More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0028 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_0028  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  100 
 
 
362 aa  727  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370595  normal  0.102793 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  44.92 
 
 
378 aa  309  5e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000249838  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2648  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  44.41 
 
 
383 aa  300  3e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  2.78082e-11  normal  0.0916898 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5455  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  44.97 
 
 
369 aa  292  8e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4975  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  39.11 
 
 
370 aa  253  4e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0890752 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0313  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.16 
 
 
371 aa  244  2e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  37.47 
 
 
376 aa  238  2e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0951632  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0232  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  37.43 
 
 
372 aa  231  1e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0239  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  37.15 
 
 
372 aa  229  4e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2271  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.64 
 
 
369 aa  223  3e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.897407  normal  0.90491 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4042  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  39.04 
 
 
379 aa  222  6e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2476  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.92 
 
 
398 aa  216  7e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.92 
 
 
398 aa  215  1e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.12 
 
 
390 aa  214  1e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4083  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  37.92 
 
 
398 aa  214  2e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386649  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3962  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  37.54 
 
 
370 aa  214  2e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3915  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  37.92 
 
 
398 aa  214  2e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4022  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  37.92 
 
 
398 aa  214  2e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3977  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  37.92 
 
 
398 aa  214  2e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.618282 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3561  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.92 
 
 
396 aa  214  2e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0918  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.92 
 
 
398 aa  213  4e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.908418  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3395  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  35.47 
 
 
369 aa  211  1e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1050  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.08 
 
 
381 aa  211  1e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.140519 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0435  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  37.18 
 
 
383 aa  208  1e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00387295  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3263  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.46 
 
 
378 aa  207  3e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109153 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0032  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.85 
 
 
375 aa  204  1e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0038  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.29 
 
 
375 aa  202  5e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4643  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.46 
 
 
421 aa  200  2e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4290  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.6 
 
 
385 aa  200  4e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0251584  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4686  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.65 
 
 
378 aa  200  4e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.455034  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2580  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.14 
 
 
369 aa  197  2e-49  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1717  putative racemase  37.78 
 
 
359 aa  195  8e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.640537  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5408  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.11 
 
 
396 aa  195  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00119776 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5348  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.71 
 
 
396 aa  194  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.628473 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0822  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.06 
 
 
370 aa  194  3e-48  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  36.84 
 
 
384 aa  192  6e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0466  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.84 
 
 
377 aa  184  2e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3336  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.77 
 
 
381 aa  182  5e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2405  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.43 
 
 
374 aa  181  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.44174  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5118  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  32.23 
 
 
382 aa  179  7e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808237  normal  0.197598 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1497  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  35.21 
 
 
351 aa  178  2e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.948555 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5897  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.06 
 
 
382 aa  177  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.335458  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3136  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.71 
 
 
367 aa  174  2e-42  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.207627 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3874  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.34 
 
 
401 aa  163  5e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0228827  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0787  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.15 
 
 
379 aa  160  3e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0540026 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4981  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.95 
 
 
389 aa  159  9e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.713473  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2021  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.97 
 
 
362 aa  159  1e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.23 
 
 
388 aa  155  1e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7246  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.98 
 
 
380 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  1.77277e-06  normal  0.41126 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4982  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.22 
 
 
390 aa  154  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.601828  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3195  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  31.58 
 
 
390 aa  153  5e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4441  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.92 
 
 
366 aa  151  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0105953  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1285  putative mandelate racemase/muconate lactonizingenzyme  34.35 
 
 
382 aa  151  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.974415  normal  0.444829 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0897  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  33.91 
 
 
387 aa  150  3e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.129101  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.12 
 
 
373 aa  150  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5519  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.29 
 
 
381 aa  150  4e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.152569  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5866  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.84 
 
 
389 aa  148  2e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0167811  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6746  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.97 
 
 
368 aa  147  4e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4708  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.31 
 
 
358 aa  146  5e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3858  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.35 
 
 
373 aa  146  6e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0581351  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2836  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.78 
 
 
390 aa  145  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.182529  normal  0.329907 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29 
 
 
373 aa  144  3e-33  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0799  mandelate racemase  35.79 
 
 
361 aa  143  4e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.934998  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4191  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  33.68 
 
 
364 aa  143  4e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6459  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.5 
 
 
377 aa  143  6e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0253922  hitchhiker  3.13702e-07 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4374  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.74 
 
 
390 aa  141  1e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5805  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.18 
 
 
390 aa  141  2e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.598482  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1308  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.22 
 
 
384 aa  141  2e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.577493  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3056  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.22 
 
 
390 aa  141  2e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5055  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  31.18 
 
 
390 aa  141  2e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.902489  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3211  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.9 
 
 
390 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.514043  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5071  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.9 
 
 
390 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435068  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0470  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.21 
 
 
367 aa  140  3e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0773  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  34.79 
 
 
366 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3682  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.89 
 
 
384 aa  140  4e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.137461  normal  0.0394567 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4061  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.93 
 
 
375 aa  140  4e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0785  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  34.79 
 
 
366 aa  140  5e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.244096  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8215  phosphopyruvate hydratase  29.1 
 
 
431 aa  139  5e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0947  mandelate racemase  34.79 
 
 
366 aa  140  5e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.215309  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0809  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.81 
 
 
365 aa  140  5e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2447  putative mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.95 
 
 
391 aa  139  6e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549803  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4577  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  34.83 
 
 
360 aa  138  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.145361  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36070  hypothetical protein  32.55 
 
 
391 aa  139  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  8.46029e-09 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3074  hypothetical protein  32.55 
 
 
391 aa  138  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.315148  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1987  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  32.71 
 
 
363 aa  137  3e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.392929  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4287  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.8 
 
 
405 aa  136  7e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.723676 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3392  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.02 
 
 
398 aa  135  8e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0131029  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0547  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  31.27 
 
 
400 aa  135  8e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0135  putative mandelate racemase (MdlA)  32.96 
 
 
359 aa  135  2e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1207  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.86 
 
 
392 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0857  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.74 
 
 
365 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2719  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  32.8 
 
 
362 aa  134  3e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5180  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  34.23 
 
 
364 aa  133  5e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  3.9481e-06  normal  0.486404 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5506  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.56 
 
 
366 aa  132  7e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.204068  normal  0.317961 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0861  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.46 
 
 
365 aa  132  7e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.583508  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5689  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.86 
 
 
392 aa  132  8e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.905556 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1862  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  33.11 
 
 
370 aa  132  9e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.324326  normal  0.225568 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1030  putative mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.86 
 
 
392 aa  131  2e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.778904  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09220  Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  31.86 
 
 
394 aa  131  2e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.986442  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3468  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.56 
 
 
392 aa  130  4e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.128866 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>