More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0104 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_0104  cytidylate kinase  100 
 
 
212 aa  414  1e-115  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.757727  normal  0.698804 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0066  cytidylate kinase  83.49 
 
 
212 aa  347  9e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0168644  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0398  cytidylate kinase  78.3 
 
 
212 aa  323  1e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0191  cytidylate kinase  76.89 
 
 
212 aa  317  8e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0641  cytidylate kinase  76.89 
 
 
212 aa  313  1e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.112665 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0164  cytidylate kinase  74.16 
 
 
209 aa  287  8e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0208  cytidylate kinase  72.33 
 
 
212 aa  281  6e-75  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.300993  normal  0.653073 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0614  cytidylate kinase  59.43 
 
 
216 aa  227  9e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00523823 
 
 
-
 
NC_004310  BR0026  cytidylate kinase  55.17 
 
 
219 aa  220  1e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404349  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0025  cytidylate kinase  55.17 
 
 
219 aa  219  3e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1111  cytidylate kinase  60.29 
 
 
208 aa  218  6e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2938  cytidylate kinase  57.14 
 
 
211 aa  212  3e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.434038  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0030  cytidylate kinase  55.67 
 
 
214 aa  209  2e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4031  cytidylate kinase  53.17 
 
 
215 aa  208  5e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0193  cytidylate kinase  52.45 
 
 
217 aa  206  3e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1304  cytidylate kinase  51.2 
 
 
215 aa  204  1e-51  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00011985  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2129  cytidylate kinase  57.97 
 
 
222 aa  202  2e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.29015 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2406  cytidylate kinase  57.97 
 
 
222 aa  202  3e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.477842  normal  0.311621 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3607  cytidylate kinase  52.61 
 
 
218 aa  201  9e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0733159  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4361  cytidylate kinase  51.22 
 
 
215 aa  200  1e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0102365 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2086  cytidylate kinase  56.04 
 
 
222 aa  197  8e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3457  cytidylate kinase  50.25 
 
 
212 aa  197  1e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2457  cytidylate kinase  55.02 
 
 
208 aa  192  3e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.164477  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6548  cytidylate kinase  60.53 
 
 
210 aa  191  8e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.219054  normal  0.440161 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0150  cytidylate kinase  56.8 
 
 
217 aa  190  1e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5617  cytidylate kinase  57.28 
 
 
212 aa  188  4e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.314381  normal  0.0692072 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7108  cytidylate kinase  56.8 
 
 
217 aa  189  4e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978606  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1023  cytidylate kinase  51.44 
 
 
212 aa  182  3e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.283753  normal  0.516654 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0294  cytidylate kinase  52.91 
 
 
213 aa  180  1e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0102  cytidylate kinase  51.69 
 
 
216 aa  178  7e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.780906 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3784  cytidylate kinase  53.77 
 
 
194 aa  176  3e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.150684  hitchhiker  0.000222577 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1324  cytidylate kinase  52.71 
 
 
208 aa  174  8e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1494  cytidylate kinase  53.66 
 
 
209 aa  173  2e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.373102 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0030  cytidylate kinase  49.76 
 
 
212 aa  169  3e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3881  cytidylate kinase  50 
 
 
211 aa  167  8e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.46023  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0197  cytidylate kinase  51.96 
 
 
203 aa  167  1e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0099  cytidylate kinase  52.38 
 
 
208 aa  167  1e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.906806 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3591  cytidylate kinase  51.72 
 
 
206 aa  165  4e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.39582  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3276  cytidylate kinase  51.23 
 
 
211 aa  164  1e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.811486  normal  0.522336 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2690  cytidylate kinase  41.09 
 
 
218 aa  161  8e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  4.95966e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1853  cytidylate kinase  45.27 
 
 
221 aa  160  9e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0179513  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1072  cytidylate kinase  43.54 
 
 
226 aa  155  4e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  3.46962e-09  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0928  cytidylate kinase  43.54 
 
 
226 aa  155  4e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  4.97834e-08  normal  0.452756 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0173  cytidylate kinase  45.5 
 
 
225 aa  153  2e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  4.80933e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2243  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  45.37 
 
 
674 aa  152  3e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1966  cytidylate kinase  42.66 
 
 
229 aa  152  5e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.64739  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23320  cytidylate kinase  42.99 
 
 
229 aa  151  5e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  3.01501e-05  normal  0.0247908 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1378  cytidylate kinase  43.48 
 
 
228 aa  150  9e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.925348  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1640  cytidylate kinase  38.53 
 
 
231 aa  150  1e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.302898 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1362  cytidylate kinase  42.51 
 
 
228 aa  150  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0105821  normal  0.0198977 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1771  cytidylate kinase  42.03 
 
