More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0232 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_0232  sensor histidine kinase  100 
 
 
716 aa  1443    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.786809  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2196  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  47.43 
 
 
705 aa  609  1e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.908394  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2427  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  46.19 
 
 
707 aa  589  1e-167  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.215124  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3269  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  46.35 
 
 
704 aa  590  1e-167  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.259657 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3208  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  46.66 
 
 
702 aa  580  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.289512 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2181  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  42.76 
 
 
712 aa  501  1e-140  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.113069  normal  0.344517 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0349  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  42.62 
 
 
722 aa  491  1e-137  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.081308  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5223  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  61.18 
 
 
722 aa  474  1e-132  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3343  histidine kinase  60.31 
 
 
632 aa  451  1e-125  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0508  histidine kinase  61.66 
 
 
632 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  60.72 
 
 
1224 aa  444  1e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2108  multi-sensor hybrid histidine kinase  56.54 
 
 
1014 aa  445  1e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.659699  normal  0.848073 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5221  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  58.85 
 
 
703 aa  442  9.999999999999999e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  61.34 
 
 
684 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.62869  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5234  multi-sensor hybrid histidine kinase  58.82 
 
 
946 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3622  PAS sensor protein  61.08 
 
 
684 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2852  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.87 
 
 
1057 aa  436  1e-121  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4475  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  59.71 
 
 
587 aa  434  1e-120  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4107  PAS sensor protein  59.71 
 
 
587 aa  434  1e-120  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0206968  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4588  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  58.39 
 
 
585 aa  432  1e-120  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.179057  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3634  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  58.63 
 
 
944 aa  434  1e-120  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103342  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0040  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  57.66 
 
 
809 aa  431  1e-119  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0581395 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3335  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  56.68 
 
 
942 aa  431  1e-119  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2970  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  53.72 
 
 
584 aa  431  1e-119  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.653031  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1053  multi-sensor hybrid histidine kinase  59.11 
 
 
1059 aa  431  1e-119  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.111783  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0428  multi-sensor hybrid histidine kinase  58.62 
 
 
943 aa  429  1e-118  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.94781  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3272  multi-sensor hybrid histidine kinase  58.49 
 
 
1011 aa  427  1e-118  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2081  multi-sensor hybrid histidine kinase  57.73 
 
 
899 aa  425  1e-117  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00980702 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  57.44 
 
 
1076 aa  424  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.715458 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0150  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  58.12 
 
 
581 aa  419  1e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4105  multi-sensor hybrid histidine kinase  55.01 
 
 
888 aa  420  1e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0063  multi-sensor hybrid histidine kinase  56.46 
 
 
837 aa  422  1e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6011  histidine kinase  40.42 
 
 
743 aa  413  1e-114  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0568406  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4387  multi-sensor hybrid histidine kinase  54.94 
 
 
946 aa  414  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4905  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  54.94 
 
 
822 aa  411  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.28937 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1131  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  54.95 
 
 
826 aa  410  1e-113  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.120114  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5233  histidine kinase  54.84 
 
 
638 aa  412  1e-113  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3794  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  56.96 
 
 
708 aa  411  1e-113  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.475023 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4196  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  56.43 
 
 
693 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6444  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  55.47 
 
 
736 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.114269  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  55.81 
 
 
821 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1173  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  54.29 
 
 
795 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524225  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0092  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  55.67 
 
 
742 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  54.5 
 
 
814 aa  403  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4051  PAS sensor protein  52.12 
 
 
783 aa  403  1e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.688401  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3021  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  54.68 
 
 
812 aa  404  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.510865  normal  0.160517 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4533  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  55.97 
 
 
785 aa  402  1e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.955834 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4421  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  52.12 
 
 
783 aa  403  1e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0097  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  54.22 
 
 
720 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0144  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  54.5 
 
 
764 aa  402  9.999999999999999e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.131271 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4293  sensory box histidine kinase/response regulator  53.23 
 
 
793 aa  390  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3996  PAS  52.08 
 
 
796 aa  387  1e-106  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.447634  normal  0.187563 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1666  ATP-binding region, ATPase-like  53.63 
 
