More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0374 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_0374  putative RNA pseudouridine synthase (Uracil hydrolyase)  100 
 
 
295 aa  592  1e-168  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.458686  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0401  pseudouridine synthase  65.05 
 
 
292 aa  383  1e-105  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0516  pseudouridine synthase  69.83 
 
 
298 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0208  pseudouridine synthase  65.16 
 
 
322 aa  371  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.528553  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0361  pseudouridine synthase  67.68 
 
 
300 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.713326  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0315  pseudouridine synthase  56.31 
 
 
264 aa  300  2e-80  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  52.54 
 
 
240 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3519  pseudouridine synthase  46.42 
 
 
234 aa  224  9e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.477125  normal  0.108825 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0311  pseudouridine synthase  63.09 
 
 
234 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.148955 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1390  pseudouridine synthase  51.56 
 
 
255 aa  176  5e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.371905  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  63.97 
 
 
249 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  63.5 
 
 
239 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  63.97 
 
 
239 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4412  pseudouridine synthase  51.41 
 
 
228 aa  172  9e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  61.48 
 
 
224 aa  171  1e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3409  pseudouridine synthase  60.58 
 
 
228 aa  169  5e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.386946 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  56.29 
 
 
264 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0447  pseudouridylate synthase  43.24 
 
 
222 aa  119  7e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.129188  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1376  pseudouridine synthase  39.43 
 
 
250 aa  118  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  45.45 
 
 
227 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0864  pseudouridine synthase  41.5 
 
 
224 aa  112  7.000000000000001e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0335511  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  32.58 
 
 
329 aa  106  4e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2006  pseudouridine synthase  44.62 
 
 
227 aa  106  5e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.309939  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2968  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.72 
 
 
224 aa  105  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.577134 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  37.22 
 
 
324 aa  100  4e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  39.1 
 
 
368 aa  95.1  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  28.77 
 
 
346 aa  94.7  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  45.07 
 
 
328 aa  92.4  8e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.21 
 
 
348 aa  89.4  6e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  33.33 
 
 
405 aa  88.2  2e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2250  pseudouridine synthase  24.2 
 
 
238 aa  86.7  4e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.211123  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  27.61 
 
 
346 aa  86.3  6e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2822  RluA family pseudouridine synthase  38.06 
 
 
329 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000591979  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  31.09 
 
 
362 aa  84.7  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0596  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.96 
 
 
308 aa  83.6  0.000000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000579613  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  27.61 
 
 
346 aa  84  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2093  pseudouridine synthase  26.82 
 
 
260 aa  84  0.000000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000796384  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  34.27 
 
 
325 aa  83.6  0.000000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1589  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.58 
 
 
308 aa  83.2  0.000000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0462053  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  27.15 
 
 
648 aa  83.2  0.000000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0090  pseudouridine synthase, RluA family  29.35 
 
 
349 aa  82.8  0.000000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.768556 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3160  RNA pseudouridine synthase family protein  29.15 
 
 
250 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.466098  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  28.89 
 
 
242 aa  81.6  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3557  pseudouridine synthase, RluA family  27.44 
 
 
297 aa  82  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1574  RluA family pseudouridine synthase  32.52 
 
 
330 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00553384  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2566  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.13 
 
 
329 aa  82  0.00000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00643292  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  40 
 
 
346 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  29.27 
 
 
399 aa  81.3  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  26.64 
 
 
330 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4308  pseudouridine synthase, RluA family  39.39 
 
 
323 aa  81.3  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2767  RluA family pseudouridine synthase  34.64 
 
 
330 aa  81.3  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.901259 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.74 
 
 
329 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.74 
 
 
329 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1594  RluA family pseudouridine synthase  33.13 
 
 
329 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0260553  normal  0.0130241 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  29.47 
 
 
350 aa  80.5  0.00000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  35.81 
 
 
224 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4177  pseudouridine synthase, RluD  38.64 
 
 
318 aa  79.7  0.00000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.463318  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4953  pseudouridine synthase, RluA family  29.67 
 
 
369 aa  79.7  0.00000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4321  RluA family pseudouridine synthase  38.64 
 
 
350 aa  79.7  0.00000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.412069 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.14 
 
 
330 aa  79.7  0.00000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1708  RluA family pseudouridine synthase  31.9 
 
 
329 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000190104  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  37.23 
 
 
319 aa  79.3  0.00000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0315  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  26.53 
 
 
348 aa  79.7  0.00000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.458148 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2656  pseudouridine synthase, RluA family  33.55 
 
 
319 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0425559  hitchhiker  0.000122586 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  29.63 
 
 
246 aa  79.3  0.00000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1711  RluA family pseudouridine synthase  31.9 
 
 
329 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334248  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  29.66 
 
 
339 aa  79.3  0.00000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.96 
 
 
322 aa  79.3  0.00000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1751  RluA family pseudouridine synthase  31.9 
 
 
329 aa  79.3  0.00000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000123206  normal  0.30128 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  40.57 
 
 
354 aa  79  0.00000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.93 
 
 
296 aa  79  0.00000000000009  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  37.23 
 
 
315 aa  79  0.00000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4330  pseudouridine synthase, RluA family  38.64 
 
 
323 aa  79  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0611  pseudouridine synthase  23.75 
 
 
241 aa  78.2  0.0000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1379  pseudouridine synthase, RluA family  30.04 
 
 
370 aa  79  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  25.76 
 
 
318 aa  78.2  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  25.76 
 
 
326 aa  77.8  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2335  pseudouridine synthase RluD  35.71 
 
 
453 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.134936 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  26.03 
 
 
315 aa  78.2  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  36.77 
 
 
311 aa  77  0.0000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  36.5 
 
 
319 aa  77  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  25.42 
 
 
326 aa  77.4  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3624  pseudouridine synthase, RluA family  36.61 
 
 
455 aa  77  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3403  pseudouridine synthase RluD  29.94 
 
 
501 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0666836  normal  0.0916306 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.74 
 
 
296 aa  76.6  0.0000000000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  46.07 
 
 
469 aa  77  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  25.26 
 
 
327 aa  76.6  0.0000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.3 
 
 
315 aa  77  0.0000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0056  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.55 
 
 
339 aa  76.6  0.0000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0714  23S rRNA pseudouridylate synthase C  26.1 
 
 
326 aa  76.6  0.0000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7124  pseudouridine synthase, RluA family  46.07 
 
 
457 aa  76.6  0.0000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1394  pseudouridine synthase, RluD  30.06 
 
 
412 aa  76.3  0.0000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.377241  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.82 
 
 
436 aa  76.3  0.0000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  36.67 
 
 
219 aa  75.9  0.0000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  36.13 
 
 
311 aa  76.3  0.0000000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3623  pseudouridine synthase, RluA family  34.59 
 
 
297 aa  75.9  0.0000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  35.77 
 
 
320 aa  75.9  0.0000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  34 
 
 
306 aa  75.9  0.0000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3353  RNA pseudouridine synthase family protein  28.41 
 
 
296 aa  75.5  0.0000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0622873  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0322  pseudouridine synthase, RluA family  47.19 
 
 
468 aa  75.9  0.0000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.539792  normal  0.101143 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>