More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0241 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0401  radical SAM enzyme, Cfr family  90.33 
 
 		 399 aa  734    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.213699  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2806  hypothetical protein  87.22 
 
 		 427 aa  735    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0093  hypothetical protein  89.29 
 
 		 399 aa  733    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.82991  normal  0.435247 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0035  hypothetical protein  88.46 
 
 		 399 aa  729    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0709  hypothetical protein  89.31 
 
 		 398 aa  739    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3626  hypothetical protein  88.01 
 
 		 397 aa  727    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.674584  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0241  putative pyruvate formate lyase activating enzyme 2 (yfgB)  100 
 
 		 403 aa  830    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.283575  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0077  hypothetical protein  69.9 
 
 		 411 aa  561  1.0000000000000001e-159  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0076  hypothetical protein  69.9 
 
 		 411 aa  563  1.0000000000000001e-159  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.525724  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0398  radical SAM protein  68.99 
 
 		 414 aa  560  1e-158  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0578367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1592  radical SAM enzyme, Cfr family  70.62 
 
 		 425 aa  560  1e-158  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.368814  normal  0.725987 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4047  radical SAM enzyme, Cfr family  67.89 
 
 		 409 aa  555  1e-157  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3724  radical SAM enzyme, Cfr family  66.17 
 
 		 408 aa  556  1e-157  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2859  radical SAM protein  70.08 
 
 		 408 aa  557  1e-157  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0090  radical SAM protein  68.59 
 
 		 411 aa  554  1e-157  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4556  radical SAM protein  68.61 
 
 		 431 aa  554  1e-156  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.15006  decreased coverage  0.00152892 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1922  radical SAM enzyme, Cfr family  70.1 
 
 		 425 aa  552  1e-156  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0056484 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3068  radical SAM protein  67.53 
 
 		 413 aa  553  1e-156  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1640  radical SAM protein  69.85 
 
 		 425 aa  551  1e-156  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  0.136917 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4488  radical SAM enzyme, Cfr family  67.41 
 
 		 431 aa  550  1e-155  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1122  radical SAM protein  67.76 
 
 		 430 aa  545  1e-154  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2966  radical SAM enzyme, Cfr family  70.19 
 
 		 399 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.80573 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4168  Fe-S-cluster redox protein  65.88 
 
 		 410 aa  536  1e-151  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.433493  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0759  radical SAM protein  67.83 
 
 		 391 aa  536  1e-151  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1380  radical SAM protein  70.11 
 
 		 399 aa  528  1e-149  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1362  radical SAM protein  65.35 
 
 		 414 aa  517  1.0000000000000001e-145  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.627333  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0269  hypothetical protein  61.38 
 
 		 410 aa  483  1e-135  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.169274 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0185  radical SAM protein  62.99 
 
 		 404 aa  478  1e-134  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0028  radical SAM protein  62.2 
 
 		 396 aa  481  1e-134  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3311  radical SAM enzyme  62.9 
 
 		 406 aa  475  1e-133  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.853243  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2505  radical SAM protein  63.33 
 
 		 391 aa  476  1e-133  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.282858  normal  0.610835 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2962  radical SAM protein  64.11 
 
 		 402 aa  472  1e-132  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.161045 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3329  hypothetical protein  60.82 
 
 		 428 aa  474  1e-132  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1436  hypothetical protein  59.06 
 
 		 429 aa  463  1e-129  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0041  radical SAM protein  60.27 
 
 		 392 aa  462  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1382  radical SAM superfamily protein  60 
 
 		 392 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0050  radical SAM protein  60 
 
 		 392 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.890909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2700  radical SAM protein  58.78 
 
 		 390 aa  451  1.0000000000000001e-126  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.83245  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0703  hypothetical protein  58.1 
 
 		 420 aa  449  1e-125  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0085  radical SAM enzyme, Cfr family  58.02 
 
 		 404 aa  448  1e-125  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.176991  normal  0.136088 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3014  hypothetical protein  59.14 
 
 		 397 aa  443  1e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.327469 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1616  hypothetical protein  57.43 
 
 		 339 aa  397  1e-109  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.787812 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2993  radical SAM protein  52.63 
 
 		 356 aa  366  1e-100  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00523882  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2051  radical SAM protein  49.87 
 
 		 376 aa  341  1e-92  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0429585  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1212  hypothetical protein  50.6 
 
 		 383 aa  339  5e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1623  hypothetical protein  46.65 
 
 		 362 aa  338  7e-92  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00271207 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1479  hypothetical protein  48.73 
 
 		 382 aa  338  9.999999999999999e-92  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0732  radical SAM enzyme, Cfr family  48.13 
 
