More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0088 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_0088  putative nucleotidyl transferase family protein  100 
 
 
240 aa  486  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.781518  normal  0.353316 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0056  nucleotidyl transferase  75.42 
 
 
240 aa  376  1e-103  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0079  Nucleotidyl transferase  76.25 
 
 
240 aa  370  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.195195  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0204  nucleotidyl transferase  74.17 
 
 
257 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0627  nucleotidyl transferase  75.42 
 
 
240 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.065942  normal  0.378103 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0048  nucleotidyl transferase  74.37 
 
 
241 aa  369  1e-101  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.413317  normal  0.396027 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0385  nucleotidyl transferase  72.8 
 
 
241 aa  361  5e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.615277  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1607  Nucleotidyl transferase  62.24 
 
 
248 aa  295  6e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0819429  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3298  nucleotidyl transferase  62.23 
 
 
255 aa  284  8e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.998134 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0492  nucleotidyl transferase  59.83 
 
 
245 aa  281  4e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021214 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0586  nucleotidyl transferase  55.32 
 
 
250 aa  268  4e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4940  Nucleotidyl transferase  56.07 
 
 
248 aa  268  5e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.291574 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4894  Nucleotidyl transferase  55.83 
 
 
248 aa  268  6e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.692515 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4543  nucleotidyl transferase  56.72 
 
 
250 aa  263  1e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4430  nucleotidyl transferase  55.65 
 
 
248 aa  263  1e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.543814 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0665  nucleotidyl transferase  51.88 
 
 
241 aa  255  5e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.51351 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0136  nucleotidyl transferase  53.25 
 
 
236 aa  246  3e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1999  nucleotidyl transferase  50.65 
 
 
240 aa  229  3e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00143776  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0819  nucleotidyl transferase  51.72 
 
 
243 aa  228  7e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.978036  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2101  nucleotidyltransferase family protein  51.29 
 
 
239 aa  228  9e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.721567  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3579  nucleotidyl transferase  51.72 
 
 
252 aa  227  1e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00479956  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3436  nucleotidyl transferase  50.42 
 
 
253 aa  226  2e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.604999  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4851  nucleotidyl transferase  49.79 
 
 
239 aa  223  1e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.557988  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2018  nucleotidyltransferase family protein  51.32 
 
 
232 aa  223  2e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0159  nucleotidyl transferase  49.16 
 
 
239 aa  223  3e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.938482  normal  0.555394 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2678  nucleotidyl transferase  50.66 
 
 
252 aa  219  4e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4288  Nucleotidyl transferase  47.41 
 
 
243 aa  218  5e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.237933  normal  0.419035 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3961  Nucleotidyl transferase  47.21 
 
 
243 aa  216  3e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0053  nucleotidyltransferase protein  48.7 
 
 
237 aa  214  1e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3244  nucleotidyl transferase  48.47 
 
 
243 aa  210  2e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1297  putative nucleotidyl transferase  44.73 
 
 
252 aa  186  4e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0084  nucleotidyl transferase  45.54 
 
 
237 aa  181  6e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.684587 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3436  nucleotidyl transferase  44.74 
 
 
227 aa  168  8e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2953  nucleotidyl transferase  39.83 
 
 
221 aa  142  4e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295776  normal  0.0446833 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0176  nucleotidyl transferase  38.3 
 
 
221 aa  141  1e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00476295  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1524  nucleotidyltransferase family protein  37.77 
 
 
221 aa  139  3e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0834784  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2796  nucleotidyl transferase  38.33 
 
 
223 aa  136  4e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4064  nucleotidyl transferase  38.79 
 
 
226 aa  134  9e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.168419 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2844  nucleotidyl transferase  35.62 
 
 
226 aa  130  2e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.55388 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07790  putative nucleotidyl transferase  39.15 
 
 
224 aa  129  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0225083 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5130  nucleotidyl transferase  39.32 
 
 
223 aa  129  5e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0440  nucleotidyl transferase  38.3 
 
 
223 aa  128  7e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.792142  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0741  putative nucleotidyl transferase  38.72 
 
 
224 aa  128  7e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.115145  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0915  nucleotidyl transferase  39.66 
 
 
222 aa  127  1e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.177826  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0406  nucleotidyl transferase  38.3 
 
 
223 aa  128  1e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0437  nucleotidyl transferase  37.87 
 
 
223 aa  126  4e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2073  mannose-1-phosphate guanyltransferase  31.65 
 
 
219 aa  125  5e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.403503  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0109  nucleotidyl transferase family protein  31.65 
 
 
219 aa  124  9e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00238886  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0963  nucleotidyl transferase  36.6 
 
 
244 aa  124  1e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.168083  hitchhiker  0.00146596 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0197  nucleotidyl transferase  35.9 
 
