More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0038 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_0038  tryptophanyl-tRNA synthetase  100 
 
 
350 aa  728  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.344371 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0583  tryptophanyl-tRNA synthetase  82.23 
 
 
350 aa  610  1e-174  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0109318  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0012  tryptophanyl-tRNA synthetase  83.43 
 
 
347 aa  607  1e-172  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0108214  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0249  tryptophanyl-tRNA synthetase  81.45 
 
 
348 aa  602  1e-171  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0230616  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0459  tryptophanyl-tRNA synthetase  80.92 
 
 
349 aa  601  1e-171  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0459  tryptophanyl-tRNA synthetase  80 
 
 
350 aa  603  1e-171  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.860654  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0216  tryptophanyl-tRNA synthetase  81.69 
 
 
347 aa  598  1e-170  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2568  tryptophanyl-tRNA synthetase  77.17 
 
 
344 aa  559  1e-158  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.184984 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3085  tryptophanyl-tRNA synthetase  76.95 
 
 
345 aa  556  1e-157  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14662  normal  0.424246 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0370  tryptophanyl-tRNA synthetase  76.22 
 
 
353 aa  541  1e-153  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5332  tryptophanyl-tRNA synthetase  74.5 
 
 
354 aa  540  1e-152  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0907404  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0338  tryptophanyl-tRNA synthetase  75.64 
 
 
353 aa  535  1e-151  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0294  tryptophanyl-tRNA synthetase  75.64 
 
 
353 aa  535  1e-151  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.496301 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0360  tryptophanyl-tRNA synthetase  72.25 
 
 
344 aa  529  1e-149  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.629227  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4409  tryptophanyl-tRNA synthetase  75.86 
 
 
347 aa  523  1e-147  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3413  tryptophanyl-tRNA synthetase  75 
 
 
347 aa  516  1e-145  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.644909 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0155  tryptophanyl-tRNA synthetase  69.01 
 
 
355 aa  503  1e-141  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0136  tryptophanyl-tRNA synthetase  68.45 
 
 
355 aa  499  1e-140  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0748713  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0142  tryptophanyl-tRNA synthetase  68.45 
 
 
355 aa  499  1e-140  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3608  tryptophanyl-tRNA synthetase  70.76 
 
 
335 aa  498  1e-140  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0427  tryptophanyl-tRNA synthetase  66.2 
 
 
354 aa  483  1e-135  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.522536  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3535  tryptophanyl-tRNA synthetase  68.8 
 
 
332 aa  480  1e-134  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.7039  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4035  tryptophanyl-tRNA synthetase  65.54 
 
 
355 aa  477  1e-133  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0034  tryptophanyl-tRNA synthetase  65.92 
 
 
354 aa  475  1e-133  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.282627  hitchhiker  2.06811e-05 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0026  tryptophanyl-tRNA synthetase  66.1 
 
 
354 aa  459  1e-128  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.606354  normal  0.463115 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0038  tryptophanyl-tRNA synthetase  65.54 
 
 
354 aa  456  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0701529  normal  0.176582 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1167  tryptophanyl-tRNA synthetase  61.34 
 
 
356 aa  453  1e-126  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0455  tryptophanyl-tRNA synthetase  63.98 
 
 
357 aa  448  1e-125  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.396107  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1808  tryptophanyl-tRNA synthetase  63.98 
 
 
357 aa  449  1e-125  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0466  tryptophanyl-tRNA synthetase  63.4 
 
 
347 aa  444  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.21086 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0443  tryptophanyl-tRNA synthetase  62.54 
 
 
342 aa  442  1e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0012  tryptophanyl-tRNA synthetase  62.76 
 
 
344 aa  435  1e-121  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00178071  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2836  tryptophanyl-tRNA synthetase  61.21 
 
 
341 aa  435  1e-121  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0141096  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3024  tryptophanyl-tRNA synthetase  61.05 
 
 
345 aa  424  1e-117  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0588  tryptophanyl-tRNA synthetase  59.48 
 
 
339 aa  418  1e-116  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115132  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0894  tryptophanyl-tRNA synthetase  59.48 
 
 
341 aa  418  1e-116  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.188606 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3827  tryptophanyl-tRNA synthetase  63.19 
 
 
331 aa  417  1e-115  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0534777 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0082  tryptophanyl-tRNA synthetase  58.55 
 
 
331 aa  404  1e-111  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.141856  normal  0.0206333 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3953  tryptophanyl-tRNA synthetase  59.48 
 
 
339 aa  398  1e-110  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0672671  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1020  tryptophanyl-tRNA synthetase  59.94 
 
 
333 aa  393  1e-108  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2013  tryptophanyl-tRNA synthetase  60.29 
 
 
332 aa  391  1e-108  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0126369 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1037  tryptophanyl-tRNA synthetase  51.15 
 
 
337 aa  337  2e-91  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1308  tryptophanyl-tRNA synthetase  50.43 
 
 
355 aa  331  1e-89  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.917887  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2993  tryptophanyl-tRNA synthetase  50.72 
 
 
335 aa  330  3e-89  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0321948  normal  0.72788 
 
 
-
 
NC_002978  WD0801  tryptophanyl-tRNA synthetase  48.69 
 
 
332 aa  327  2e-88  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.154827  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4238  tryptophanyl-tRNA synthetase  48.55 
 
