More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0057 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_2490  translation initiation factor IF-2  51.8 
 
 
875 aa  650  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.547741  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2912  translation initiation factor IF-2  58.11 
 
 
835 aa  766  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.922149  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1555  translation initiation factor IF-2  56.76 
 
 
947 aa  667  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.82401e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1165  translation initiation factor IF-2  60.42 
 
 
836 aa  765  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1669  translation initiation factor IF-2  56.14 
 
 
949 aa  637  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0440  translation initiation factor IF-2  80.46 
 
 
883 aa  1335  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0612  translation initiation factor IF-2  55.01 
 
 
845 aa  672  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0968574  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0024  translation initiation factor IF-2  92.03 
 
 
871 aa  1204  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0480379 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1302  translation initiation factor IF-2  56.83 
 
 
986 aa  671  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.454709  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3930  translation initiation factor IF-2  68.36 
 
 
856 aa  882  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0293  translation initiation factor IF-2  68.58 
 
 
1083 aa  1050  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00928073 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2819  translation initiation factor IF-2  66.06 
 
 
990 aa  904  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.17159  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0031  translation initiation factor IF-2  91.13 
 
 
868 aa  1180  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0231  translation initiation factor IF-2  79.55 
 
 
883 aa  1335  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0340219  normal  0.876251 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0600  translation initiation factor IF-2  79.87 
 
 
886 aa  1309  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153879  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0033  translation initiation factor IF-2  58.11 
 
 
1045 aa  760  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.286863 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2697  translation initiation factor IF-2  68.42 
 
 
989 aa  896  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.769823 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3727  translation initiation factor IF-2  71.58 
 
 
971 aa  934  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.057525 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0480  translation initiation factor IF-2  81.3 
 
 
880 aa  1355  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.471358  normal  0.3853 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0067  translation initiation factor 2  53.27 
 
 
907 aa  642  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00109363  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2611  translation initiation factor IF-2  74.92 
 
 
981 aa  962  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.709252  normal  0.107051 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3563  translation initiation factor IF-2  60.63 
 
 
832 aa  794  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1047  translation initiation factor IF-2  68.55 
 
 
1053 aa  1001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1586  translation initiation factor IF-2  54.47 
 
 
884 aa  684  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000230757  normal  0.126599 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3628  translation initiation factor IF-2  67.52 
 
 
887 aa  882  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.206324 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2070  translation initiation factor IF-2  55.52 
 
 
907 aa  712  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.464953 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4067  translation initiation factor IF-2  69.24 
 
 
917 aa  895  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2757  translation initiation factor IF-2  59.67 
 
 
838 aa  756  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.141804  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0169  translation initiation factor IF-2  59.53 
 
 
926 aa  913  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1957  translation initiation factor IF-2  48.45 
 
 
985 aa  640  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4387  translation initiation factor IF-2  56.63 
 
 
917 aa  916  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.582492 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3727  translation initiation factor 2  55.25 
 
 
949 aa  649  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2981  translation initiation factor IF-2  49.86 
 
 
980 aa  652  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.22631e-28 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0963  translation initiation factor IF-2  52.37 
 
 
921 aa  638  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2594  translation initiation factor IF-2  51.49 
 
 
848 aa  772  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.914394 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2826  translation initiation factor IF-2  60.57 
 
 
836 aa  765  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1588  translation initiation factor IF-2  54.95 
 
 
883 aa  686  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0169841  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0747  translation initiation factor IF-2  63.38 
 
 
964 aa  980  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.152188  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4618  translation initiation factor IF-2  74.47 
 
 
975 aa  955  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0038  translation initiation factor IF-2  58.95 
 
 
824 aa  733  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.963114  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3441  translation initiation factor IF-2  68 
 
 
885 aa  907  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2077  translation initiation factor IF-2  62.89 
 
 
990 aa  977  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.146331  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1254  translation initiation factor IF-2  53.41 
 
 
848 aa  895  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0057  translation initiation factor IF-2  100 
 
 
921 aa  1831  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3043  translation initiation factor IF-2  59.37 
 
 
861 aa  756  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2295  translation initiation factor IF-2  66.77 
 
 
886 aa  1092  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0792369 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2923  translation initiation factor IF-2  68.42 
 
 
989 aa  896  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.707465  normal  0.0820286 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0225  translation initiation factor IF-2  59.19 
 
 
887 aa  753  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1901  translation initiation factor IF-2  55.63 
 
 
882 aa  657  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.650972  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2165  translation initiation factor IF-2  63.01 
 
 
959 aa  980  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.34369  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03396  translation initiation factor IF-2  53.92 
 
 
894 aa  635  1e-180  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2827  translation initiation factor IF-2  52.76 
 
 
885 aa  633  1e-180  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00613346 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0174  translation initiation factor IF-2  54.48 
 
 
898 aa  635  1e-180  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00015566  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1050  translation initiation factor 2  52.46 
 
 
903 aa  632  1e-180  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  1.07022e-07  unclonable  3.03018e-08 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0697  translation initiation factor IF-2  53.89 
 