 
1427 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.207779 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4456  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  53.25 
 
 
1415 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3818  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  54.12 
 
 
1426 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4846  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  38.53 
 
 
701 aa  370  1e-101  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.110474 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2079  GAF sensor hybrid histidine kinase  50.66 
 
 
727 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.79077 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2252  GAF sensor hybrid histidine kinase  50.53 
 
 
732 aa  369  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.535804  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0855  GAF sensor hybrid histidine kinase  52.01 
 
 
776 aa  361  2e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2256  GAF sensor hybrid histidine kinase  50.26 
 
 
727 aa  361  3e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.903593 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3651  GAF sensor hybrid histidine kinase  50.92 
 
 
727 aa  360  5e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.125923 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5808  sensor histidine kinase  53.37 
 
 
1299 aa  360  6e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.284316  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1684  histidine kinase  37.62 
 
 
701 aa  358  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1137  sensor histidine kinase/response regulator  35.19 
 
 
760 aa  344  2.9999999999999997e-93  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000022686  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2403  sensor histidine kinase/response regulator  35.19 
 
 
760 aa  344  2.9999999999999997e-93  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00669702  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2109  sensor histidine kinase/response regulator  35.19 
 
 
767 aa  344  4e-93  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00292967  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1417  sensor histidine kinase/response regulator  35.19 
 
 
767 aa  344  4e-93  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000575152  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3169  sensor histidine kinase/response regulator  35.05 
 
 
760 aa  343  5.999999999999999e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1496  sensor histidine kinase/response regulator  35.06 
 
 
725 aa  343  7e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000109142  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3282  sensor histidine kinase/response regulator  35.05 
 
 
760 aa  342  1e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0788114  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2366  sensor histidine kinase/response regulator  34.67 
 
 
768 aa  335  2e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00256663  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0006  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  32.03 
 
 
759 aa  330  4e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0137592  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0010  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  33.24 
 
 
764 aa  330  5.0000000000000004e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00266104  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4144  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.66 
 
 
760 aa  328  3e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.02765  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4548  histidine kinase  32.74 
 
 
749 aa  327  4.0000000000000003e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000713404  normal  0.70634 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1330  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  34.13 
 
 
717 aa  325  2e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00298171 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5171  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  32.87 
 
 
749 aa  324  3e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00341574  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5688  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  32.87 
 
 
749 aa  324  3e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00115642  decreased coverage  0.000406473 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4959  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  32.73 
 
 
746 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00168647  normal  0.0243136 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5512  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.73 
 
 
746 aa  322  1.9999999999999998e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0294754  normal  0.0542916 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5284  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.66 
 
 
717 aa  319  1e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7023  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.18 
 
 
763 aa  318  2e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.180026  hitchhiker  0.00000131204 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3167  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  31.54 
 
 
758 aa  309  1.0000000000000001e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000450225  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6741  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.19 
 
 
728 aa  298  2e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3488  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.81 
 
 
508 aa  298  3e-79  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.2 
 
 
630 aa  288  2.9999999999999996e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.21488  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0878  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.64 
 
 
754 aa  280  5e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.307069  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3015  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.26 
 
 
762 aa  277  4e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  43.54 
 
 
1036 aa  276  1.0000000000000001e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0018  ATPase domain-containing protein  44.7 
 
 
681 aa  276  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.434302  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  44.33 
 
 
1651 aa  276  1.0000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0019  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.7 
 
 
681 aa  276  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.746553  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.81 
 
 
966 aa  276  1.0000000000000001e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6778  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.5 
 
 
905 aa  275  2.0000000000000002e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.433337  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4711  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.43 
 
 
683 aa  272  1e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.91 
 
 
1631 aa  272  2e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.16 
 
 
1036 aa  270  5e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.705021 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0134  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.26 
 
 
682 aa  270  8e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.574481  normal  0.0374693 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5841  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.08 
 
 
887 aa  270  8.999999999999999e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.111175 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  41.52 
 
 
571 aa  268  2e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.782087 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>