More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0073 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_0073  putative glyoxylate reductase  100 
 
 
333 aa  676  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.692518 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0616  glycolate reductase  88.59 
 
 
333 aa  614  1e-175  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.164009  normal  0.739165 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0354  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  87.69 
 
 
333 aa  607  1e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0217  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  87.69 
 
 
333 aa  606  1e-172  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.660632  normal  0.0271451 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0426  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  87.09 
 
 
333 aa  605  1e-172  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0037  2-hydroxyacid dehydrogenase  86.19 
 
 
333 aa  594  1e-169  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.256698 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0045  glycolate reductase  84.38 
 
 
333 aa  588  1e-167  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4126  glyoxylate reductase  76.44 
 
 
333 aa  524  1e-147  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23218  normal  0.483261 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3943  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  73.27 
 
 
333 aa  513  1e-144  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2232  glyoxylate reductase  76.2 
 
 
334 aa  509  1e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.770624  normal  0.0720055 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0491  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  75 
 
 
334 aa  506  1e-142  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.159466 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0378  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  75 
 
 
334 aa  504  1e-142  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2485  Glyoxylate reductase  73.64 
 
 
331 aa  503  1e-141  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0994442 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2688  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  73.41 
 
 
332 aa  502  1e-141  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.265599  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0511  glyoxylate reductase  73.64 
 
 
331 aa  503  1e-141  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.503847  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0454  Glyoxylate reductase  74.4 
 
 
334 aa  503  1e-141  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.461257  normal  0.15119 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0421  glyoxylate reductase  74.4 
 
 
334 aa  503  1e-141  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.370797 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2089  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases family protein  71.39 
 
 
360 aa  491  1e-138  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0734  glyoxylate reductase  71.99 
 
 
334 aa  493  1e-138  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.995552  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2177  2-hydroxyacid dehydrogenase  71.39 
 
 
334 aa  492  1e-138  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4089  Glyoxylate reductase  70.69 
 
 
333 aa  484  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3380  glyoxylate reductase  70.09 
 
 
357 aa  481  1e-135  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.254511  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4409  Glyoxylate reductase  70.09 
 
 
333 aa  484  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5058  glyoxylate reductase  69.37 
 
 
328 aa  478  1e-134  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.378671 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0314  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases family protein  69.49 
 
 
334 aa  474  1e-133  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.907206  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3643  glyoxylate reductase  69.09 
 
 
330 aa  462  1e-129  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  3.07425e-10 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3790  glycolate reductase  68.79 
 
 
328 aa  452  1e-126  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0480  glycolate reductase  66.06 
 
 
328 aa  442  1e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.330194  normal  0.55388 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2970  glyoxylate reductase  67.38 
 
 
328 aa  437  1e-122  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0915  glycolate reductase  63.69 
 
 
328 aa  427  1e-119  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1941  glyoxylate reductase  65.76 
 
 
336 aa  411  1e-114  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0819733  decreased coverage  0.00730231 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2187  glyoxylate reductase  66.77 
 
 
328 aa  404  1e-112  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.521168  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2313  2-hydroxyacid dehydrogenase  65.54 
 
 
328 aa  397  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.48395  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0987  glyoxylate reductase  65.54 
 
 
328 aa  397  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0778  glycolate reductase  57.85 
 
 
332 aa  379  1e-104  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2308  glycolate reductase  52.44 
 
 
339 aa  345  6e-94  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4583  glyoxylate reductase  56.31 
 
 
332 aa  342  4e-93  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1407  2-hydroxyacid dehydrogenase  43.69 
 
 
323 aa  271  2e-71  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2390  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  43.16 
 
 
324 aa  263  3e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.129625 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3322  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  43.25 
 
 
323 aa  258  9e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1872  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  44.55 
 
 
319 aa  255  9e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0089  Glyoxylate reductase  42.72 
 
 
319 aa  251  9e-66  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1815  glycolate reductase  42.77 
 
 
323 aa  250  2e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.802319  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2807  glyoxylate reductase  43.34 
 
 
321 aa  248  1e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.949498 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1147  glyoxylate reductase  42.19 
 
 
317 aa  246  3e-64  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1522  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  39.24 
 
 
320 aa  236  3e-61  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.417299  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0731  Glyoxylate reductase  43.32 
 
 
322 aa  236  5e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2897  Glyoxylate reductase  42.11 
 
