87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avin_43730 on replicon NC_012560
Organism: Azotobacter vinelandii DJ



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2752  hypothetical protein  86.04 
 
 
444 aa  780    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43730  hypothetical protein  100 
 
 
446 aa  911    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.959668  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43720  hypothetical protein  74.43 
 
 
446 aa  661    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35207  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2751  hypothetical protein  71.72 
 
 
446 aa  670    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3001  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  85.81 
 
 
444 aa  776    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.137427  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3002  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  71.49 
 
 
466 aa  671    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7160  hypothetical protein  75.24 
 
 
449 aa  673    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108123  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2547  hypothetical protein  68.37 
 
 
429 aa  597  1e-169  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.53503  normal  0.845689 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3802  hypothetical protein  67.8 
 
 
457 aa  589  1e-167  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0819187  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3494  hypothetical protein  67.8 
 
 
457 aa  590  1e-167  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.943914  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3876  hypothetical protein  67.07 
 
 
454 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.181447 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7159  hypothetical protein  64.46 
 
 
442 aa  545  1e-154  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.907788  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43750  hypothetical protein  58.55 
 
 
444 aa  540  9.999999999999999e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.675363  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2987  hypothetical protein  57.79 
 
 
443 aa  525  1e-148  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.156171  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2984  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  56.11 
 
 
441 aa  521  1e-147  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.478657  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2770  hypothetical protein  56.11 
 
 
441 aa  521  1e-146  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43510  hypothetical protein  59.37 
 
 
441 aa  518  1.0000000000000001e-145  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0230529  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0552  hypothetical protein  57.59 
 
 
441 aa  509  1e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.115646  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4295  hypothetical protein  49.89 
 
 
447 aa  445  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  decreased coverage  0.00229611 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5149  hypothetical protein  49.44 
 
 
444 aa  441  1e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1435  hypothetical protein  47.71 
 
 
455 aa  432  1e-120  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0758673  hitchhiker  0.00000490769 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0253  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  45.98 
 
 
440 aa  414  1e-114  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0750632  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5035  hypothetical protein  46.63 
 
 
441 aa  407  1.0000000000000001e-112  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0218  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  45.71 
 
 
445 aa  404  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0264  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  45.61 
 
 
445 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2721  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  45.67 
 
 
441 aa  396  1e-109  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.178646  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3611  hypothetical protein  43.75 
 
 
442 aa  370  1e-101  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.426846 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5010  hypothetical protein  44.44 
 
 
443 aa  368  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3438  hypothetical protein  44.26 
 
 
443 aa  367  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0135692 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0466  hypothetical protein  43.84 
 
 
441 aa  362  9e-99  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0457  hypothetical protein  43.84 
 
 
441 aa  361  1e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.734895  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0600  hypothetical protein  44.29 
 
 
444 aa  359  4e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3538  hypothetical protein  42.27 
 
 
437 aa  353  4e-96  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000073392  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0783  hypothetical protein  43.21 
 
 
440 aa  347  2e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0565  hypothetical protein  43.56 
 
 
440 aa  341  2e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0304954 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1155  hypothetical protein  40.49 
 
 
438 aa  335  9e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0965806  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0052  Fis family transcriptional regulator  41.32 
 
 
426 aa  316  6e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2221  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  41.28 
 
 
429 aa  315  9.999999999999999e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.44239  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0950  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.03 
 
 
429 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2275  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.03 
 
 
429 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.135697  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0380  high-affinity branched-chain amino acid transport system periplasmic binding protein livK  40.93 
 
 
426 aa  306  6e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0649125  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0119  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein, putative  40.44 
 
 
427 aa  291  2e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.232449  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4004  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein  38.96 
 
 
450 aa  284  2.0000000000000002e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.781532  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2949  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  33.33 
 
 
438 aa  197  5.000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0366338  normal  0.0607744 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5205  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  32.57 
 
 
444 aa  193  6e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5291  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  32.9 
 
 
418 aa  177  3e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  25.72 
 
 
394 aa  103  6e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  23.96 
 
 
403 aa  82  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.97 
 
 
410 aa  81.6  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.71 
 
 
420 aa  80.9  0.00000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  22.31 
 
 
389 aa  79  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0029  extracellular ligand-binding receptor  21.75 
 
 
393 aa  72.8  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3839  extracellular ligand-binding receptor  24.14 
 
 
397 aa  72  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0951081  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4065  extracellular ligand-binding receptor  23.64 
 
 
391 aa  70.5  0.00000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  23.8 
 
 
385 aa  67.8  0.0000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  22.09 
 
 
389 aa  66.2  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0139  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component  26.5 
 
 
402 aa  58.5  0.0000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  22.57 
 
 
410 aa  58.9  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1546  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  24.06 
 
 
404 aa  53.9  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.102523  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  21.41 
 
 
411 aa  53.5  0.000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000400  ABC transporter substrate-binding protein  22.49 
 
 
414 aa  53.5  0.000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  23.45 
 
 
410 aa  52.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  21.41 
 
 
411 aa  52.4  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22.04 
 
 
425 aa  53.1  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  23.45 
 
 
411 aa  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  20.87 
 
 
411 aa  50.8  0.00005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0300  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  24.46 
 
 
426 aa  49.3  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.652614  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  24.63 
 
 
407 aa  48.9  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3506  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  24.33 
 
 
408 aa  48.5  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  24.26 
 
 
407 aa  47.4  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  22.92 
 
 
407 aa  45.8  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  21.79 
 
 
402 aa  45.8  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2305  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  23.6 
 
 
424 aa  46.2  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.883037  normal  0.020868 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  23.53 
 
 
404 aa  46.2  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  23.1 
 
 
382 aa  46.2  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  24.13 
 
 
398 aa  45.8  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0121  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
406 aa  45.8  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2445  Extracellular ligand-binding receptor  22.34 
 
 
397 aa  45.4  0.002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7651  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  26.47 
 
 
415 aa  45.1  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.99279  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  25 
 
 
395 aa  45.1  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2607  putative branched-chain amino acid ABC transporter  23.77 
 
 
414 aa  44.7  0.003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  22.5 
 
 
385 aa  45.1  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  22.33 
 
 
408 aa  45.1  0.003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4614  extracellular ligand-binding receptor  24.16 
 
 
406 aa  44.3  0.004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  23.01 
 
 
410 aa  43.9  0.006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  23.6 
 
 
414 aa  43.9  0.006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  21.15 
 
 
406 aa  43.1  0.01  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>