More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0035 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_0035  putative beta-lactamase  100 
 
 
397 aa  812  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.172625  normal  0.414753 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0579  beta-lactamase  73.8 
 
 
395 aa  613  1e-174  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.521189  normal  0.351765 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0463  beta-lactamase  72.73 
 
 
395 aa  596  1e-169  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0456  beta-lactamase  70.59 
 
 
395 aa  591  1e-168  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0253  beta-lactamase  71.03 
 
 
395 aa  590  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6425  beta-lactamase  49.1 
 
 
437 aa  408  1e-112  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.102177  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2728  beta-lactamase  56.05 
 
 
387 aa  405  1e-112  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.144324 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6049  Beta-lactamase  50.52 
 
 
419 aa  400  1e-110  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2556  beta-lactamase  55.65 
 
 
395 aa  387  1e-106  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2777  beta-lactamase  55.87 
 
 
389 aa  385  1e-106  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2104  beta-lactamase  50.13 
 
 
396 aa  368  1e-100  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2284  hypothetical protein  47.58 
 
 
395 aa  352  9e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3905  beta-lactamase  46.07 
 
 
397 aa  350  3e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3549  beta-lactamase  47.61 
 
 
400 aa  340  2e-92  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0089  beta-lactamase  45.55 
 
 
401 aa  332  5e-90  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1441  putative 1,4-butanediol diacrylate esterase  46.26 
 
 
395 aa  328  1e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00263583  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2901  beta-lactamase  46.56 
 
 
760 aa  317  3e-85  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.453349  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3473  beta-lactamase  43.6 
 
 
392 aa  298  1e-79  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.407682 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0394  putative 1,4-butanediol diacrylate esterase  41.38 
 
 
397 aa  292  6e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3462  beta-lactamase  40.78 
 
 
406 aa  286  4e-76  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00219099  normal  0.0121501 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1072  beta-lactamase  41.82 
 
 
410 aa  279  5e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.22387  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3517  beta-lactamase  34.73 
 
 
447 aa  212  9e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05422  beta-lactamase family protein (AFU_orthologue; AFUA_5G07500)  35.86 
 
 
415 aa  209  6e-53  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.300599  normal  0.931508 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_88817  1,4-butanediol diacrylate esterase  33.25 
 
 
418 aa  200  3e-50  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.642668 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2189  beta-lactamase  35.91 
 
 
402 aa  197  3e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.13371  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3606  beta-lactamase  33.43 
 
 
419 aa  196  5e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  4.1879e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6088  beta-lactamase  35.29 
 
 
406 aa  196  7e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.496561  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0538  beta-lactamase  34.07 
 
 
433 aa  195  1e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1745  beta-lactamase  34.99 
 
 
454 aa  192  6e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1692  Beta-lactamase  35.57 
 
 
414 aa  192  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0446405  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3066  beta-lactamase  31.55 
 
 
438 aa  190  3e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1881  beta-lactamase  33.51 
 
 
613 aa  190  3e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.234575  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5348  beta-lactamase  34.13 
 
 
414 aa  189  8e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.635001  normal  0.0848814 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0349  beta-lactamase  34.24 
 
 
407 aa  189  1e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5281  beta-lactamase  31.75 
 
 
408 aa  185  2e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0166031 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2704  beta-lactamase  32.82 
 
 
424 aa  183  4e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.431746  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4601  beta-lactamase  36.41 
 
 
427 aa  182  6e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850083  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2708  Beta-lactamase  33.33 
 
 
436 aa  182  6e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.259785  normal  0.385071 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_44235  predicted protein  30.03 
 
 
397 aa  182  9e-45  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5491  beta-lactamase  34.89 
 
 
407 aa  181  2e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.442272  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2371  beta-lactamase  32.45 
 
 
370 aa  181  2e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5391  putative beta-lactamase  34.07 
 
 
414 aa  180  3e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0812  beta-lactamase  34.69 
 
 
408 aa  181  3e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.623448  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4402  beta-lactamase  32.41 
 
 
405 aa  178  1e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.254761  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2265  beta-lactamase  33.15 
 
 
407 aa  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.120111  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2976  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding proteins  33.49 
 
 
399 aa  178  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4865  beta-lactamase  32.16 
 
 
405 aa  177  3e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00560097 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3205  beta-lactamase  32.6 
 
 
407 aa  177  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0297  beta-lactamase  32.47 
 
