More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BARBAKC583_0834 on replicon NC_008783
Organism: Bartonella bacilliformis KC583



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008783  BARBAKC583_0834  cold-shock DNA-binding family protein  100 
 
 
179 aa  365  1e-100  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.253832  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1228  cold-shock family protein  65.73 
 
 
193 aa  250  8.000000000000001e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1923  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.73 
 
 
193 aa  250  9.000000000000001e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.384724  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1266  cold-shock family protein  65.17 
 
 
193 aa  247  6e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.397552  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1733  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.16 
 
 
197 aa  238  2.9999999999999997e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1550  cold-shock DNA-binding domain protein  62.87 
 
 
192 aa  233  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.666809 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1744  cold-shock DNA-binding domain protein  60.23 
 
 
192 aa  232  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000196433  normal  0.915282 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.47 
 
 
192 aa  231  6e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0373427  hitchhiker  0.000349803 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2286  cold shock protein  61.68 
 
 
192 aa  228  5e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00549771  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1609  cold-shock protein, DNA-binding  59.88 
 
 
217 aa  224  3e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0789892  normal  0.308571 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2791  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.72 
 
 
220 aa  221  3e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.190915  normal  0.419031 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2801  cold-shock DNA-binding domain protein  58.14 
 
 
235 aa  218  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.674549  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4038  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.08 
 
 
217 aa  216  2e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0877657 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2142  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.08 
 
 
217 aa  215  2.9999999999999998e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.584578  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2530  cold-shock DNA-binding domain protein  56.98 
 
 
219 aa  213  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2938  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.98 
 
 
221 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.645608  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1882  cold-shock DNA-binding domain protein  57.56 
 
 
189 aa  203  9e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0381  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.4 
 
 
204 aa  203  1e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.58799 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4174  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.28 
 
 
192 aa  203  1e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.524647  normal  0.907911 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3196  cold-shock DNA-binding domain protein  58.14 
 
 
181 aa  202  2e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2736  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.55 
 
 
201 aa  202  3e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.634457 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3232  cold-shock DNA-binding domain protein  56.4 
 
 
181 aa  195  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.336817 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3007  cold-shock protein DNA-binding  56.4 
 
 
202 aa  196  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0372335  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0551  cold-shock DNA-binding domain protein  54.44 
 
 
189 aa  194  6e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2974  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.67 
 
 
199 aa  156  1e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.42307 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1552  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.75 
 
 
205 aa  152  2e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.786136  normal  0.720192 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3010  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.68 
 
 
201 aa  147  8e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850387  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2557  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.96 
 
 
198 aa  124  5e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.557959  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2474  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.87 
 
 
181 aa  112  2.0000000000000002e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.251539  normal  0.0229175 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0859  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.78 
 
 
197 aa  111  7.000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384047  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1788  putative cold shock protein  36.77 
 
 
173 aa  108  5e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000033725  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1149  cold-shock DNA-binding protein family protein  33.91 
 
 
179 aa  105  3e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.000000000107907  normal  0.195461 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1053  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.94 
 
 
180 aa  102  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1021  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.94 
 
 
180 aa  101  5e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0436807  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2346  cold-shock DNA-binding protein family protein  34.94 
 
 
180 aa  101  5e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1498  cold-shock DNA-binding protein family protein  33.75 
 
 
174 aa  101  5e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.919918  normal  0.868857 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0105  cold-shock DNA-binding domain protein  32.57 
 
 
204 aa  87.8  7e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.310654  normal  0.194385 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0538  cold-shock DNA-binding domain protein  31.13 
 
 
217 aa  82.4  0.000000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0192  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.58 
 
 
241 aa  80.5  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.171575  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1528  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.25 
 
 
224 aa  76.6  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.689513  normal  0.786377 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3723  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.38 
 
 
179 aa  74.7  0.0000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0346  cold-shock DNA-binding domain protein  28.09 
 
 
242 aa  72.8  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.631485  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2262  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  27.78 
 
 
242 aa  72  0.000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00533118 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  30.32 
 
 
311 aa  70.9  0.000000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  26.98 
 
 
310 aa  69.3  0.00000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3142  cold-shock DNA-binding protein family protein  35.51 
 
 
267 aa  69.3  0.00000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.11906  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0144  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  27.23 
 