 
337 aa  320  2e-86  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.121944  hitchhiker  7.08237e-05 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0351  tryptophanyl-tRNA synthetase  47.55 
 
 
336 aa  320  3e-86  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4693  tryptophanyl-tRNA synthetase  48.13 
 
 
339 aa  316  4e-85  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1704  tryptophanyl-tRNA synthetase  47.55 
 
 
327 aa  314  1e-84  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2051  tryptophanyl-tRNA synthetase  48.41 
 
 
336 aa  315  1e-84  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2075  tryptophanyl-tRNA synthetase  48.41 
 
 
336 aa  315  1e-84  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00113563  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0938  tryptophanyl-tRNA synthetase  49.86 
 
 
337 aa  313  3e-84  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.468666  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06631  tryptophanyl-tRNA synthetase  45.66 
 
 
347 aa  313  3e-84  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10521  tryptophanyl-tRNA synthetase  47.41 
 
 
337 aa  313  4e-84  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.167395  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0598  tryptophanyl-tRNA synthetase  44.86 
 
 
338 aa  311  9e-84  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.698787  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_19560  predicted protein  48.12 
 
 
342 aa  310  2e-83  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.387855  normal  0.373209 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1252  tryptophanyl-tRNA synthetase  47.98 
 
 
348 aa  310  3e-83  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06541  tryptophanyl-tRNA synthetase  44.57 
 
 
338 aa  308  9e-83  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06241  tryptophanyl-tRNA synthetase  44.86 
 
 
338 aa  307  2e-82  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.682409  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06541  tryptophanyl-tRNA synthetase  47.71 
 
 
337 aa  307  2e-82  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.80652  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4670  tryptophanyl-tRNA synthetase  48.84 
 
 
335 aa  306  4e-82  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.406133  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0383  tryptophanyl-tRNA synthetase  45.75 
 
 
332 aa  305  1e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18651  tryptophanyl-tRNA synthetase  47.84 
 
 
337 aa  302  5e-81  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.8826 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0275  tryptophanyl-tRNA synthetase  46.79 
 
 
330 aa  301  9e-81  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0034  tryptophanyl-tRNA synthetase  46.86 
 
 
337 aa  301  9e-81  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.852523  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0269  tryptophanyl-tRNA synthetase  44.57 
 
 
332 aa  299  5e-80  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00577656  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0344  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.73 
 
 
334 aa  298  1e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2351  tryptophanyl-tRNA synthetase  48.41 
 
 
327 aa  296  3e-79  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.548637  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4054  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.15 
 
 
334 aa  296  3e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.158316  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3877  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.15 
 
 
334 aa  296  3e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1530  tryptophanyl-tRNA synthetase  46.09 
 
 
334 aa  296  3e-79  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  7.59272e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0266  tryptophanyl-tRNA synthetase  42.86 
 
 
334 aa  295  8e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.456262  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002271  tryptophanyl-tRNA synthetase  45.35 
 
 
338 aa  295  9e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2728  tryptophanyl-tRNA synthetase  45.64 
 
 
338 aa  294  1e-78  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3678  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.73 
 
 
334 aa  293  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3849  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.73 
 
 
334 aa  293  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3787  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.73 
 
 
334 aa  293  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3753  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.73 
 
 
334 aa  293  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3680  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.73 
 
 
334 aa  293  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.408983  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3886  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.7 
 
 
332 aa  293  4e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.410954 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0255  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.7 
 
 
332 aa  293  4e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0294  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.7 
 
 
332 aa  292  5e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3690  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.4 
 
 
332 aa  291  1e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0221  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.11 
 
 
332 aa  290  2e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.023184 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2200  tryptophanyl-tRNA synthetase  44.48 
 
 
365 aa  290  2e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3969  tryptophanyl-tRNA synthetase  44.25 
 
 
346 aa  290  2e-77  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.216039  normal  0.313669 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0220  tryptophanyl-tRNA synthetase  44.22 
 
 
328 aa  291  2e-77  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00082  tryptophanyl-tRNA synthetase  45.01 
 
 
345 aa  290  2e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3698  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.11 
 
 
332 aa  290  3e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1411  tryptophanyl-tRNA synthetase  40.7 
 
 
336 aa  288  7e-77  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  5.0643e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4688  tryptophanyl-tRNA synthetase  42.86 
 
 
334 aa  288  1e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.79843  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3797  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.15 
 
 
334 aa  287  1e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0456101 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3660  tryptophanyl-tRNA synthetase  42.86 
 
 
334 aa  288  1e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0133889 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3360  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.7 
 
 
332 aa  286  3e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0754  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.27 
 
 
328 aa  286  3e-76  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3580  tryptophanyl-tRNA synthetase  42.57 
 
 
334 aa  286  4e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.514705  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03236  tryptophanyl-tRNA synthetase  42.57 
 
 
334 aa  286  4e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0329  tryptophanyl-tRNA synthetase  42.57 
 
 
334 aa  286  4e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.449952  normal  0.333655 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0329  tryptophanyl-tRNA synthetase  42.57 
 
 
334 aa  286  4e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03188  hypothetical protein  42.57 
 
 
334 aa  286  4e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>