34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0075 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_0075  peptidoglycan binding domain-containing protein  100 
 
 
459 aa  913  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.542735 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0618  peptidoglycan binding domain-containing protein  60.94 
 
 
460 aa  537  1e-151  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.559119  normal  0.773085 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0365  peptidoglycan binding domain-containing protein  61.64 
 
 
456 aa  536  1e-151  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.396847  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0214  peptidoglycan binding domain-containing protein  59.74 
 
 
454 aa  522  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.103118 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0047  peptidoglycan binding domain-containing protein  57.08 
 
 
448 aa  505  1e-142  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0088  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  58.72 
 
 
448 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0039  hypothetical protein  56.74 
 
 
447 aa  462  1e-129  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.304092  normal  0.27217 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1389  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  30.29 
 
 
484 aa  128  3e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1393  peptidoglycan binding domain-containing protein  35.47 
 
 
491 aa  127  5e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00241156 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1668  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  35.47 
 
 
500 aa  126  1e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.844138 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1737  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  29.24 
 
 
466 aa  116  7e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00165447  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0401  peptidoglycan binding domain-containing protein  30.26 
 
 
487 aa  95.5  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.039914  normal  0.803318 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0641  peptidoglycan binding domain-containing protein  26.64 
 
 
589 aa  80.9  5e-14  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.757288 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1102  peptidoglycan binding domain-containing protein  27.29 
 
 
490 aa  79.7  9e-14  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0504  peptidoglycan binding domain-containing protein  27.02 
 
 
593 aa  74.7  3e-12  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1855  hypothetical protein  26.67 
 
 
593 aa  71.6  2e-11  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2734  peptidoglycan binding domain-containing protein  23.86 
 
 
585 aa  60.5  6e-08  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1261  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  22.57 
 
 
485 aa  60.1  9e-08  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6421  peptidoglycan binding domain-containing protein  24.21 
 
 
513 aa  59.3  1e-07  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2313  peptidoglycan binding domain-containing protein  24.09 
 
 
596 aa  55.8  2e-06  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1999  protease Do  27.67 
 
 
506 aa  54.3  5e-06  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0697759  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0355  serine protease  27.67 
 
 
493 aa  54.3  5e-06  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.459558  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0887  protease Do  26.7 
 
 
493 aa  50.4  6e-05  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0626906  normal  0.172287 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3905  hypothetical protein  27.89 
 
 
157 aa  49.3  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.306365  normal  0.736098 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2405  hypothetical protein  24.01 
 
 
576 aa  49.3  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0566608  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00650  2-alkenal reductase  28.92 
 
 
400 aa  47.8  0.0004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1716  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  30.82 
 
 
280 aa  45.4  0.002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.56437  normal  0.319195 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1528  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  31.52 
 
 
311 aa  45.4  0.002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2688  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  32.87 
 
 
391 aa  45.4  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.383027 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1773  protease Do  29.37 
 
 
489 aa  45.1  0.003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  2.25032e-08  hitchhiker  0.000850393 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2798  ATPase central domain-containing protein  31.58 
 
 
855 aa  44.7  0.004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.416059  normal  0.219212 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0986  HtrA2 peptidase  26.83 
 
 
382 aa  44.3  0.005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00462206 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3922  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  28.19 
 
 
423 aa  43.9  0.006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.155869  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2476  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  31.58 
 
 
486 aa  43.5  0.007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>