 
259 aa  68.6  0.00000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.569824  normal  0.04146 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2344  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  28.9 
 
 
249 aa  65.9  0.0000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.157339 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3156  cold-shock DNA-binding domain protein  26.26 
 
 
268 aa  65.5  0.0000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2559  cold-shock DNA-binding domain protein  40.91 
 
 
67 aa  62.4  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0164583 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2256  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.65 
 
 
68 aa  62.4  0.000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2901  cold-shock DNA-binding protein family protein  30.32 
 
 
288 aa  61.6  0.000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  41.27 
 
 
67 aa  61.2  0.000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2503  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.3 
 
 
68 aa  61.2  0.000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000079429  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4932  major cold shock protein  38.24 
 
 
70 aa  60.5  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.859989 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3877  major cold shock protein  38.24 
 
 
70 aa  60.5  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.76351  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03406  major cold shock protein  38.24 
 
 
70 aa  60.5  0.00000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0156  cold-shock DNA-binding domain protein  38.24 
 
 
70 aa  60.5  0.00000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4052  major cold shock protein  38.24 
 
 
70 aa  60.5  0.00000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3970  major cold shock protein  38.24 
 
 
70 aa  60.5  0.00000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5134  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.42 
 
 
67 aa  60.5  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.984065  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3757  major cold shock protein  38.24 
 
 
70 aa  60.5  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4033  major cold shock protein  38.24 
 
 
70 aa  60.5  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.661127  normal  0.575238 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1151  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.42 
 
 
67 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114699  normal  0.306384 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3845  major cold shock protein  38.24 
 
 
70 aa  60.5  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.644384  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0559  putative cold-shock protein  37.31 
 
 
69 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6397  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.42 
 
 
67 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.257839 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.42 
 
 
67 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.044588  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5524  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.42 
 
 
67 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337597  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3864  major cold shock protein  38.24 
 
 
70 aa  60.5  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3973  major cold shock protein  38.24 
 
 
70 aa  60.5  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3929  major cold shock protein  38.24 
 
 
70 aa  60.5  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.42 
 
 
67 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.325578  normal  0.535982 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05960  putative cold-shock protein  37.31 
 
 
69 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.979044  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.3 
 
 
67 aa  60.5  0.00000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03357  hypothetical protein  38.24 
 
 
70 aa  60.5  0.00000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5888  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.42 
 
 
67 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.232235  normal  0.225892 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0160  major cold shock protein  38.24 
 
 
70 aa  60.5  0.00000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2628  stress response protein CspD  42.42 
 
 
68 aa  59.7  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1732  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.79 
 
 
66 aa  60.1  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000101176  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4995  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.42 
 
 
67 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833631  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3462  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.55 
 
 
210 aa  59.7  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1965  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.23 
 
 
70 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000020659  normal  0.0130883 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04410  cold shock domain protein CspD  29.37 
 
 
317 aa  59.7  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.528564 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2229  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.42 
 
 
68 aa  59.7  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.205522  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1646  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.42 
 
 
68 aa  59.7  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000452654  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1721  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.42 
 
 
68 aa  59.7  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000154262  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3615  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.76 
 
 
84 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00635954  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1751  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.42 
 
 
68 aa  59.7  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00123105  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2369  cold-shock DNA-binding domain protein  45.45 
 
 
73 aa  59.3  0.00000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1505  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.3 
 
 
66 aa  59.3  0.00000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.248091  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2467  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.42 
 
 
68 aa  59.3  0.00000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000143105  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2587  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.42 
 
 
68 aa  59.3  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.138  normal  0.042071 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1165  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.62 
 
 
69 aa  59.3  0.00000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.122246 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1877  cold-shock DNA-binding domain protein  42.42 
 
 
68 aa  59.3  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00131631  hitchhiker  0.0000956681 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2474  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.42 
 
 
68 aa  59.3  0.00000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00220065  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1710  cold-shock DNA-binding domain protein  43.48 
 
 
73 aa  59.3  0.00000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.138064  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2463  cold shock protein CspA  34.78 
 
 
70 aa  58.9  0.00000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.222592  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1388  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.91 
 
 
67 aa  58.9  0.00000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000202704  normal  0.239262 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3227  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.78 
 
 
70 aa  58.9  0.00000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.751558  normal  0.890411 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>