 
228 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00506628  normal  0.0452484 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3943  cytidylate kinase  42.03 
 
 
225 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.302806  normal  0.232418 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1790  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  46.3 
 
 
668 aa  150  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00149687 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0977  cytidylate kinase  39.73 
 
 
237 aa  149  3e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  4.631e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1954  cytidylate kinase  40.85 
 
 
230 aa  149  4e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  9.03512e-09  normal  0.349566 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2581  cytidylate kinase  40.85 
 
 
230 aa  149  4e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  5.68011e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2669  cytidylate kinase  40.85 
 
 
230 aa  149  4e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  4.10063e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1749  cytidylate kinase  42.79 
 
 
229 aa  148  6e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00238031  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3123  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  49.25 
 
 
705 aa  148  7e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.921195  normal  0.0155282 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1332  cytidylate kinase  45.54 
 
 
219 aa  147  8e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  4.33479e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4073  cytidylate kinase  43.48 
 
 
229 aa  147  1e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  2.93328e-05  normal  0.11895 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3643  cytidylate kinase  43.75 
 
 
229 aa  147  1e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000551434  normal  0.674927 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2795  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  43.64 
 
 
667 aa  147  1e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00233138 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1013  cytidylate kinase  43.87 
 
 
227 aa  146  2e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0567176  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0254  cytidylate kinase  38.53 
 
 
225 aa  146  2e-34  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.13077  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1078  cytidylate kinase  43.87 
 
 
227 aa  146  2e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0687941 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1045  cytidylate kinase  43.87 
 
 
227 aa  146  2e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.185526  normal  0.763998 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0986  cytidylate kinase  43.87 
 
 
227 aa  146  2e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  7.06228e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1708  cytidylate kinase  39.56 
 
 
229 aa  147  2e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  1.12654e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1093  cytidylate kinase  43.87 
 
 
227 aa  146  2e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0104083  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1506  cytidylate kinase  41.94 
 
 
229 aa  146  3e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  2.36579e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2219  cytidylate kinase  41.28 
 
 
224 aa  146  3e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000392774  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0715  cytidylate kinase  51.05 
 
 
204 aa  145  3e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3284  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  46.19 
 
 
679 aa  145  4e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.185076  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0955  cytidylate kinase  44.72 
 
 
225 aa  145  4e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  2.42866e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2070  cytidylate kinase  44.61 
 
 
229 aa  145  4e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000348998  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1752  cytidylate kinase  40.78 
 
 
227 aa  145  5e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  9.25539e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1279  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  45.19 
 
 
643 aa  145  5e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.091835  normal  0.851498 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00914  cytidylate kinase  42.92 
 
 
227 aa  144  8e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.42509  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1071  cytidylate kinase  42.92 
 
 
227 aa  144  8e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  1.34482e-07  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2210  cytidylate kinase  42.92 
 
 
227 aa  144  8e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  2.77871e-05  normal  0.370624 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2418  cytidylate kinase  42.92 
 
 
227 aa  144  8e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  4.59306e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2686  cytidylate kinase  42.92 
 
 
227 aa  144  8e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  2.00966e-08  normal  0.762789 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1007  cytidylate kinase  42.92 
 
 
227 aa  144  8e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  8.20305e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1016  cytidylate kinase  42.92 
 
 
227 aa  144  8e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.87427e-11  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2733  cytidylate kinase  42.92 
 
 
227 aa  144  8e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  3.97985e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00921  hypothetical protein  42.92 
 
 
227 aa  144  8e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.411433  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1291  cytidylate kinase  44.29 
 
 
228 aa  143  2e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003019  cytidylate kinase  39.17 
 
 
226 aa  143  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  3.38917e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09660  cytidylate kinase  42.65 
 
 
223 aa  143  2e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1429  cytidylate kinase  42.45 
 
 
227 aa  143  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000204841  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2164  cytidylate kinase  44.61 
 
 
232 aa  143  2e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00199731  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2340  cytidylate kinase  38.81 
 
 
229 aa  142  4e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000158492  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3387  cytidylate kinase  44.33 
 
 
232 aa  142  4e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  1.23016e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3257  cytidylate kinase  40.78 
 
 
233 aa  142  5e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0255416  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2467  cytidylate kinase  42.23 
 
 
225 aa  142  5e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  5.50284e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2816  cytidylate kinase  43 
 
 
244 aa  141  6e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0539109  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0725  cytidylate kinase  40.81 
 
 
514 aa  141  8e-33  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0311607  normal  0.0975143 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1392  bifunctional 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase/cytidine monophosphate kinase  44.44 
 
 
673 aa  141  8e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.121243  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1542  cytidylate kinase  41.94 
 
 
225 aa  141  8e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.624713  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>