More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0079 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_0079  hypothetical protein  100 
 
 
169 aa  338  1e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.26747 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7320  cyclic nucleotide-binding protein  68.55 
 
 
169 aa  230  9e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.376819  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4039  cyclic nucleotide-binding protein  63.76 
 
 
161 aa  209  2e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.17311  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3203  cyclic nucleotide-binding protein  37.82 
 
 
165 aa  94.7  5e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2391  cyclic nucleotide-binding protein  36.64 
 
 
164 aa  93.2  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4086  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.67 
 
 
209 aa  89.4  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0944516 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.65 
 
 
251 aa  73.9  9e-13  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3345  cyclic nucleotide-binding protein  33.81 
 
 
417 aa  72.4  3e-12  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.254717  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.11 
 
 
223 aa  70.9  8e-12  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.94 
 
 
219 aa  70.5  1e-11  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  6.07267e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.8 
 
 
230 aa  70.5  1e-11  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3570  putative glutaminase  34.75 
 
 
620 aa  70.5  1e-11  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.615084 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5025  cyclic nucleotide-binding  33.09 
 
 
749 aa  69.3  3e-11  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0554599  normal  0.33022 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.43 
 
 
226 aa  68.2  5e-11  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3910  cyclic nucleotide-binding protein  36.3 
 
 
167 aa  68.2  5e-11  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.34683  normal  0.175845 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  29.45 
 
 
225 aa  68.2  6e-11  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1472  CAAX amino terminal protease family  31.85 
 
 
381 aa  67  1e-10  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.407531  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  31.37 
 
 
220 aa  66.6  1e-10  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1954  putative Crp/Fnr family transcriptional regulator  30.94 
 
 
141 aa  67.4  1e-10  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0049  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.17 
 
 
252 aa  66.2  2e-10  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.422683  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
228 aa  66.2  2e-10  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.85 
 
 
220 aa  66.2  2e-10  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  1.48221e-05 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.08 
 
 
225 aa  65.5  3e-10  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.7 
 
 
227 aa  65.9  3e-10  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.86 
 
 
224 aa  64.7  6e-10  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1108  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.64 
 
 
1075 aa  64.7  6e-10  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000733786  normal  0.267995 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3727  cyclic nucleotide-binding protein  30.49 
 
 
167 aa  64.3  7e-10  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00887093 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1037  cyclic nucleotide-binding protein  28.47 
 
 
227 aa  64.3  9e-10  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.272663 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1557  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.63 
 
 
234 aa  63.5  1e-09  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.986178 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.01 
 
 
225 aa  63.5  1e-09  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5417  cyclic nucleotide-binding protein  29.17 
 
 
419 aa  63.9  1e-09  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0881735  normal  0.0681678 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2725  cyclic nucleotide binding/GGDEF domain-containing protein  32.76 
 
 
322 aa  62.8  2e-09  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.792666  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3692  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  31.58 
 
 
146 aa  63.2  2e-09  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2323  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.99 
 
 
233 aa  63.2  2e-09  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00053006  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.43 
 
 
225 aa  62  3e-09  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.11 
 
 
225 aa  62  4e-09  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4020  cyclic nucleotide-binding  41.58 
 
 
367 aa  61.6  5e-09  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.109231  normal  0.727114 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0772  cyclic nucleotide-binding protein  31.85 
 
 
164 aa  61.6  5e-09  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3800  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.43 
 
 
225 aa  61.6  5e-09  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3629  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.94 
 
 
263 aa  61.2  6e-09  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.332638 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2607  cyclic nucleotide-binding protein  33.6 
 
 
215 aa  61.6  6e-09  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2700  cyclic nucleotide-binding protein  33.6 
 
 
215 aa  61.2  7e-09  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.00108848  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1256  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  32.26 
 
 
215 aa  60.8  8e-09  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1398  cyclic nucleotide-binding protein  31.03 
 
 
157 aa  60.8  8e-09  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.908167  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.15 
 
 
224 aa  60.5  1e-08  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0098  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.66 
 
 
211 aa  59.7  2e-08  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.43926e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.88 
 
 
222 aa  59.3  2e-08  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0841  cyclic nucleotide-binding protein  33.1 
 
 
160 aa  59.3  2e-08  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.108052 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1550  cyclic nucleotide-binding protein  34.25 
 
