More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avin_21400 on replicon NC_012560
Organism: Azotobacter vinelandii DJ



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
317 aa  647    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  79.86 
 
 
290 aa  475  1e-133  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  75.09 
 
 
283 aa  434  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2043  LysR family transcriptional regulator  58.27 
 
 
301 aa  338  9.999999999999999e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0201239 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3972  transcriptional regulator, LysR family  54.48 
 
 
290 aa  315  8e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.539767  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4138  LysR family transcriptional regulator  53.38 
 
 
292 aa  307  2.0000000000000002e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.151589 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1220  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 
289 aa  293  4e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.286254  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1129  transcriptional regulator, LysR family  49.12 
 
 
289 aa  291  1e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.412971  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0274  LysR family transcriptional regulator  48.87 
 
 
286 aa  279  4e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2551  transcriptional regulator, LysR family  46.21 
 
 
311 aa  265  5e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.405251  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2833  LysR family transcriptional regulator  45.73 
 
 
312 aa  258  9e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000597917  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1817  LysR-family transcriptional regulatory protein  46.42 
 
 
309 aa  257  2e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  45.71 
 
 
316 aa  257  2e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1452  transcriptional regulator LrhA  46.42 
 
 
309 aa  257  2e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1393  transcriptional regulator, LysR family  44.83 
 
 
309 aa  257  2e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00391228  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  46.42 
 
 
310 aa  257  2e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2676  HTH-type transcriptional regulator PecT  44.63 
 
 
312 aa  255  8e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00370653  normal  0.784227 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2514  HTH-type transcriptional regulator PecT  44.63 
 
 
312 aa  255  8e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00051335  normal  0.704874 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2469  HTH-type transcriptional regulator PecT  44.63 
 
 
312 aa  255  8e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000182505  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2558  HTH-type transcriptional regulator PecT  44.63 
 
 
312 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000175067  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  45.71 
 
 
316 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2569  HTH-type transcriptional regulator PecT  44.3 
 
 
312 aa  252  7e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00146874  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02214  DNA-binding transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes  44.71 
 
 
312 aa  250  2e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2444  transcriptional regulator LrhA  44.71 
 
 
312 aa  250  2e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.531383  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02174  hypothetical protein  44.71 
 
 
312 aa  250  2e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2438  transcriptional regulator LrhA  44.71 
 
 
312 aa  250  2e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.340717  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1363  LysR family transcriptional regulator  44.71 
 
 
312 aa  250  2e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.556937 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1367  transcriptional regulator, LysR family  44.71 
 
 
312 aa  250  3e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.189941  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2582  transcriptional regulator LrhA  44.71 
 
 
312 aa  249  3e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.210285  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2665  transcriptional regulator LrhA  44.71 
 
 
312 aa  249  3e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0194806  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3428  transcriptional regulator LrhA  44.71 
 
 
312 aa  249  3e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0286077  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  44.88 
 
 
311 aa  247  2e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4190  LysR family transcriptional regulator  43.37 
 
 
282 aa  229  5e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0252504  normal  0.417297 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3930  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 
283 aa  208  1e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.983373  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 
298 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 
283 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 
284 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  36.1 
 
 
284 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 
296 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.46 
 
 
296 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 
283 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 
283 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.12 
 
 
291 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 
283 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 
283 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  37.35 
 
 
309 aa  169  7e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 
290 aa  167  2e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 
321 aa  166  4e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 
294 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 
323 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 
284 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 
284 aa  163  3e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  35.6 
 
 
295 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
322 aa  159  5e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  35.8 
 
 
316 aa  159  6e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
299 aa  159  6e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 
292 aa  159  6e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2857  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 
348 aa  159  7e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.682675 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 
306 aa  158  9e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 
287 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2994  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 
348 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 
306 aa  156  3e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 
322 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 
322 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  34.77 
 
 
285 aa  155  6e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
289 aa  155  7e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 
299 aa  155  1e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 
287 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2125  HTH-type transcriptional regulator  33.33 
 
 
298 aa  155  1e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3943  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 
295 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.691658  normal  0.897444 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
294 aa  154  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4056  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 
295 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.772372  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 
316 aa  152  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0425  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 
281 aa  150  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 
294 aa  151  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 
290 aa  150  4e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 
292 aa  149  6e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6042  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 
302 aa  149  8e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.957083 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  32.54 
 
 
293 aa  149  9e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
296 aa  148  9e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4935  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 
285 aa  149  9e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.929926  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 
294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4417  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 
294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0255776 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 
289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  35.11 
 
 
293 aa  147  3e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2656  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 
277 aa  147  3e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.543187 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2586  transcriptional regulator LysR family  31.53 
 
 
324 aa  146  4.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5004  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 
294 aa  146  6e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492991  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 
294 aa  146  6e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 
316 aa  145  8.000000000000001e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 
299 aa  145  8.000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1431  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 
289 aa  145  9e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 
313 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2742  putative transcriptional regulator  35.23 
 
 
292 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  33.85 
 
 
285 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4271  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 
303 aa  144  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  32.99 
 
 
332 aa  144  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 
288 aa  143  3e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0718  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 
294 aa  144  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.235527 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2517  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 
291 aa  143  4e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0282756 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>