More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0078 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_0078  hypothetical protein  100 
 
 
249 aa  503  1e-141  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.291271 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0077  hypothetical protein  53.36 
 
 
267 aa  246  2e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.228977 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2220  ParA family partition protein  59.05 
 
 
250 aa  241  7e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112998  normal  0.611855 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3579  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  41.63 
 
 
229 aa  153  3e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.277645  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3388  cobyrinic acid ac-diamide synthase  41.15 
 
 
229 aa  152  7e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.395731  normal  0.623749 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3697  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  41.15 
 
 
229 aa  152  7e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.321056  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1504  cobyrinic acid ac-diamide synthase  40.38 
 
 
215 aa  145  9e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0239725  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4482  cobyrinic acid ac-diamide synthase  40.45 
 
 
240 aa  125  7e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.41765 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6807  ATPase, ParA type  36.49 
 
 
225 aa  113  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.739325 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1510  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  35.07 
 
 
226 aa  111  9e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2166  chromosome partitioning ATPase protein-like protein  33.49 
 
 
309 aa  109  4e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.443224  normal  0.789568 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2882  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  35.07 
 
 
226 aa  109  5e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3840  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  34.76 
 
 
226 aa  108  6e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2455  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  34.6 
 
 
226 aa  108  7e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.251749 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1451  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  34.12 
 
 
226 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.861297 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1906  plasmid partitioning-family protein  37.62 
 
 
240 aa  108  1e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.283785 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6363  cobyrinic acid ac-diamide synthase  32.72 
 
 
214 aa  106  4e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4611  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  34.6 
 
 
224 aa  106  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.187425  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0032  cobyrinic acid ac-diamide synthase  36.28 
 
 
234 aa  105  6e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.146181  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3065  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  37.14 
 
 
241 aa  102  5e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3439  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  34.47 
 
 
220 aa  100  3e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3356  cobyrinic acid ac-diamide synthase  34.11 
 
 
211 aa  95.5  6e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0625  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  33.01 
 
 
232 aa  95.1  9e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011760  Mchl_5757  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  33.97 
 
 
215 aa  94.4  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010373  M446_6984  hypothetical protein  29.39 
 
 
223 aa  92.4  6e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3515  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  33.48 
 
 
219 aa  92  7e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.858877  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1526  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  34.45 
 
 
212 aa  89.4  5e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3460  cobyrinic acid ac-diamide synthase  33.81 
 
 
216 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3124  cobyrinic acid ac-diamide synthase  34.13 
 
 
216 aa  87  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0597611 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0681  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  32.2 
 
 
215 aa  85.9  5e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3861  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  31.63 
 
 
214 aa  82  9e-15  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007616  NmulC_2788  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  31.13 
 
 
216 aa  81.6  1e-14  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3553  hypothetical protein  29.13 
 
 
217 aa  80.5  2e-14  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.346418  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2341  ParA family protein  30.77 
 
 
207 aa  80.9  2e-14  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6457  cobyrinic acid ac-diamide synthase  36.31 
 
 
222 aa  80.5  3e-14  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.839742 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5587  hypothetical protein  28.64 
 
 
217 aa  77.4  2e-13  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.895248  normal  0.0278536 
 
 
-
 
NC_008763  Pnap_4996  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  32.08 
 
 
209 aa  77  3e-13  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16647  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5120  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  33.82 
 
 
217 aa  75.9  6e-13  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2510  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.2 
 
 
207 aa  75.5  7e-13  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.746062 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1481  cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.39 
 
 
223 aa  74.3  2e-12  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.111324 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1482  ParA family protein  29.47 
 
 
221 aa  70.5  2e-11  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.184868 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0047  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  33.65 
 
 
209 aa  70.5  2e-11  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0014  ParaA family ATPase  29.63 
 
 
209 aa  67.8  1e-10  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.308628  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2216  hypothetical protein  29.52 
 
 
211 aa  67.4  2e-10  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6419  cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.58 
 
 
221 aa  67.4  2e-10  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.997176 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1508  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.73 
 
 
232 aa  66.6  3e-10  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.11595  normal  0.281598 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5173  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.73 
 
 
232 aa  66.6  3e-10  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0876458  normal 
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4980  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  33.58 
 
 
209 aa  66.2  4e-10  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.618219  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2723  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.88 
 
 
217 aa  66.6  4e-10  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.699616  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1590  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  34.04 
 
 
211 aa  65.1  1e-09  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.950784  decreased coverage  0.00512965 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1306  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  34.04 
 
 
211 aa  65.1  1e-09  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5166  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.75 
 
 
220 aa  63.5  3e-09  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0700383  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4543  cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.75 
 
