More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avin_20160 on replicon NC_012560
Organism: Azotobacter vinelandii DJ



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012560  Avin_20160  RNA pseudouridine synthase family protein  100 
 
 		 301 aa  602  1.0000000000000001e-171  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38090  putative pseudouridylate synthase  71.82 
 
 		 300 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0112741 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1453  pseudouridine synthase  67.12 
 
 		 293 aa  396  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2133  pseudouridine synthase  65.87 
 
 		 313 aa  390  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112549  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2349  RNA pseudouridine synthase family protein  65.19 
 
 		 296 aa  383  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189292  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3244  RNA pseudouridine synthase family protein  70.44 
 
 		 275 aa  375  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3964  pseudouridine synthase  63.67 
 
 		 297 aa  375  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1652  pseudouridine synthase  67.01 
 
 		 294 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.192086  normal  0.562298 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3629  pseudouridine synthase  66.32 
 
 		 301 aa  363  2e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1629  pseudouridine synthase  65.29 
 
 		 294 aa  361  7.0000000000000005e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1623  pseudouridine synthase  59.3 
 
 		 292 aa  315  7e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449518  normal  0.260522 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2906  pseudouridine synthase  55.36 
 
 		 303 aa  308  8e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.932753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2937  pseudouridine synthase  53.47 
 
 		 302 aa  288  9e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.519419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1895  pseudouridine synthase  50.53 
 
 		 302 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2674  pseudouridine synthase  50 
 
 		 307 aa  267  1e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0930515 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2605  pseudouridine synthase  50.86 
 
 		 314 aa  263  4e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4738  pseudouridine synthase  52.13 
 
 		 303 aa  263  4e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1777  pseudouridine synthase  49.13 
 
 		 304 aa  254  8e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4251  pseudouridine synthase  48.26 
 
 		 305 aa  253  4.0000000000000004e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00270285  normal  0.0267319 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02575  pseudouridylate synthase  64.22 
 
 		 206 aa  246  3e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1330  pseudouridine synthase  49.65 
 
 		 293 aa  246  4e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0166738  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2953  pseudouridine synthase  50.55 
 
 		 293 aa  245  6.999999999999999e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0257  pseudouridine synthase  47.75 
 
 		 293 aa  241  1e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0319588  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0482  pseudouridine synthase  41.67 
 
 		 312 aa  233  3e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1531  pseudouridine synthase  45 
 
 		 303 aa  232  4.0000000000000004e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.216028 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5332  pseudouridine synthase  46.71 
 
 		 302 aa  231  1e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.776192  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4309  pseudouridine synthase  46.42 
 
 		 310 aa  231  2e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  46.62 
 
 		 303 aa  226  5.0000000000000005e-58  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.727795 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0745  pseudouridine synthase  42.07 
 
 		 326 aa  226  5.0000000000000005e-58  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0617  pseudouridine synthase  41.95 
 
 		 314 aa  224  2e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0572  pseudouridine synthase  42.57 
 
 		 306 aa  220  3e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0519  pseudouridine synthase  43.06 
 
 		 305 aa  219  3e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0639  pseudouridine synthase  44.67 
 
 		 362 aa  218  8.999999999999998e-56  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.898355 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0459  pseudouridine synthase  41.84 
 
 		 305 aa  218  1e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3712  pseudouridine synthase  40.8 
 
 		 305 aa  218  1e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3881  pseudouridine synthase  41.5 
 
 		 305 aa  217  2e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.792189  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0433  pseudouridine synthase  41.5 
 
 		 305 aa  217  2e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0418  pseudouridine synthase  40.88 
 
 		 308 aa  217  2e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0445  pseudouridine synthase  41.5 
 
 		 303 aa  216  4e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3537  pseudouridine synthase  40.34 
 
 		 308 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.966501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1212  pseudouridine synthase  43.39 
 
 		 299 aa  211  1e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.415796  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3557  pseudouridine synthase  38.06 
 
 		 326 aa  210  2e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.656396  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4073  pseudouridine synthase  40.88 
 
 		 312 aa  209  4e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0506  pseudouridine synthase  41.5 
 
 		 309 aa  209  4e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.95991 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0554  pseudouridine synthase  43.32 
 
 		 299 aa  208  7e-53  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3348  pseudouridine synthase  41.82 
 
