More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avin_30980 on replicon NC_012560
Organism: Azotobacter vinelandii DJ



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012560  Avin_30980  Transcriptional regulator LysR family protein  100 
 
 
303 aa  605  9.999999999999999e-173  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2539  LysR family transcriptional regulator  69.73 
 
 
296 aa  425  1e-118  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00516112 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3227  LysR family transcriptional regulator  68.71 
 
 
296 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1794  transcriptional regulator, LysR family  66.33 
 
 
301 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3600  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  66.33 
 
 
322 aa  402  1e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0326456  normal  0.336549 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30450  LysR family transcriptional regulator  67.69 
 
 
298 aa  380  1e-104  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21680  Transcriptional regulator, LysR family  62.59 
 
 
273 aa  341  1e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291756  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1550  transcriptional regulator, LysR family  57.19 
 
 
303 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.93213 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4155  LysR family transcriptional regulator  51.47 
 
 
307 aa  280  3e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.532001  normal  0.288769 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4332  LysR family transcriptional regulator  50.74 
 
 
322 aa  277  2e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.399198  normal  0.192569 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1753  LysR family transcriptional regulator  51.1 
 
 
305 aa  276  3e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0990804  normal  0.117746 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4108  LysR family transcriptional regulator  51.84 
 
 
324 aa  275  8e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.147641  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4258  LysR family transcriptional regulator  51.84 
 
 
324 aa  275  8e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000322275  normal  0.291144 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3259  LysR family transcriptional regulator  51.1 
 
 
307 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5230  LysR family transcriptional regulator  61.32 
 
 
212 aa  264  1e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.957267  normal  0.114688 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3682  LysR family transcriptional regulator  52.94 
 
 
326 aa  263  3e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475547  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1913  LysR family transcriptional regulator  45.98 
 
 
281 aa  236  3e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1243  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
316 aa  225  6e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0027  transcriptional regulatory protein  42.16 
 
 
312 aa  216  5e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000739069  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3798  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 
312 aa  216  5e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000255369  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3859  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 
312 aa  216  5e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.000387155  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3119  transcriptional regulatory protein  41.11 
 
 
312 aa  211  1e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000000234841  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0213  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 
309 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000718825  unclonable  0.0000000000104245 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0237  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 
306 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000000618389  unclonable  0.0000000000250683 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0229  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
306 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.00000000369009  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2796  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 
309 aa  199  6e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000015017  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0290  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
309 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000353581  unclonable  0.0000000000404999 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3409  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 
309 aa  194  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.0000000000205674  normal  0.256095 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0310  LysR family transcriptional regulator  39.7 
 
 
292 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000418472  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3677  transcriptional regulator, LysR family  29.8 
 
 
292 aa  90.9  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307485  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5310  LysR family transcriptional regulator  31.22 
 
 
296 aa  86.3  6e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  26.75 
 
 
306 aa  86.3  7e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  26.75 
 
 
306 aa  86.3  7e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1241  transcriptional regulator, LysR family  35.1 
 
 
315 aa  85.9  9e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  26.75 
 
 
306 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4254  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  25.28 
 
 
284 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  29.36 
 
 
320 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5799  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 
306 aa  84.7  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.192087 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  23.57 
 
 
295 aa  84.7  0.000000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 
296 aa  84  0.000000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 
328 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 
321 aa  83.2  0.000000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  24.68 
 
 
319 aa  83.2  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  26.34 
 
 
309 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1728  LysR substrate binding domain-containing protein  37.4 
 
 
302 aa  82  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1613  LysR substrate binding domain protein  37.4 
 
 
302 aa  82  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.294229  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1664  LysR substrate binding domain protein  37.4 
 
 
302 aa  80.9  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  26.86 
 
 
291 aa  80.9  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  25.94 
 
 
302 aa  81.3  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2156  LysR family transcriptional regulator  23.87 
 
 
300 aa  80.9  0.00000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 
305 aa  80.1  0.00000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.69 
 
 
304 aa  79.7  0.00000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  29.22 
 
 
303 aa  79.3  0.00000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  26.05 
 
 
304 aa  79.3  0.00000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  25.56 
 
 
302 aa  79.3  0.00000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.57 
 
 
302 aa  79  0.00000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2782  transcriptional regulator, LysR family  27.84 
 
 
294 aa  79  0.00000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4510  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 
308 aa  79  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172827  normal  0.41646 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0988  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 
310 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.665564 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2098  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 
312 aa  78.6  0.0000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0305237  normal  0.157419 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  31.69 
 
 
304 aa  78.6  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  33.91 
 
 
300 aa  78.6  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  23.4 
 
 
300 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 
292 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.57 
 
 
305 aa  77.8  0.0000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0808  transcriptional regulator, LysR family  25.84 
 
 
294 aa  77.8  0.0000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1718  transcriptional regulator, LysR family  36.67 
 
 
303 aa  77.8  0.0000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.296556  normal  0.0833861 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 
293 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  27.8 
 
 
297 aa  77  0.0000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5127  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 
295 aa  77  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.153016  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 
293 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2940  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 
301 aa  77  0.0000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0170064  decreased coverage  0.0000113665 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.57 
 
 
305 aa  77.4  0.0000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.22 
 
 
305 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.748146 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  26.22 
 
 
305 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  26.22 
 
 
305 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.22 
 
 
305 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 
306 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.21 
 
 
305 aa  76.6  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4707  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 
294 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0240771 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.21 
 
 
305 aa  76.6  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.21 
 
 
305 aa  76.6  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.22 
 
 
305 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.22 
 
 
305 aa  77  0.0000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 
313 aa  77  0.0000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.21 
 
 
305 aa  76.6  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.21 
 
 
305 aa  76.6  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.22 
 
 
305 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.22 
 
 
305 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  26.22 
 
 
305 aa  77  0.0000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  33.74 
 
 
316 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 
300 aa  76.6  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  28.22 
 
 
293 aa  76.6  0.0000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  33.74 
 
 
316 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0191  LysR family transcriptional regulator  24.38 
 
 
288 aa  76.3  0.0000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 
295 aa  76.3  0.0000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0448  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 
297 aa  76.3  0.0000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.32 
 
 
305 aa  76.3  0.0000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0226  LysR family transcriptional regulator  24.38 
 
 
288 aa  75.9  0.0000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2486  LysR family transcriptional regulator  30.84 
 
 
296 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.521552  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>