51400  transcriptional regulator AraC family  43.53 
 
 
310 aa  75.5  8e-13  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  41.41 
 
 
320 aa  75.5  8e-13  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3855  AraC family transcriptional regulator  31.06 
 
 
285 aa  75.5  8e-13  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  44.05 
 
 
293 aa  75.5  9e-13  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  38.74 
 
 
291 aa  75.5  9e-13  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  38.68 
 
 
292 aa  75.5  9e-13  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3231  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 
250 aa  75.1  1e-12  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4820  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 
274 aa  75.1  1e-12  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2692  transcriptional regulator, AraC family  40.54 
 
 
268 aa  74.7  1e-12  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  27.35 
 
 
297 aa  75.5  1e-12  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1762  AraC/XylS family transcriptional regulator  38.71 
 
 
278 aa  75.1  1e-12  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  35.26 
 
 
312 aa  74.7  1e-12  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3801  transcriptional regulator, AraC family  37.89 
 
 
278 aa  74.7  1e-12  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6995  AraC/XylS family transcriptional regulator  40 
 
 
255 aa  75.1  1e-12  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00467693 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  37.25 
 
 
296 aa  75.5  1e-12  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2950  transcriptional regulator, AraC family  39.29 
 
 
268 aa  75.1  1e-12  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0105763  normal  0.912836 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  36.56 
 
 
513 aa  74.7  1e-12  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9084  transcriptional regulator AraC family  32.63 
 
 
315 aa  74.3  2e-12  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0681  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 
306 aa  74.3  2e-12  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0588  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 
308 aa  74.3  2e-12  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0804  transcriptional regulator, AraC family  42.16 
 
 
145 aa  73.9  2e-12  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  39.53 
 
 
278 aa  74.3  2e-12  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3503  transcription activator, effector binding  38.33 
 
 
294 aa  74.3  2e-12  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00111619  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3646  AraC family transcriptional regulator  33.15 
 
 
275 aa  74.3  2e-12  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  44.05 
 
 
299 aa  74.3  2e-12  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2300  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 
274 aa  74.3  2e-12  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.457981  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1980  RC149  31.58 
 
 
308 aa  74.3  2e-12  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421398  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06279  hypothetical protein  36.45 
 
 
275 aa  74.3  2e-12  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  36.54 
 
 
296 aa  74.7  2e-12  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 
302 aa  74.7  2e-12  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3996  helix-turn-helix domain-containing protein  37.89 
 
 
289 aa  73.9  3e-12  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0560  AraC family transcriptional regulator  39.36 
 
 
281 aa  73.9  3e-12  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  3.76127e-05 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  29.47 
 
 
287 aa  73.9  3e-12  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3361  helix-turn-helix domain-containing protein  43.96 
 
 
160 aa  73.6  3e-12  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2693  AraC family transcriptional regulator  37.63 
 
 
278 aa  73.9  3e-12  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  32.38 
 
 
530 aa  73.9  3e-12  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2527  AraC family transcriptional regulator  37.63 
 
 
278 aa  73.6  3e-12  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2594  AraC family transcriptional regulator  37.63 
 
 
278 aa  73.9  3e-12  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0806  transcriptional regulator, AraC family  31.75 
 
 
355 aa  73.6  4e-12  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.311156 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  38.04 
 
 
322 aa  73.2  4e-12  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  40.22 
 
 
293 aa  72.8  5e-12  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1946  AraC family transcriptional regulator  33.03 
 
 
282 aa  73.2  5e-12  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.609227  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1399  transcriptional regulator, AraC family  44.09 
 
 
158 aa  73.2  5e-12  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2935  transcriptional regulator, AraC family  47.06 
 
 
276 aa  73.2  5e-12  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  4.65121e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1173  cupin 2 domain-containing protein  26.74 
 
 
316 aa  72.8  5e-12  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>