 		 313 aa  204  1e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0242654 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4011  pseudouridine synthase  45.69 
 
 		 305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0549  pseudouridine synthase  37.5 
 
 		 312 aa  194  1e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13329  hypothetical protein  49.78 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03250  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  40 
 
 		 348 aa  190  2e-47  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.243016  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1621  pseudouridine synthase  41.86 
 
 		 285 aa  184  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153149 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0672  pseudouridine synthase  42.5 
 
 		 309 aa  182  7e-45  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.526087  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4820  pseudouridine synthase  44.9 
 
 		 286 aa  178  9e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0140866 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0932  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  42.06 
 
 		 254 aa  177  2e-43  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1278  pseudouridine synthase  44.03 
 
 		 287 aa  176  6e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175088 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1251  pseudouridine synthase  42.06 
 
 		 287 aa  170  3e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.375028  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1268  pseudouridine synthase  42.06 
 
 		 287 aa  170  3e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0431  pseudouridine synthase  37.41 
 
 		 317 aa  167  2.9999999999999998e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.344664  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3559  pseudouridine synthase  40.8 
 
 		 304 aa  153  4e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  37.01 
 
 		 305 aa  139  7e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08910  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  36.39 
 
 		 316 aa  136  4e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.267328  normal  0.027473 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5191  pseudouridine synthase, RluA family  30.77 
 
 		 308 aa  95.1  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000721787 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3978  pseudouridine synthase, RluA family  27.93 
 
 		 306 aa  92.8  7e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4020  pseudouridine synthase, RluA family  27.59 
 
 		 306 aa  91.7  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2882  RluA family pseudouridine synthase  31.98 
 
 		 300 aa  92  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1328  pseudouridine synthase RluA-like  33.14 
 
 		 238 aa  86.7  4e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.182697  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2426  pseudouridine synthase  30.71 
 
 		 315 aa  86.7  5e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.181942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4330  pseudouridine synthase  32.27 
 
 		 245 aa  85.1  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697869 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09301  putative pseudouridylate synthase  32.39 
 
 		 207 aa  84.7  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.47365 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27171  pseudouridine synthase  26.46 
 
 		 338 aa  84.3  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  29.41 
 
 		 217 aa  82  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4080  pseudouridine synthase Rlu family protein  29.06 
 
 		 230 aa  81.3  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  32.5 
 
 		 343 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  33.33 
 
 		 215 aa  78.6  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2226  pseudouridine synthase, RluD  29.63 
 
 		 301 aa  77.8  0.0000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.86 
 
 		 213 aa  78.2  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.372254 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4953  pseudouridine synthase, RluA family  28.16 
 
 		 369 aa  77  0.0000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  32.08 
 
 		 343 aa  77  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  32.21 
 
 		 325 aa  77  0.0000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  31.45 
 
 		 541 aa  77  0.0000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2308  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 237 aa  76.6  0.0000000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000393862  normal  0.0433307 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  30.95 
 
 		 214 aa  77  0.0000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  29.25 
 
 		 219 aa  76.3  0.0000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_14067  predicted protein  28.8 
 
 		 271 aa  76.3  0.0000000000006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.952518  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  31.43 
 
 		 211 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2192  pseudouridine synthase  33.97 
 
 		 226 aa  75.9  0.0000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.56 
 
 		 296 aa  75.1  0.000000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.13 
 
 		 218 aa  75.5  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  32.23 
 
 		 211 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1600  pseudouridine synthase, RluA family  34.09 
 
 		 525 aa  75.5  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.220651  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1592  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  30.67 
 
 		 212 aa  74.7  0.000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0912  pseudouridine synthase, RluA family  32.02 
 
 		 558 aa  74.3  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00634483 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1318  pseudouridine synthase Rlu family protein  27.31 
 
 		 242 aa  74.3  0.000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.74 
 
 		 296 aa  74.3  0.000000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3654  pseudouridine synthase  30.49 
 
 		 225 aa  74.7  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.599678  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_33477  DRAP deaminase  30 
 
 		 585 aa  73.9  0.000000000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.261571 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3242  pseudouridine synthase, RluA family  23.93 
 
 		 303 aa  73.9  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.341693  normal  0.607359 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  32.23 
 
 		 211 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  28.22 
 
 		 311 aa  73.6  0.000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.3 
 
 		 337 aa  73.6  0.000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>