More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0076 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_0076  hypothetical protein  100 
 
 
261 aa  520  1e-147  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.440819 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0044  pentapeptide repeat-containing protein  34.14 
 
 
245 aa  129  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3671  pentapeptide repeat-containing protein  28.11 
 
 
218 aa  91.7  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0639  hypothetical protein  27.84 
 
 
218 aa  89.4  5e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.487238  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0649  hypothetical protein  31.43 
 
 
218 aa  89.4  6e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1590  quinolone resistance determinant QnrC  30.04 
 
 
218 aa  88.6  9e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0160927  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06906  hypothetical protein  30.81 
 
 
216 aa  88.6  9e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2102  hypothetical protein  28.57 
 
 
217 aa  86.3  5e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000904  hypothetical protein  27.5 
 
 
216 aa  79.3  5e-14  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0469  pentapeptide repeat-containing protein  28.79 
 
 
223 aa  78.6  9e-14  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0713462  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2059  pentapeptide repeat-containing protein  27.09 
 
 
214 aa  77.4  2e-13  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.361738  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1239  pentapeptide repeat-containing protein  31.28 
 
 
493 aa  75.9  6e-13  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.101838  normal  0.0181716 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3692  pentapeptide repeat-containing protein  26.6 
 
 
218 aa  75.5  8e-13  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.413415  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0911  pentapeptide repeat protein  28.57 
 
 
215 aa  73.9  3e-12  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.545668 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0977  pentapeptide repeat-containing protein  29.02 
 
 
197 aa  72.8  5e-12  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001517 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4112  pentapeptide repeat-containing protein  25.71 
 
 
278 aa  70.5  2e-11  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.467729 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1294  hypothetical protein  30.93 
 
 
242 aa  69.7  4e-11  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.10056 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3305  pentapeptide repeat-containing protein  31.46 
 
 
224 aa  69.3  6e-11  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0582845  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1089  pentapeptide repeat-containing protein  28.77 
 
 
197 aa  68.6  1e-10  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.820792 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2842  pentapeptide repeat protein  29.9 
 
 
242 aa  67.8  2e-10  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.713395  normal  0.309994 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1950  pentapeptide repeat-containing protein  30.84 
 
 
232 aa  66.6  3e-10  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3321  pentapeptide repeat protein  26.94 
 
 
340 aa  67  3e-10  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0360  pentapeptide repeat protein  29.72 
 
 
191 aa  66.6  3e-10  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0532  pentapeptide repeat protein  26.8 
 
 
870 aa  66.2  5e-10  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1273  pentapeptide repeat protein  30.11 
 
 
206 aa  65.5  8e-10  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0243714  normal  0.749972 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1231  pentapeptide repeat-containing protein  30.36 
 
 
363 aa  63.9  2e-09  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.388459  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5254  pentapeptide repeat protein  28.25 
 
 
449 aa  63.9  2e-09  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.440739 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0246  pentapeptide repeat-containing protein  31.6 
 
 
412 aa  63.9  2e-09  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.81066  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3347  pentapeptide repeat-containing protein  28.43 
 
 
193 aa  63.9  2e-09  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2222  pentapeptide repeat protein  31.31 
 
 
243 aa  63.5  3e-09  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.011666  hitchhiker  0.000235255 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8772  hypothetical protein  29.21 
 
 
206 aa  63.5  3e-09  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0087  hypothetical protein  28.21 
 
 
600 aa  63.2  4e-09  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0710  hypothetical protein  22.01 
 
 
381 aa  63.2  4e-09  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.720138  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1058  pentapeptide repeat protein  26.54 
 
 
200 aa  62.8  5e-09  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.819721  normal  0.059733 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4783  pentapeptide repeat-containing protein  27.31 
 
 
198 aa  62.8  6e-09  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1663  pentapeptide repeat protein  26.67 
 
 
309 aa  62.8  6e-09  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.885449  normal 
 
 
-
 
NC_011723  PCC8801_4520  pentapeptide repeat protein  26.61 
 
 
273 aa  62.4  7e-09  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2093  pentapeptide repeat-containing protein  24.68 
 
 
351 aa  62  9e-09  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.391868 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5734  pentapeptide repeat protein  25.88 
 
 
266 aa  62  9e-09  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4286  pentapeptide repeat-containing protein  31.74 
 
 
204 aa  61.2  1e-08  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0433008 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1946  hypothetical protein  25.96 
 
 
201 aa  61.6  1e-08  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1750  pentapeptide repeat protein  27.71 
 
 
440 aa  60.8  2e-08  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1785  pentapeptide repeat-containing protein  30.29 
 
 
250 aa  61.2  2e-08  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3400  serine/threonine protein kinase  26.46 
 
 
567 aa  61.2  2e-08  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.110331 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1719  pentapeptide repeat-containing protein  29.55 
 
 
201 aa  60.5  3e-08  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.019044  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0182  pentapeptide repeat-containing protein  26.4 
 
 
190 aa  60.1  3e-08  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.659923  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0533  pentapeptide repeat protein  29.91 
 
 
355 aa  60.1  4e-08  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2341  pentapeptide repeat-containing protein  25.77 
 
 
227 aa  59.7  4e-08  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.017985  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1064  pentapeptide repeat protein  27.44 
 
 
193 aa  60.1  4e-08  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00169254  unclonable  6.82952e-06 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2701  pentapeptide repeat protein  26.52 
 
 
401 aa  59.7  5e-08  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3402  pentapeptide repeat protein  26.52 
 
 
401 aa  59.7  5e-08  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3628  pentapeptide repeat protein  29.12 
 
