89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0301 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_0301  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 180 aa  357  6e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.246546 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0883  transcriptional regulator, TetR family  36.26 
 
 		 185 aa  117  7e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.476269  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0802  regulatory protein, TetR  35.88 
 
 		 182 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.334843  normal  0.796776 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4608  TetR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 182 aa  110  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.582977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2981  TetR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 180 aa  110  9e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1299  TetR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 202 aa  102  3e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.808118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3251  regulatory protein, TetR  37.34 
 
 		 205 aa  98.6  4e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000584066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2656  TetR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 179 aa  97.4  9e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.754114  normal  0.0141418 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1596  TetR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 192 aa  93.2  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000620531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0513  transcriptional regulator, TetR family  34.69 
 
 		 188 aa  85.5  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1872  TetR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 194 aa  84.3  7e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3960  transcriptional regulator, TetR family  35.66 
 
 		 210 aa  82  0.000000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.879503  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1210  regulatory protein, TetR  33.76 
 
 		 207 aa  81.6  0.000000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1619  TetR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 188 aa  81.6  0.000000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.776591 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1595  TetR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 211 aa  81.6  0.000000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.201593  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3817  TetR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 209 aa  80.9  0.000000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.287238  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1901  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 187 aa  81.3  0.000000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1565  TetR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 192 aa  79.7  0.00000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2100  regulatory protein TetR  34.87 
 
 		 191 aa  78.6  0.00000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.726154  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3873  regulatory protein TetR  33.33 
 
 		 208 aa  78.2  0.00000000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1421  transcriptional regulator, TetR family  31.08 
 
 		 199 aa  77.4  0.0000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5206  TetR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 211 aa  76.3  0.0000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5497  TetR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 211 aa  76.3  0.0000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42260  TetR family regulatory protein  29.61 
 
 		 198 aa  76.6  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5117  TetR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 211 aa  76.3  0.0000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.602589  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5846  TetR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 205 aa  75.5  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.472138  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3062  transcriptional regulator, TetR family  31.41 
 
 		 199 aa  73.6  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0638813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1468  TetR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 186 aa  72.8  0.000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.781673  normal  1 
 
 
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NC_010678  Rpic_4700  transcriptional regulator, TetR family  30.72 
 
 		 217 aa  72  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.804657  normal  0.0108792 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3623  transcriptional regulator, TetR family  30.72 
 
 		 217 aa  72  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1196  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 214 aa  71.6  0.000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.228936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0946  TetR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 206 aa  71.2  0.000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.826877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2269  transcriptional regulator, TetR family  33.76 
 
 		 197 aa  70.9  0.00000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2407  TetR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 177 aa  70.5  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0993242  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1479  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 231 aa  69.7  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4460  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 187 aa  69.3  0.00000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.20619 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4912  transcriptional regulator, TetR family  30.97 
 
 		 209 aa  68.9  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.095587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01665  transcriptional regulator  29.68 
 
 		 202 aa  68.2  0.00000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.152407  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5303  TetR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 187 aa  67.8  0.00000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.398356  normal  0.30324 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0095  TetR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 205 aa  67  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0333517 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4824  transcriptional regulator, TetR family  30.32 
 
 		 209 aa  67  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.870424 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0086  TetR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 205 aa  67  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4754  TetR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 215 aa  65.9  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000397464  hitchhiker  0.00227458 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3681  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 224 aa  65.9  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.966495  normal  0.60312 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0076  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 205 aa  65.5  0.0000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.548175 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1527  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 204 aa  65.1  0.0000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.093957 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4123  hypothetical protein  25.91 
 
 		 189 aa  64.7  0.0000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.39248 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4190  hypothetical protein  34.68 
 
 		 215 aa  63.5  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6023  transcriptional regulator, TetR family  30.71 
 
 		 184 aa  63.2  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0620449  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0745  TetR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 188 aa  63.2  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5294  TetR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 188 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0307229 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0102  TetR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 188 aa  62.8  0.000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.508709  normal  0.486637 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3891  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 207 aa  62  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.75762  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4888  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 209 aa  61.6  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5605  transcriptional regulator, TetR family  28.46 
 
 		 184 aa  58.5  0.00000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2251  putative transcriptional regulator, TetR family  29.07 
 
 		 187 aa  58.2  0.00000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3138  TetR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 207 aa  57.4  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.293904  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1007  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 238 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.85068  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0282  TetR family regulatory protein  31.68 
 
 		 238 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.381975  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0284  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 238 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0846937  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1810  transcriptional regulator, TetR family protein  33.33 
 
 		 238 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.976243  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1312  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 238 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1726  transcriptional regulator, TetR family protein  33.33 
 
 		 238 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0513672  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5889  TetR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 186 aa  51.6  0.000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2657  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 202 aa  50.8  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.613192  normal  0.699424 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3310  hypothetical protein  32.03 
 
 		 212 aa  48.5  0.00005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.106528 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3415  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 207 aa  48.1  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.573909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3680  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 207 aa  48.1  0.00007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5723  transcriptional regulator, TetR family  32.93 
 
 		 177 aa  47  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00322286 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1114  transcriptional regulator, TetR family  33.75 
 
 		 186 aa  47  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.213128 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0765  transcriptional regulator, TetR family protein  34.62 
 
 		 222 aa  45.8  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1014  TetR family transcriptional regulator  27 
 
 		 212 aa  46.2  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1351  TetR family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 212 aa  45.1  0.0005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5881  TetR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 197 aa  44.7  0.0007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.752924 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3697  regulatory protein, TetR  31.94 
 
 		 203 aa  44.7  0.0008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4476  TetR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 220 aa  43.9  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000182515 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1097  TetR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 196 aa  44.3  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5790  transcriptional regulator, TetR family  34.38 
 
 		 220 aa  42.7  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0399068 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1100  TetR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 194 aa  43.5  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0669836  normal  0.61487 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3096  TetR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 202 aa  42.4  0.003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0203472  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3995  transcriptional regulator, TetR family  28.42 
 
 		 197 aa  42  0.004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.200757  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0813  transcriptional regulator  25.29 
 
 		 181 aa  42  0.005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.0000037914  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3669  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 243 aa  41.6  0.006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
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NC_014158  Tpau_0439  transcriptional regulator, TetR family  28.81 
 
 		 180 aa  41.6  0.006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007954  Sden_1388  regulatory protein, TetR  30.99 
 
 		 196 aa  41.2  0.007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007492  Pfl01_3058  TetR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 209 aa  41.2  0.007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.765793  normal  0.0466418 
 
 
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NC_013093  Amir_4794  transcriptional regulator, TetR family  29.58 
 
 		 187 aa  41.2  0.008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_014212  Mesil_3092  transcriptional regulator, TetR family  32.67 
 
 		 185 aa  41.2  0.008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0725563 
 
 
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NC_013173  Dbac_1025  transcriptional regulator, TetR family  35.09 
 
 		 192 aa  40.8  0.009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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