 
922 aa  635  1e-180  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.248102  normal  0.307496 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3060  translation initiation factor IF-2  52.82 
 
 
896 aa  626  1e-178  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.382802  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3389  translation initiation factor IF-2  52.65 
 
 
896 aa  622  1e-177  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.479948  hitchhiker  0.00172114 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0598  translation initiation factor IF-2  53.24 
 
 
891 aa  625  1e-177  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.223745  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0489  translation initiation factor IF-2  53.75 
 
 
895 aa  623  1e-177  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.160314 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3360  translation initiation factor IF-2  45.77 
 
 
890 aa  619  1e-176  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.900046  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0530  translation initiation factor IF-2  45.77 
 
 
890 aa  619  1e-176  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.84187  decreased coverage  4.98988e-05 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02986  hypothetical protein  45.77 
 
 
890 aa  619  1e-176  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.201323  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1020  translation initiation factor IF-2  54.64 
 
 
971 aa  619  1e-176  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0990  translation initiation factor IF-2  51.42 
 
 
881 aa  620  1e-176  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.106597  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4489  translation initiation factor IF-2  45.77 
 
 
890 aa  619  1e-176  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03035  translation initiation factor IF-2  45.77 
 
 
890 aa  619  1e-176  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.243864  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2820  translation initiation factor IF-2  53.4 
 
 
868 aa  620  1e-176  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1061  translation initiation factor IF-2  54.39 
 
 
975 aa  619  1e-176  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0461842  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1507  translation initiation factor IF-2  54.39 
 
 
975 aa  619  1e-176  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3561  translation initiation factor IF-2  52.82 
 
 
894 aa  621  1e-176  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  1.80014e-06 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0537  translation initiation factor IF-2  45.77 
 
 
890 aa  619  1e-176  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0175  translation initiation factor IF-2  54.39 
 
 
975 aa  619  1e-176  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0986137  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0961  translation initiation factor IF-2  52.09 
 
 
882 aa  621  1e-176  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.875845  normal  0.117843 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3603  translation initiation factor IF-2  45.77 
 
 
890 aa  619  1e-176  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1500  translation initiation factor IF-2  54.64 
 
 
971 aa  619  1e-176  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0214708  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3652  translation initiation factor IF-2  45.77 
 
 
890 aa  619  1e-176  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0991  translation initiation factor IF-2  54.39 
 
 
975 aa  619  1e-176  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0637827  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0457  translation initiation factor IF-2  51.19 
 
 
1161 aa  619  1e-175  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3188  translation initiation factor IF-2  50.48 
 
 
1029 aa  617  1e-175  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  1.40569e-05  normal  0.29235 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1762  translation initiation factor IF-2  54.22 
 
 
975 aa  617  1e-175  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.599583  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1662  translation initiation factor IF-2  54.34 
 
 
822 aa  617  1e-175  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.775404  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1740  translation initiation factor IF-2  54.22 
 
 
975 aa  618  1e-175  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.12282  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2820  translation initiation factor IF-2  53.73 
 
 
989 aa  617  1e-175  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0105621  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0817  translation initiation factor IF-2  52.9 
 
 
880 aa  617  1e-175  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00792511 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0725  translation initiation factor IF-2  52.89 
 
 
912 aa  618  1e-175  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0457048  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1030  translation initiation factor IF-2  51.42 
 
 
889 aa  617  1e-175  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  9.67139e-05 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3676  translation initiation factor IF-2  47.02 
 
 
971 aa  618  1e-175  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156109  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1915  translation initiation factor IF-2  54.22 
 
 
975 aa  618  1e-175  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.697386  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3464  translation initiation factor IF-2  45.77 
 
 
890 aa  618  1e-175  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.345648 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2031  translation initiation factor IF-2  52.87 
 
 
979 aa  617  1e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00715867 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1692  translation initiation factor IF-2  52.62 
 
 
968 aa  617  1e-175  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.258602  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1026  translation initiation factor IF-2  51.75 
 
 
885 aa  616  1e-175  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.748082  hitchhiker  4.1871e-06 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1091  translation initiation factor IF-2  51.75 
 
 
885 aa  616  1e-175  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.193665  normal  0.0905739 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2689  translation initiation factor IF-2  53.23 
 
 
868 aa  619  1e-175  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1422  translation initiation factor IF-2  54.3 
 
 
972 aa  616  1e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0279549 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1476  translation initiation factor IF-2  54.64 
 
 
971 aa  619  1e-175  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.809339  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1382  translation initiation factor IF-2  54.3 
 
 
971 aa  618  1e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350038  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1632  translation initiation factor IF-2  53.22 
 
 
986 aa  613  1e-174  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00141337 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3239  translation initiation factor IF-2  51.25 
 
 
880 aa  613  1e-174  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.432211  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3417  translation initiation factor IF-2  51.25 
 
 
880 aa  613  1e-174  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0572462  hitchhiker  0.00115564 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>