79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0089 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0628  hypothetical protein  66.7 
 
 
1048 aa  1312  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.397412  normal  0.357504 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0386  hypothetical protein  70.58 
 
 
1042 aa  1409  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0203  hypothetical protein  66.86 
 
 
1049 aa  1322  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.587798  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0057  hypothetical protein  67.33 
 
 
1049 aa  1372  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0049  hypothetical protein  66.86 
 
 
1053 aa  1317  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.258638  normal  0.374652 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3299  double-strand break repair protein AddB  47.57 
 
 
1015 aa  736  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0089  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  100 
 
 
1048 aa  2066  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.476876 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0078  double-strand break repair protein AddB  67.49 
 
 
1049 aa  1359  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.160312  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4903  double-strand break repair protein AddB  41.06 
 
 
1047 aa  605  1e-171  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.402113  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4439  double-strand break repair protein AddB  41.2 
 
 
1047 aa  604  1e-171  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.522195  normal  0.331635 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1608  double-strand break repair protein AddB  41.62 
 
 
1037 aa  602  1e-170  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.62778  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3580  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  40.54 
 
 
1042 aa  600  1e-170  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.412943  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4953  double-strand break repair protein AddB  41.31 
 
 
1045 aa  600  1e-170  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.28213  normal  0.220152 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0137  double-strand break repair protein AddB  40.32 
 
 
1001 aa  598  1e-169  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1413  double-strand break repair protein AddB  38.63 
 
 
1043 aa  580  1e-164  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0818  double-strand break repair protein AddB  38.4 
 
 
1052 aa  573  1e-162  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0491  double-strand break repair protein AddB  40.13 
 
 
1040 aa  573  1e-162  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00465819 
 
 
-
 
NC_004310  BR2102  hypothetical protein  39.32 
 
 
1052 aa  570  1e-161  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2019  double-strand break repair protein AddB  39.42 
 
 
1052 aa  571  1e-161  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5094  double-strand break repair protein AddB  39.65 
 
 
1054 aa  572  1e-161  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.145083 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2174  double-strand break repair protein AddB  35.34 
 
 
1076 aa  546  1e-154  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.229976  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3435  hypothetical protein  40.54 
 
 
1018 aa  544  1e-153  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3243  double-strand break repair protein AddB  36.47 
 
 
1059 aa  516  1e-144  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3960  double-strand break repair protein AddB  36.49 
 
 
1064 aa  506  1e-142  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1356  double-strand break repair protein AddB  34.3 
 
 
1047 aa  496  1e-139  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4287  double-strand break repair protein AddB  36.43 
 
 
1064 aa  498  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.235496  normal  0.271483 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0055  double-strand break repair protein AddB  35.12 
 
 
1062 aa  487  1e-136  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0085  hypothetical protein  36.06 
 
 
1016 aa  451  1e-125  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.604328 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4852  double-strand break repair protein AddB  36.19 
 
 
999 aa  452  1e-125  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.173842  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2680  double-strand break repair protein AddB  38.22 
 
 
991 aa  407  1e-112  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2845  hypothetical protein  33.3 
 
 
977 aa  397  1e-109  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.786725 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1525  putative helicase/exonuclease  35.02 
 
 
997 aa  384  1e-105  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.873687  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0177  putative helicase/exonuclease  35.11 
 
 
997 aa  383  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.169187  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1296  double-strand break repair protein AddB  34.17 
 
 
1014 aa  370  1e-101  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.862539  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1998  helicase  32.06 
 
 
993 aa  344  5e-93  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.138335  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0158  helicase  33.68 
 
 
991 aa  337  6e-91  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.233932  normal  0.795485 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4065  hypothetical protein  31.44 
 
 
986 aa  332  3e-89  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.633062  normal  0.255669 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3437  double-strand break repair helicase AddB  31.15 
 
 
988 aa  330  6e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2795  putative helicase/exonuclease  32.4 
 
 
980 aa  308  4e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1454  hypothetical protein  33.71 
 
 
959 aa  284  6e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2952  exonuclease-like protein  39.51 
 
 
1000 aa  248  5e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.034558  normal  0.0831314 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0263  hypothetical protein  19.91 
 
 
911 aa  144  7e-33  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.453707  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0912  hypothetical protein  21.9 
 
 
890 aa  143  2e-32  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.216262  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0820  hypothetical protein  22.39 
 
 
914 aa  103  2e-20  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.839231  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1125  hypothetical protein  26.21 
 
 
947 aa  97.8  8e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.290097 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1189  hypothetical protein  26.71 
 
 
962 aa  94.4  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1033  hypothetical protein  25.9 
 
 
951 aa  81.3  9e-14  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.187389  normal  0.358259 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0034  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  28.81 
 
 
836 aa  80.9  1e-13  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0563603 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1280  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  26.14 
 
 
958 aa  77.4  1e-12  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0524  hypothetical protein  25.57 
 
 
779 aa  77.8  1e-12  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2115  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  25.23 
 
 
957 aa  71.6  7e-11  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2132  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit B  26.15 
 
 
976 aa  69.3  4e-10  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.687537 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03200  hypothetical protein  21.22 
 
 
911 aa  66.6  3e-09  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.358674  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1284  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit B  29.19 
 
 
915 aa  63.5  2e-08  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.155997 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1165  hypothetical protein  28.65 
 
 
984 aa  63.2  2e-08  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.5757 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0381  hypothetical protein  22.58 
 
 
794 aa  62  5e-08  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0210586  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0696  hypothetical protein  21.34 
 
 
919 aa  58.2  8e-07  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1709  hypothetical protein  26.67 
 
 
896 aa  58.2  9e-07  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.6453e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0722  hypothetical protein  25.15 
 
 
930 aa  56.2  3e-06  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.851206  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1658  hypothetical protein  23.39 
 
 
1039 aa  55.5  5e-06  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.450453  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2171  hypothetical protein  35.96 
 
 
142 aa  55.5  5e-06  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.198101  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0645  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  25.15 
 
 
989 aa  54.7  9e-06  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1392  hypothetical protein  20.67 
 
 
803 aa  53.9  2e-05  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0085  UvrD/REP helicase  24.04 
 
 
1016 aa  52.4  5e-05  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.60174  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0735  hypothetical protein  21.15 
 
 
781 aa  52.4  5e-05  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1587  hypothetical protein  25.07 
 
 
997 aa  51.6  8e-05  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2897  hypothetical protein  27.83 
 
 
846 aa  50.8  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1142  ATP-dependent nuclease subunit B  25.56 
 
 
1124 aa  50.1  0.0002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2324  exonuclease-like protein  28.06 
 
 
864 aa  50.1  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.884454  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1837  hypothetical protein  21.84 
 
 
909 aa  48.5  0.0006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.57891  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1306  hypothetical protein  24.33 
 
 
994 aa  48.5  0.0006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.791013  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0765  hypothetical protein  27.78 
 
 
1100 aa  48.9  0.0006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.166845 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0640  inactivated superfamily I helicase-like protein  22.58 
 
 
991 aa  46.6  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0978  hypothetical protein  25.84 
 
 
1000 aa  46.6  0.003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.263512  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1977  putative DNA repair protein  25.59 
 
 
913 aa  45.8  0.004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.286475 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1562  ATP-dependent nuclease subunit B-like protein  21.9 
 
 
957 aa  45.8  0.004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3501  UvrD/REP helicase  26.62 
 
 
1129 aa  45.4  0.006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.235136  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2223  hypothetical protein  18.54 
 
 
858 aa  45.1  0.007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00780  hypothetical protein  27.62 
 
 
990 aa  44.7  0.01  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>