 
223 aa  124  2e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0927184  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2300  Nucleotidyl transferase  37.72 
 
 
230 aa  123  3e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.706405  normal  0.0677947 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4796  nucleotidyl transferase  35.56 
 
 
223 aa  115  7e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.814441  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0565  nucleotidyl transferase  35.34 
 
 
222 aa  114  1e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0969  nucleotidyl transferase  32.63 
 
 
229 aa  113  2e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0165491  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2147  nucleotidyl transferase  34.33 
 
 
221 aa  113  3e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4008  nucleotidyl transferase  35.86 
 
 
223 aa  112  4e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2073  nucleotidyl transferase  30.57 
 
 
220 aa  112  7e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3634  nucleotidyltransferase family protein  32.79 
 
 
226 aa  111  1e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2641  Nucleotidyl transferase  35.34 
 
 
229 aa  111  1e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.782296  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0884  nucleotidyl transferase  34.5 
 
 
249 aa  111  1e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000795934  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3032  nucleotidyltransferase family protein  35.34 
 
 
229 aa  111  1e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0263  Nucleotidyl transferase  34.07 
 
 
310 aa  110  1e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2814  nucleotidyl transferase  33.19 
 
 
226 aa  110  2e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.164974  normal  0.604361 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0348  hypothetical protein  32.43 
 
 
220 aa  110  2e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3074  nucleotidyl transferase  33.18 
 
 
232 aa  109  3e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1019  nucleotidyl transferase  32.31 
 
 
229 aa  109  5e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.176753  normal  0.0292468 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02245  nucleotidyl transferase  33.6 
 
 
236 aa  108  6e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.9499  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46780  nucleotidyl transferase  36.91 
 
 
222 aa  108  6e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0599  nucleotidyltransferase family protein  33.33 
 
 
232 aa  108  6e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0373  hypothetical protein  32.73 
 
 
220 aa  108  7e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0994  nucleotidyl transferase  31.82 
 
 
225 aa  107  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.65594  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0193  mannose-1-phosphate guanylyltransferase, putative  36.49 
 
 
315 aa  107  2e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0497  Nucleotidyl transferase  35.68 
 
 
232 aa  106  3e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.756206  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4622  nucleotidyl transferase  33.91 
 
 
240 aa  106  3e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0978754  normal  0.426238 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3204  nucleotidyl transferase  33.48 
 
 
221 aa  106  3e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0602858  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3110  nucleotidyl transferase  33.76 
 
 
222 aa  106  4e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.133152  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0511  putative mannose-1-phosphate guanyltransferase-related protein  34.93 
 
 
241 aa  105  4e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.560778  normal  0.0591515 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0493  nucleotidyl transferase  33.75 
 
 
245 aa  105  5e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.427783  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6040  nucleotidyl transferase  36.13 
 
 
239 aa  104  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0867  nucleotidyl transferase  32.62 
 
 
222 aa  104  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0335423  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1018  nucleotidyl transferase  33.9 
 
 
228 aa  104  1e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.352994  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3307  Nucleotidyl transferase  32.07 
 
 
225 aa  104  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.276059  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1716  nucleotidyl transferase  32.02 
 
 
240 aa  103  2e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0694785  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0234  Nucleotidyl transferase  34.53 
 
 
319 aa  103  3e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1652  nucleotidyl transferase  30.83 
 
 
232 aa  102  4e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0742  transaldolase AB  32.91 
 
 
230 aa  102  5e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0982  nucleotidyl transferase  31.65 
 
 
225 aa  102  6e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0968395  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3512  nucleotidyl transferase  31.65 
 
 
228 aa  102  7e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1646  nucleotidyl transferase  32.77 
 
 
240 aa  102  7e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.233302  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2740  nucleotidyl transferase  35.39 
 
 
240 aa  102  7e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.518203  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3661  nucleotidyl transferase  35.9 
 
 
223 aa  102  7e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1084  nucleotidyl transferase  30.8 
 
 
225 aa  101  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.166383  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2883  nucleotidyl transferase  32.77 
 
 
239 aa  100  1e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  2.45528e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2007  mannose-1-phosphate guanylyltransferase, putative  35.11 
 
 
324 aa  101  1e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1051  nucleotidyl transferase  32.29 
 
 
225 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00300889  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0910  nucleotidyl transferase  32.91 
 
 
222 aa  100  1e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00048093  normal  0.372808 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0402  Nucleotidyl transferase  32.75 
 
 
234 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.707685 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2713  nucleotidyl transferase  34.98 
 
 
240 aa  99.4  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2101  nucleotidyl transferase  34.98 
 
 
240 aa  99.4  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.539682  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2143  putative guanyltransferase  33.19 
 
 
240 aa  97.8  1e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.187528  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>