 		 377 aa  337  1.9999999999999998e-91  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1056  radical SAM enzyme, Cfr family  49.7 
 
 		 383 aa  337  2.9999999999999997e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0486076  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2089  hypothetical protein  48.6 
 
 		 384 aa  336  5e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1148  radical SAM enzyme, Cfr family  49.7 
 
 		 383 aa  336  5e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.187802  normal  0.550837 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1124  radical SAM protein  48.14 
 
 		 369 aa  335  5.999999999999999e-91  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.371918  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2109  hypothetical protein  48.74 
 
 		 384 aa  335  9e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.207444 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1353  radical SAM protein  47.71 
 
 		 371 aa  332  7.000000000000001e-90  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160208 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1504  hypothetical protein  46.99 
 
 		 382 aa  332  9e-90  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2851  hypothetical protein  46.37 
 
 		 375 aa  329  5.0000000000000004e-89  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1431  radical SAM enzyme, Cfr family  47.09 
 
 		 382 aa  329  6e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4604  hypothetical protein  48.74 
 
 		 382 aa  329  6e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1245  hypothetical protein  46.83 
 
 		 382 aa  328  8e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2887  hypothetical protein  47.53 
 
 		 366 aa  326  4.0000000000000003e-88  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1422  radical SAM protein  47.4 
 
 		 382 aa  322  5e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12366  normal  0.0354941 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1791  radical SAM protein  48.73 
 
 		 359 aa  322  5e-87  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1249  radical SAM protein  45.36 
 
 		 360 aa  322  6e-87  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40320  hypothetical protein  46.28 
 
 		 381 aa  322  6e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.666991  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1905  radical SAM protein  43 
 
 		 403 aa  322  6e-87  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1930  radical SAM enzyme, Cfr family  49.72 
 
 		 362 aa  322  7e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1602  radical SAM enzyme, Cfr family  49.72 
 
 		 363 aa  322  8e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.113295 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1370  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.79 
 
 		 373 aa  322  8e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3151  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.79 
 
 		 373 aa  322  8e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00905599  hitchhiker  0.00812914 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3008  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.79 
 
 		 373 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00899057  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1253  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.33 
 
 		 373 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.405878  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2379  hypothetical protein  49.7 
 
 		 365 aa  321  1.9999999999999998e-86  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.444977  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2232  radical SAM protein  47.75 
 
 		 378 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.750735  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1592  hypothetical protein  49.41 
 
 		 383 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.325288 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2543  radical SAM enzyme, Cfr family  49.41 
 
 		 383 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.180565  hitchhiker  0.00648935 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1113  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.79 
 
 		 373 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.686108  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14830  hypothetical protein  45.43 
 
 		 379 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3503  radical SAM protein  45.89 
 
 		 382 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1109  radical SAM protein  47.47 
 
 		 378 aa  320  3e-86  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.545154  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2230  radical SAM protein  47.47 
 
 		 378 aa  320  3e-86  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1347  radical SAM protein  47.47 
 
 		 378 aa  320  3e-86  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0591  hypothetical protein  46.88 
 
 		 372 aa  320  3e-86  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.196855  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2357  radical SAM protein  47.47 
 
 		 378 aa  320  3e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1837  radical SAM protein  47.47 
 
 		 378 aa  320  3e-86  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.323888  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2192  radical SAM protein  47.47 
 
 		 378 aa  320  3e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0838123  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0060  radical SAM protein  47.47 
 
 		 378 aa  320  3e-86  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0447485  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.79 
 
 		 373 aa  319  3.9999999999999996e-86  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0888845  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.77 
 
 		 372 aa  319  5e-86  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000522962  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4328  radical SAM protein  45.36 
 
 		 381 aa  319  6e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000000214748 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.52 
 
 		 373 aa  318  7e-86  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0106958  normal  0.379553 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0850  radical SAM enzyme, Cfr family  45.36 
 
 		 381 aa  318  9e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5115  hypothetical protein  47.19 
 
 		 379 aa  318  9e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0159423  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0880  radical SAM protein  45.36 
 
 		 381 aa  318  9e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.588351  normal  0.297118 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1308  hypothetical protein  45.14 
 
 		 378 aa  318  1e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.141756  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0893  radical SAM protein  45.36 
 
 		 381 aa  318  1e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000355307 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1431  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.5 
 
 		 398 aa  318  1e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1397  radical SAM protein  45.38 
 
 		 370 aa  317  2e-85  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.724249  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2685  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.96 
 
 		 346 aa  317  2e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000061721  normal  0.591184 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2611  hypothetical protein  46.99 
 
 		 382 aa  317  2e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00319585  normal  0.95925 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1336  radical SAM family enzyme  45.38 
 
 		 370 aa  317  2e-85  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>