 
327 aa  232  8e-60  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000351696  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2082  putative glyoxylate reductase  42.95 
 
 
311 aa  231  2e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2820  Glyoxylate reductase  38.91 
 
 
334 aa  230  2e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  5.66306e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3042  Glyoxylate reductase  43.52 
 
 
324 aa  228  9e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1344  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  39.32 
 
 
338 aa  228  1e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  9.16966e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21840  glycerate dehydrogenase  45.52 
 
 
274 aa  227  2e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0628061  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0619  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding protein  42.33 
 
 
327 aa  226  4e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3914  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  39.94 
 
 
327 aa  224  1e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.430325 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0025  lactate dehydrogenase related enzyme  36.56 
 
 
319 aa  223  3e-57  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12970  lactate dehydrogenase-like oxidoreductase  41.54 
 
 
321 aa  216  5e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0625  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  39.82 
 
 
322 aa  214  1e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.464742 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1954  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  37.65 
 
 
329 aa  215  1e-54  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0249135 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5902  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic region:D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  37.74 
 
 
327 aa  214  2e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0476763  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5009  Glyoxylate reductase  43.22 
 
 
345 aa  214  2e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0350  Glyoxylate reductase  40.12 
 
 
319 aa  214  2e-54  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3011  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  42.59 
 
 
315 aa  214  2e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5114  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  37.39 
 
 
323 aa  213  3e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.803501 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1325  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  40.06 
 
 
315 aa  213  3e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3073  Glyoxylate reductase  39.32 
 
 
322 aa  212  7e-54  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0551614  normal  0.953247 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0823  glyoxylate reductase  37.96 
 
 
339 aa  211  1e-53  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2536  Glyoxylate reductase  39.44 
 
 
318 aa  211  1e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.400778  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0052  Glyoxylate reductase  40.31 
 
 
316 aa  211  1e-53  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3366  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase  42.59 
 
 
315 aa  211  1e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2196  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  38.82 
 
 
316 aa  211  2e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00601884  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2029  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  38.58 
 
 
331 aa  210  3e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.658247 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3049  Glyoxylate reductase  39.01 
 
 
322 aa  209  6e-53  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0892  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  40.31 
 
 
318 aa  209  7e-53  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0266088  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2388  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  36.91 
 
 
323 aa  208  1e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00285003  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1078  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  37.34 
 
 
323 aa  207  3e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0592  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  34.76 
 
 
326 aa  206  4e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.80162  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2957  Glyoxylate reductase  37.5 
 
 
320 aa  205  8e-52  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  8.53458e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2643  putative glycerate dehydrogenase  40.13 
 
 
316 aa  204  2e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3326  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  37.77 
 
 
316 aa  204  2e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.428897 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0216  glyoxylate reductase  38.74 
 
 
340 aa  203  3e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1370  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  37.11 
 
 
326 aa  203  3e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.399391  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2490  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  37.11 
 
 
326 aa  203  3e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.56603  normal  0.0359578 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2941  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  39.81 
 
 
324 aa  202  7e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.320124 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4324  glyoxylate reductase  38.58 
 
 
341 aa  201  1e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0151043  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0256  glyoxylate reductase  35.85 
 
 
315 aa  197  2e-49  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.466331 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6081  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  43.73 
 
 
320 aa  196  4e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.582344 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0948  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  36.68 
 
 
319 aa  196  5e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1337  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  38.87 
 
 
323 aa  196  5e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0929  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  36.68 
 
 
319 aa  196  5e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0476  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  39.01 
 
 
319 aa  196  7e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.292673  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05388  2-hydroxyacid dehydrogenase  36.98 
 
 
331 aa  194  1e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4738  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  36.34 
 
 
335 aa  194  1e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.373917 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2722  Glyoxylate reductase  40.19 
 
 
322 aa  194  2e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2855  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  38.48 
 
 
345 aa  194  2e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1989  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  35.03 
 
 
332 aa  194  2e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  5.14509e-07 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1511  putative 2-hydroxyacid dehydrogenase  37.95 
 
 
330 aa  194  3e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.480657  normal  0.0780281 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6378  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  42.97 
 
 
320 aa  192  5e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.218444 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1299  glycerate dehydrogenase  38.56 
 
 
323 aa  192  5e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01500  lactate dehydrogenase-like oxidoreductase  41.38 
 
 
329 aa  192  5e-48  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>