More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0060 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_0060  30S ribosomal protein S15  100 
 
 
89 aa  180  7e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.624309  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0437  30S ribosomal protein S15  89.89 
 
 
89 aa  166  1e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0483  30S ribosomal protein S15  91.01 
 
 
89 aa  165  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.397496  normal  0.210861 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0604  30S ribosomal protein S15  88.76 
 
 
89 aa  163  7e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0228  30S ribosomal protein S15  88.76 
 
 
89 aa  163  9e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00134414  normal  0.416814 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0034  30S ribosomal protein S15  87.64 
 
 
89 aa  162  2e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0027  30S ribosomal protein S15  84.27 
 
 
89 aa  154  4e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.134975 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3445  30S ribosomal protein S15  78.65 
 
 
89 aa  138  2e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0940  30S ribosomal protein S15  75.28 
 
 
89 aa  138  2e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.628932 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0289  30S ribosomal protein S15  75.28 
 
 
89 aa  137  6e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.043506 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2896  30S ribosomal protein S15  74.16 
 
 
89 aa  136  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4508  30S ribosomal protein S15  73.03 
 
 
89 aa  135  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.264804 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4028  30S ribosomal protein S15  73.03 
 
 
89 aa  134  3e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.776688  normal  0.268185 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4397  30S ribosomal protein S15  73.03 
 
 
89 aa  134  3e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.854765  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1257  ribosomal protein S15  71.91 
 
 
89 aa  134  4e-31  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0542  30S ribosomal protein S15  71.91 
 
 
89 aa  134  4e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.243245  normal  0.231043 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3934  30S ribosomal protein S15  71.91 
 
 
89 aa  134  6e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.281192  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3193  30S ribosomal protein S15  73.03 
 
 
89 aa  133  8e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00194624  normal  0.0112652 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4063  30S ribosomal protein S15  73.03 
 
 
89 aa  133  9e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0269  30S ribosomal protein S15  70.79 
 
 
89 aa  133  1e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0214678 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4383  30S ribosomal protein S15  73.03 
 
 
89 aa  132  1e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.846173 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0173  30S ribosomal protein S15  74.16 
 
 
89 aa  133  1e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.401011  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4915  30S ribosomal protein S15  73.03 
 
 
89 aa  132  2e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.484289  normal  0.692598 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3631  ribosomal protein S15  70.79 
 
 
89 aa  132  2e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0462627  normal  0.0107492 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2080  30S ribosomal protein S15  70.79 
 
 
126 aa  127  4e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0185155  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2168  30S ribosomal protein S15  70.79 
 
 
89 aa  127  5e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.716102  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0081  30S ribosomal protein S15  68.54 
 
 
89 aa  127  7e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0744  30S ribosomal protein S15  69.66 
 
 
89 aa  126  8e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146353  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2919  30S ribosomal protein S15  68.54 
 
 
89 aa  126  1e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.653515  normal  0.312513 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1111  30S ribosomal protein S15  67.42 
 
 
89 aa  125  2e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.185363  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2773  30S ribosomal protein S15  67.42 
 
 
89 aa  125  2e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0040  30S ribosomal protein S15  70.79 
 
 
89 aa  125  2e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal  0.280394 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2483  30S ribosomal protein S15  66.29 
 
 
89 aa  125  2e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.629413  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3809  SSU ribosomal protein S15P  69.66 
 
 
89 aa  125  2e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.017638 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2994  30S ribosomal protein S15  66.29 
 
 
89 aa  123  7e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2760  30S ribosomal protein S15  68.54 
 
 
89 aa  123  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00582272  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3784  30S ribosomal protein S15  67.42 
 
 
89 aa  121  3e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.116654  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3049  SSU ribosomal protein S15P  66.29 
 
 
89 aa  120  5e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4030  30S ribosomal protein S15  62.92 
 
 
89 aa  119  2e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.27506  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2074  30S ribosomal protein S15  62.92 
 
 
89 aa  117  4e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.446463 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3723  SSU ribosomal protein S15P  61.8 
 
 
89 aa  115  1e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1398  SSU ribosomal protein S15P  62.92 
 
 
89 aa  114  4e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.129269  normal  0.843644 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2818  30S ribosomal protein S15  65.85 
 
 
88 aa  114  6e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.219702 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2069  30S ribosomal protein S15  62.92 
 
 
89 aa  113  8e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.614484  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0442  ribosomal protein S15  61.8 
 
 
89 aa  113  1e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2554  30S ribosomal protein S15  57.3 
 
 
89 aa  112  2e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.382305  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0867  30S ribosomal protein S15  60.92 
 
 
88 aa  112  2e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.350166  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3515  30S ribosomal protein S15  62.07 
 
 
88 aa  112  2e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0967  30S ribosomal protein S15  64.37 
 
 
88 aa  112  2e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  3.55811e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0952  30S ribosomal protein S15  60.92 
 
 
88 aa  112  2e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  3.71083e-05 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2977  30S ribosomal protein S15  62.07 
 