 
613 aa  58.5  4e-08  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  28.15 
 
 
225 aa  58.2  5e-08  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.3 
 
 
228 aa  58.5  5e-08  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6276  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.14 
 
 
231 aa  58.2  6e-08  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.298402  normal  0.17195 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1101  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.1 
 
 
246 aa  57.8  7e-08  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  27.89 
 
 
243 aa  57.8  7e-08  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1533  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.2 
 
 
231 aa  57.8  7e-08  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  29.58 
 
 
226 aa  57.8  7e-08  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.17 
 
 
226 aa  57.8  7e-08  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3212  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.29 
 
 
229 aa  57.8  8e-08  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0543887  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  26.43 
 
 
224 aa  57.4  9e-08  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3421  Crp/Fnr family transcriptional regulator  25 
 
 
232 aa  57  1e-07  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28321  putative regulatory protein  31.4 
 
 
231 aa  57  1e-07  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.270503 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.2 
 
 
225 aa  56.6  1e-07  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3408  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.97 
 
 
243 aa  57.4  1e-07  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2905  cyclic nucleotide-binding protein  32.87 
 
 
157 aa  57  1e-07  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0600936 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3198  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.78 
 
 
221 aa  57  1e-07  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.90573 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.21 
 
 
227 aa  56.2  2e-07  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3831  cyclic nucleotide-binding protein  33.33 
 
 
435 aa  56.2  2e-07  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0387698 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  27.41 
 
 
226 aa  56.2  2e-07  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2444  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.38 
 
 
238 aa  56.2  2e-07  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000577484  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3689  cyclic nucleotide-binding protein  33.33 
 
 
454 aa  55.8  3e-07  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.120597  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0617  cyclic nucleotide-binding protein  34.38 
 
 
577 aa  55.8  3e-07  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.340501  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1640  cyclic nucleotide-binding protein  25.71 
 
 
624 aa  55.8  3e-07  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.346806 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1573  cyclic nucleotide-binding  30.28 
 
 
158 aa  55.8  3e-07  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.490025  hitchhiker  0.00990577 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4167  cyclic nucleotide-binding protein  28.87 
 
 
570 aa  55.8  3e-07  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2419  cyclic nucleotide-binding protein  29.25 
 
 
563 aa  55.8  3e-07  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.871595  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1063  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.89 
 
 
238 aa  55.5  3e-07  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3761  putative Crp/Fnr family transcriptional regulator  29.8 
 
 
227 aa  55.8  3e-07  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0509841  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  28.06 
 
 
225 aa  55.8  3e-07  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4351  cyclic nucleotide-binding protein  35.79 
 
 
948 aa  55.5  3e-07  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  28.24 
 
 
224 aa  55.5  3e-07  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3062  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.23 
 
 
232 aa  55.8  3e-07  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.03 
 
 
226 aa  55.8  3e-07  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.37 
 
 
228 aa  54.7  5e-07  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.47 
 
 
225 aa  55.1  5e-07  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4027  cyclic nucleotide-binding protein  30.37 
 
 
413 aa  54.7  6e-07  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2514  Crp/FNR family transcriptional regulator  38 
 
 
231 aa  54.7  6e-07  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.619242 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3195  cyclic nucleotide-binding protein  32.82 
 
 
598 aa  54.7  6e-07  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1598  hypothetical protein  36.99 
 
 
407 aa  54.7  6e-07  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.303519  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  24.65 
 
 
226 aa  54.7  6e-07  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  27.01 
 
 
225 aa  54.3  7e-07  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.97 
 
 
231 aa  54.3  7e-07  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2065  cyclic nucleotide-binding protein  32.41 
 
 
462 aa  54.3  7e-07  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3550  cAMP-regulatory protein  28.46 
 
 
217 aa  54.3  8e-07  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1992  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.87 
 
 
226 aa  54.3  8e-07  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.103472  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 
226 aa  53.9  9e-07  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3468  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.2 
 
 
236 aa  54.3  9e-07  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  28.99 
 
 
222 aa  54.3  9e-07  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3912  cyclic nucleotide-binding protein  29.36 
 
 
144 aa  53.9  1e-06  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.262178  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1753  cyclic nucleotide-binding protein  30.58 
 
 
357 aa  53.9  1e-06  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2587  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.13 
 
 
163 aa  53.5  1e-06  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.658452  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>