 
417 aa  176  5e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.834567  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2288  beta-lactamase  31.52 
 
 
424 aa  176  7e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4649  Beta-lactamase  33.15 
 
 
418 aa  176  7e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6935  beta-lactamase  34.42 
 
 
399 aa  174  2e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3197  beta-lactamase  32.19 
 
 
417 aa  174  2e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.27684  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3704  beta-lactamase  31.23 
 
 
407 aa  174  2e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.136974  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3853  Beta-lactamase  32.73 
 
 
415 aa  174  2e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2815  putative beta-lactamase  30.79 
 
 
424 aa  175  2e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.211765  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1560  beta-lactamase  36.49 
 
 
412 aa  173  6e-42  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3477  beta-lactamase  33.42 
 
 
409 aa  172  9e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.295738  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3256  beta-lactamase  30.03 
 
 
420 aa  171  3e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.748817  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4911  beta-lactamase  32.88 
 
 
405 aa  171  3e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366711  normal  0.312194 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1601  beta-lactamase  32.48 
 
 
444 aa  170  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3485  beta-lactamase  32.88 
 
 
440 aa  171  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.807296  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2298  beta-lactamase  32.54 
 
 
440 aa  170  4e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.322057  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0831  beta-lactamase  30.37 
 
 
445 aa  170  4e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.23283  normal  0.655791 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2480  beta-lactamase  31.44 
 
 
411 aa  170  4e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.26212 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2209  beta-lactamase  30.08 
 
 
420 aa  169  6e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.683727  normal  0.729907 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3743  beta-lactamase  32.72 
 
 
420 aa  169  1e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4820  beta-lactamase  32.72 
 
 
420 aa  169  1e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.85681  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2361  beta-lactamase  31.79 
 
 
401 aa  168  2e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.597204  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2408  beta-lactamase  31.79 
 
 
401 aa  168  2e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.234051  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2440  beta-lactamase  30 
 
 
422 aa  167  3e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2402  beta-lactamase  31.79 
 
 
401 aa  167  3e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1896  beta-lactamase  31.33 
 
 
425 aa  167  4e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.227365  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5786  beta-lactamase family protein  31.5 
 
 
420 aa  165  1e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0584533 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0011  beta-lactamase  29.92 
 
 
427 aa  165  1e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  1.20746e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3006  beta-lactamase  32.88 
 
 
423 aa  164  2e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2359  beta-lactamase  31.61 
 
 
411 aa  164  3e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3149  beta-lactamase  31.94 
 
 
430 aa  164  3e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.360137  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1690  beta-lactamase  31.68 
 
 
426 aa  164  4e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3749  beta-lactamase  32.98 
 
 
401 aa  163  4e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0280744 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2750  beta-lactamase  31.78 
 
 
437 aa  163  5e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.106005  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0637  beta-lactamase  30.08 
 
 
424 aa  162  8e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000302256  normal  0.230717 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2694  beta-lactamase  33.33 
 
 
453 aa  160  4e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.493154  normal  0.955083 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1798  beta-lactamase  29.9 
 
 
426 aa  159  6e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.491739  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3702  beta-lactamase  30.3 
 
 
430 aa  159  7e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0870  beta-lactamase  31.45 
 
 
410 aa  159  7e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.487192  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0570  beta-lactamase  29.79 
 
 
438 aa  159  9e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5097  beta-lactamase family penicillin binding protein  29.49 
 
 
411 aa  159  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0814  beta-lactamase  33.08 
 
 
422 aa  158  1e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0590  beta-lactamase  29.61 
 
 
452 aa  158  2e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0866  beta-lactamase  28.53 
 
 
382 aa  156  5e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1214  beta-lactamase  30.56 
 
 
435 aa  156  8e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1762  beta-lactamase  30.48 
 
 
431 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178293  normal  0.700473 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11398  hypothetical protein  32.08 
 
 
401 aa  154  4e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2251  beta-lactamase  30.39 
 
 
432 aa  154  4e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6918  putative penicillin binding protein  34.15 
 
 
422 aa  150  4e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.457647 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2658  beta-lactamase  30.81 
 
 
401 aa  149  1e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1842  beta-lactamase  29.65 
 
 
418 aa  147  3e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.794756  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2525  beta-lactamase  28.53 
 
 
377 aa  147  4e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0589  beta-lactamase  30.03 
 
 
438 aa  145  9e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>