 
88 aa  112  2e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.17407e-20 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1307  30S ribosomal protein S15  62.07 
 
 
88 aa  112  2e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  4.33754e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1124  30S ribosomal protein S15  60.67 
 
 
89 aa  111  3e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0407  30S ribosomal protein S15  60.67 
 
 
89 aa  111  3e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1835  30S ribosomal protein S15  60.67 
 
 
89 aa  111  3e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0743  30S ribosomal protein S15  60.67 
 
 
89 aa  111  3e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.660742  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1429  30S ribosomal protein S15  60.67 
 
 
89 aa  111  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1284  30S ribosomal protein S15  60.67 
 
 
89 aa  111  3e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.942726  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1055  30S ribosomal protein S15  60.67 
 
 
89 aa  111  3e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00453834  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1292  30S ribosomal protein S15  60.67 
 
 
89 aa  111  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.608351  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1056  30S ribosomal protein S15  61.8 
 
 
89 aa  111  4e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2052  30S ribosomal protein S15  60.67 
 
 
89 aa  110  6e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5185  30S ribosomal protein S15  59.77 
 
 
88 aa  110  6e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1905  30S ribosomal protein S15  60.92 
 
 
88 aa  110  7e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  1.49248e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1945  30S ribosomal protein S15  58.43 
 
 
89 aa  109  1e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0262342 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2014  ribosomal protein S15  59.55 
 
 
89 aa  109  1e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0275051  normal  0.303203 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1258  30S ribosomal protein S15  60.92 
 
 
88 aa  109  1e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.142171 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1338  30S ribosomal protein S15  59.09 
 
 
90 aa  108  2e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0211534  normal  0.0449315 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1145  30S ribosomal protein S15  58.43 
 
 
89 aa  108  2e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.150061  normal  0.144917 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2292  30S ribosomal protein S15  59.55 
 
 
89 aa  108  2e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0792803  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1590  30S ribosomal protein S15  62.92 
 
 
88 aa  108  2e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  1.18687e-19  normal  0.0361736 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1023  30S ribosomal protein S15  59.55 
 
 
89 aa  108  2e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.672022 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1166  30S ribosomal protein S15  58.43 
 
 
89 aa  109  2e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.466617  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2278  30S ribosomal protein S15  59.55 
 
 
89 aa  108  2e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0135045  normal  0.085969 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2171  30S ribosomal protein S15  59.55 
 
 
89 aa  108  2e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.191878  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2254  30S ribosomal protein S15  59.55 
 
 
89 aa  108  2e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3261  30S ribosomal protein S15  64.63 
 
 
88 aa  108  2e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1106  30S ribosomal protein S15  58.43 
 
 
89 aa  109  2e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1488  30S ribosomal protein S15  58.62 
 
 
88 aa  108  2e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0790989  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5582  30S ribosomal protein S15  59.55 
 
 
89 aa  108  2e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.171961  normal  0.430005 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1642  30S ribosomal protein S15  59.55 
 
 
89 aa  108  2e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.655154  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1560  30S ribosomal protein S15  59.77 
 
 
88 aa  108  2e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.2194e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3219  30S ribosomal protein S15  59.09 
 
 
90 aa  108  2e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.962482 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0956  30S ribosomal protein S15  60.67 
 
 
89 aa  108  2e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1234  30S ribosomal protein S15  58.43 
 
 
89 aa  109  2e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0854619  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1746  30S ribosomal protein S15  56.18 
 
 
89 aa  108  3e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0497945  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0905  30S ribosomal protein S15  58.43 
 
 
89 aa  108  3e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.713518  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2117  ribosomal protein S15  57.3 
 
 
89 aa  108  3e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0620683  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01306  30S ribosomal protein S15  61.8 
 
 
86 aa  108  3e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.154774  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1233  30S ribosomal protein S15  58.43 
 
 
89 aa  108  3e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2812  30S ribosomal protein S15  60.67 
 
 
86 aa  107  4e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.789885  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1419  30S ribosomal protein S15  63.41 
 
 
88 aa  107  4e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.22503  normal  0.956384 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0728  ribosomal protein S15  56.18 
 
 
89 aa  107  4e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.165942  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0490  ribosomal protein S15  57.3 
 
 
89 aa  107  5e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.515865 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1897  30S ribosomal protein S15  59.55 
 
 
89 aa  107  6e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.320723  normal  0.937445 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2449  SSU ribosomal protein S15P  58.43 
 
 
89 aa  107  6e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0751959  normal  0.780373 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2220  30S ribosomal protein S15  59.55 
 
 
89 aa  107  6e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2437  30S ribosomal protein S15  59.55 
 
 
89 aa  106  9e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.39623  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1592  30S ribosomal protein S15  58.62 
 
 
88 aa  106  9e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  6.46106e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0070  SSU ribosomal protein S15P  56.18 
 
 
89 aa  106  1e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000286421  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>