 
220 aa  63.5  3e-09  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  3.40311e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0005  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.75 
 
 
220 aa  63.5  3e-09  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.22447  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3162  cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.75 
 
 
220 aa  63.5  3e-09  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00230734  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5693  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.75 
 
 
220 aa  63.5  3e-09  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0144325  hitchhiker  0.00132675 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0125  plasmid partition protein ParF  24.17 
 
 
206 aa  63.2  4e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.369409  normal  0.733147 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3106  cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.75 
 
 
220 aa  62.8  5e-09  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0528663  normal  0.2717 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4960  hypothetical protein  32.23 
 
 
213 aa  62.8  5e-09  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4965  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.75 
 
 
220 aa  62.8  5e-09  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00136484  normal  0.0483269 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5389  hypothetical protein  32.23 
 
 
213 aa  62.8  5e-09  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3077  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  35.71 
 
 
217 aa  62.4  6e-09  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3185  cobyrinic acid ac-diamide synthase  34.91 
 
 
217 aa  62.4  7e-09  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.352981  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6160  cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.06 
 
 
231 aa  62  8e-09  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.135361 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0522  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  35.5 
 
 
212 aa  62.4  8e-09  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4151  cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.19 
 
 
220 aa  62  9e-09  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.672437  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6193  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.6 
 
 
231 aa  61.2  1e-08  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.220398 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4014  cobyrinic acid ac-diamide synthase  35.12 
 
 
217 aa  61.2  1e-08  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.132805 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6002  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.6 
 
 
231 aa  61.6  1e-08  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.743833 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7737  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.6 
 
 
231 aa  61.6  1e-08  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5758  cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.6 
 
 
231 aa  61.6  1e-08  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.713323  normal  0.732786 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2371  ParA family protein  27.27 
 
 
220 aa  61.6  1e-08  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00259605  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5826  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.6 
 
 
231 aa  61.2  1e-08  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.493371  n/a   
 
 
-
 
NC_007968  Pcryo_2485  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.19 
 
 
211 aa  60.8  2e-08  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.833437 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0582  cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.99 
 
 
217 aa  60.8  2e-08  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.11868  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3014  cobyrinic acid ac-diamide synthase  34.52 
 
 
217 aa  60.8  2e-08  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6670  cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.6 
 
 
231 aa  61.2  2e-08  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.734971 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2114  ParA family protein  27.27 
 
 
220 aa  60.1  3e-08  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0579771  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1422  ParA family protein  27.27 
 
 
220 aa  60.1  3e-08  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  3.41933e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1143  ParA family protein  27.27 
 
 
220 aa  60.1  3e-08  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  6.61225e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1503  ParA family protein  27.27 
 
 
220 aa  60.1  3e-08  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  1.97714e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3289  ParA family protein  27.27 
 
 
220 aa  60.1  3e-08  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000336314  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1048  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.71 
 
 
219 aa  60.5  3e-08  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3532  cobyrinic acid ac-diamide synthase  34.36 
 
 
217 aa  60.1  3e-08  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0758055  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2336  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  34.63 
 
 
217 aa  60.1  3e-08  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.759981  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2409  CobQ/CobB/MinD/ParA nucleotide-binding domain-containing protein  27.27 
 
 
220 aa  60.1  3e-08  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0281887  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3176  CobQ/CobB/MinD/ParA nucleotide-binding domain-containing protein  27.27 
 
 
220 aa  60.1  3e-08  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00741579  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1203  cobyrinic acid ac-diamide synthase  34.36 
 
 
217 aa  60.1  3e-08  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a005  plasmid partitioning protein  23.64 
 
 
222 aa  60.1  3e-08  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00164324  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0457  cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.73 
 
 
212 aa  60.1  4e-08  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3490  ParA family ATPase  38.52 
 
 
212 aa  59.3  5e-08  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.811141 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3028  putative partition protein ParA  25.48 
 
 
220 aa  59.3  6e-08  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3818  cobyrinic acid ac-diamide synthase  34.32 
 
 
212 aa  59.3  6e-08  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.772437  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7011  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  25.48 
 
 
220 aa  58.9  7e-08  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.179321  hitchhiker  0.00594496 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1008  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  37.5 
 
 
212 aa  58.9  8e-08  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1986  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.9 
 
 
212 aa  58.2  1e-07  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.399731  n/a   
 
 
-
 
NC_011882  Cyan7425_5279  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.16 
 
 
213 aa  57.8  2e-07  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0759  cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.58 
 
 
212 aa  57.8  2e-07  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.634853 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03580  partition protein  29.59 
 
 
210 aa  57.4  2e-07  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3754  hypothetical protein  26.61 
 
 
214 aa  57.8  2e-07  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>