More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0637 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_0637  hypothetical protein  100 
 
 
257 aa  526  1e-148  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00815017  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0806  signal protein  70.08 
 
 
257 aa  365  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0525  diguanylate phosphodiesterase  62.92 
 
 
251 aa  318  3.9999999999999996e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3438  diguanylate phosphodiesterase  61.38 
 
 
265 aa  298  7e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3242  EAL domain-containing protein  60.98 
 
 
283 aa  296  3e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3566  diguanylate phosphodiesterase  60.57 
 
 
265 aa  292  3e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.333064  normal  0.483567 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0005  diguanylate phosphodiesterase  59.09 
 
 
259 aa  288  7e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.162907  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  51.41 
 
 
254 aa  269  2.9999999999999997e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3232  diguanylate phosphodiesterase  49.8 
 
 
266 aa  263  3e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.72536  normal  0.33635 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0171  EAL  52.48 
 
 
260 aa  261  6e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2810  diguanylate phosphodiesterase  51.63 
 
 
257 aa  259  3e-68  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0236  EAL domain protein  51.24 
 
 
260 aa  258  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1747  diguanylate phosphodiesterase  50.21 
 
 
291 aa  257  1e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.087315  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1247  hypothetical protein  51.04 
 
 
257 aa  257  1e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000126257  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  53.44 
 
 
332 aa  256  2e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1584  diguanylate phosphodiesterase  50.83 
 
 
263 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0237519  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0914  EAL domain-containing protein  49.8 
 
 
256 aa  252  4.0000000000000004e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0264  diguanylate phosphodiesterase  50.81 
 
 
259 aa  249  3e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.317431 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1902  diguanylate phosphodiesterase  46.69 
 
 
253 aa  248  7e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.570063 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3825  hypothetical protein  50.4 
 
 
249 aa  247  1e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186672  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  47.9 
 
 
256 aa  243  3e-63  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3107  diguanylate phosphodiesterase  50.63 
 
 
259 aa  238  5.999999999999999e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.757565  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2208  diguanylate phosphodiesterase  49.37 
 
 
254 aa  238  8e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2830  diguanylate phosphodiesterase  50 
 
 
253 aa  233  3e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.011956  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0026  diguanylate phosphodiesterase  44.12 
 
 
246 aa  232  4.0000000000000004e-60  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0028  diguanylate phosphodiesterase  45.93 
 
 
255 aa  231  1e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0024  diguanylate phosphodiesterase  43.7 
 
 
246 aa  231  1e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.481277  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0792  diguanylate phosphodiesterase  52.51 
 
 
224 aa  228  5e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.307783 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2934  diguanylate phosphodiesterase  49.37 
 
 
252 aa  227  1e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.780718  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1233  diguanylate phosphodiesterase  48.56 
 
 
258 aa  224  1e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.924299 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1172  diguanylate phosphodiesterase  48.56 
 
 
258 aa  223  3e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.459391 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0883  diguanylate phosphodiesterase  45.12 
 
 
262 aa  220  1.9999999999999999e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0519  diguanylate phosphodiesterase  47.06 
 
 
257 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0545  diguanylate phosphodiesterase  47.06 
 
 
257 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0541  diguanylate phosphodiesterase  47.06 
 
 
257 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0601  diguanylate phosphodiesterase  46.64 
 
 
258 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3798  diguanylate phosphodiesterase  46.64 
 
 
257 aa  217  2e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2342  diguanylate phosphodiesterase  50 
 
 
257 aa  214  8e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2731  putative diguanylate phosphodiesterase  42.92 
 
 
259 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1965  diguanylate phosphodiesterase  46.96 
 
 
248 aa  210  2e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.616941  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3093  cyclic-di-GMP regulatory protein  37.83 
 
 
239 aa  167  1e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0272737 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  34.87 
 
 
351 aa  161  1e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  38.98 
 
 
356 aa  155  6e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  39.19 
 
 
367 aa  155  7e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  31.96 
 
 
362 aa  152  7e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  31.96 
 
 
360 aa  151  1e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  35.04 
 
 
734 aa  150  3e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  37.97 
 
 
340 aa  149  5e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0058  diguanylate phosphodiesterase  39.38 
 
 
357 aa  148  8e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2032  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 
406 aa  146  4.0000000000000006e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.252984 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2318  diguanylate phosphodiesterase  39.22 
 
 
371 aa  142  5e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.440144  normal  0.199138 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1757  diguanylate phosphodiesterase  36.09 
 
 
418 aa  142  5e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.388257  hitchhiker  0.000204445 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1138  diguanylate phosphodiesterase  35.65 
 
 
266 aa  142  6e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  33.48 
 
 
352 aa  138  7e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1986  BLUF/cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  37.28 
 
 
403 aa  137  1e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.758889  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.93 
 
 
753 aa  137  1e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2484  diguanylate phosphodiesterase  36.84 
 
 
403 aa  136  4e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2463  diguanylate phosphodiesterase  36.84 
 
 
403 aa  136  4e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.537462  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1259  BLUF/cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  36.84 
 
 
403 aa  136  4e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0577088  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1303  BLUF/cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  36.84 
 
 
403 aa  136  4e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01138  predicted FAD-binding phosphodiesterase  36.84 
 
 
403 aa  135  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01146  hypothetical protein  36.84 
 
 
403 aa  135  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00175  hypothetical protein ycgF  32.46 
 
 
390 aa  134  9.999999999999999e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.97 
 
 
773 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  33.48 
 
 
590 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.02 
 
 
632 aa  129  5.0000000000000004e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.38 
 
 
797 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  31.62 
 
 
306 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.14 
 
 
581 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  31.76 
 
 
379 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  33.19 
 
 
590 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  32.88 
 
 
357 aa  126  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.74 
 
 
883 aa  125  5e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.25 
 
 
580 aa  125  7e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.67 
 
 
572 aa  123  3e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.33 
 
 
583 aa  122  4e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  32.88 
 
 
582 aa  122  5e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.33 
 
 
583 aa  122  5e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.08 
 
 
584 aa  122  6e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.72 
 
 
584 aa  122  6e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  31.98 
 
 
584 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  31.36 
 
 
584 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  29.68 
 
 
409 aa  120  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  33.03 
 
 
592 aa  120  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  32.43 
 
 
601 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.49 
 
 
585 aa  119  3e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.49 
 
 
585 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.49 
 
 
585 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.82 
 
 
584 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.11 
 
 
590 aa  119  6e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.49 
 
 
585 aa  119  7e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.53 
 
 
596 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2658  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.95 
 
 
641 aa  117  9.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  31.96 
 
 
284 aa  116  3.9999999999999997e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.19 
 
 
633 aa  114  1.0000000000000001e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.27 
 
 
605 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0567  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.9 
 
 
599 aa  113  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.598217 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.09 
 
 
612 aa  113  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.91 
 
 
612 aa  113  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.48 
 
 
612 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>