 
320 aa  59.7  5e-08  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3601  pentapeptide repeat-containing protein  26.96 
 
 
199 aa  59.3  6e-08  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0610  pentapeptide repeat-containing protein  22.67 
 
 
205 aa  59.3  7e-08  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4418  pentapeptide repeat protein  28.14 
 
 
218 aa  59.3  7e-08  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2288  pentapeptide repeat protein  33.53 
 
 
277 aa  58.9  8e-08  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00748476  unclonable  6.82389e-11 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2591  pentapeptide repeat-containing protein  26.49 
 
 
204 aa  58.9  8e-08  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4376  pentapeptide repeat-containing protein  27.96 
 
 
229 aa  58.9  8e-08  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1254  pentapeptide repeat-containing protein  31.36 
 
 
213 aa  58.9  9e-08  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4864  pentapeptide repeat-containing protein  30 
 
 
229 aa  58.5  1e-07  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.985776  normal  0.176917 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3781  pentapeptide repeat protein  28.64 
 
 
349 aa  58.5  1e-07  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0271  pentapeptide repeat-containing protein  32 
 
 
1033 aa  58.2  1e-07  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.977531  normal  0.0705059 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1473  pentapeptide repeat protein  31.1 
 
 
193 aa  58.5  1e-07  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.978598  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26580  Pentapeptide repeat protein  28.64 
 
 
872 aa  58.2  1e-07  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2344  pentapeptide repeat protein  27.03 
 
 
311 aa  58.5  1e-07  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00177045 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3552  pentapeptide repeat-containing protein  29.38 
 
 
415 aa  57.4  2e-07  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0620959 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1984  pentapeptide repeat-containing protein  30.41 
 
 
193 aa  57.4  2e-07  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.673672  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0029  pentapeptide repeat-containing protein  23.35 
 
 
976 aa  57.8  2e-07  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.271954 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3383  pentapeptide repeat protein  32.8 
 
 
179 aa  57.8  2e-07  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.438267  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2785  pentapeptide repeat protein  26.84 
 
 
187 aa  57.8  2e-07  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.119978 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2009  hypothetical protein  25 
 
 
211 aa  57.8  2e-07  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0360432  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6493  pentapeptide repeat protein  31.69 
 
 
204 aa  57.8  2e-07  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.364584  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18320  uncharacterized low-complexity protein  30.29 
 
 
233 aa  57.8  2e-07  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0109994  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1161  pentapeptide repeat protein  28.3 
 
 
180 aa  57  3e-07  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0925875  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1210  pentapeptide repeat-containing protein  27.46 
 
 
183 aa  57  3e-07  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.259606  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4910  pentapeptide repeat-containing protein  25.39 
 
 
268 aa  57.4  3e-07  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.186605 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1220  pentapeptide repeat-containing protein  27.46 
 
 
183 aa  57  3e-07  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0771435 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1193  pentapeptide repeat-containing protein  27.46 
 
 
183 aa  57  3e-07  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1212  pentapeptide repeat-containing protein  27.82 
 
 
420 aa  56.6  4e-07  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.643735 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1024  pentapeptide repeat-containing protein  26.97 
 
 
389 aa  56.6  4e-07  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.299453  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4398  pentapeptide repeat-containing protein  27.78 
 
 
521 aa  56.6  4e-07  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0324397  hitchhiker  2.37208e-05 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0198  pentapeptide repeat-containing protein  28.33 
 
 
205 aa  56.2  5e-07  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.720346 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3198  pentapeptide repeat protein  27.75 
 
 
294 aa  56.2  6e-07  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00492163 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01855  MCBG-like protein (microcin resistance protein)  27.78 
 
 
191 aa  55.8  7e-07  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.28173  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2126  pentapeptide repeat-containing protein  26.29 
 
 
200 aa  55.8  7e-07  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3786  pentapeptide repeat-containing protein  53.03 
 
 
206 aa  55.5  8e-07  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4850  pentapeptide repeat-containing protein  28.18 
 
 
576 aa  55.5  8e-07  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00626433 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0256  pentapeptide repeat protein  31.54 
 
 
442 aa  55.5  8e-07  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.306319  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3735  pentapeptide repeat-containing protein  53.03 
 
 
206 aa  55.5  8e-07  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0951  pentapeptide repeat protein  50 
 
 
393 aa  55.5  9e-07  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.537357 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0977  quinolone resistance protein  23.91 
 
 
211 aa  55.5  9e-07  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  2.10574e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2490  pentapeptide repeat-containing protein  26.03 
 
 
196 aa  55.5  9e-07  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5145  pentapeptide repeat-containing protein  28.64 
 
 
456 aa  55.5  9e-07  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2500  pentapeptide repeat-containing protein  31.55 
 
 
433 aa  55.5  9e-07  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0523  pentapeptide repeat protein  51.56 
 
 
115 aa  55.1  1e-06  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.567805  hitchhiker  1.49472e-05 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13397  hypothetical protein  30.89 
 
 
183 aa  54.7  1e-06  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.43127  normal  0.102743 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0301  pentapeptide repeat-containing protein  42.65 
 
 
263 aa  54.7  1e-06  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1907  hypothetical protein  23.91 
 
 
211 aa  55.1  1e-06  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0174231  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1540  pentapeptide repeat-containing protein  30.12 
 
 
183 aa  54.7  1e-06  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.289296 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0605  pentapeptide repeat-containing protein  28.65 
 
 
727 aa  54.7  1e-06  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000848072  normal  0.230726 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>