More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avin_07880 on replicon NC_012560
Organism: Azotobacter vinelandii DJ



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012560  Avin_20600  geranyltranstransferase  100 
 
 
295 aa  578  1e-164  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.715859  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07880  geranyltranstransferase  100 
 
 
295 aa  578  1e-164  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.408699  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3841  farnesyl-diphosphate synthase  81.97 
 
 
295 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.599692  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0699  geranyltranstransferase  78.64 
 
 
295 aa  426  1e-118  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11560  geranyltranstransferase  81.69 
 
 
295 aa  427  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0528  polyprenyl synthetase  77.63 
 
 
295 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0605  polyprenyl synthetase  79.32 
 
 
295 aa  423  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.173751 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0580  polyprenyl synthetase  78.31 
 
 
295 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0562  polyprenyl synthetase  77.63 
 
 
295 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.109586  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0573  polyprenyl synthetase  77.29 
 
 
295 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1058  geranyltranstransferase  82.03 
 
 
295 aa  412  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.419692  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5006  farnesyl-diphosphate synthase  75.59 
 
 
295 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0833  farnesyl-diphosphate synthase  62.94 
 
 
299 aa  338  8e-92  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0162065  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0945  farnesyl-diphosphate synthase  57.34 
 
 
306 aa  302  5.000000000000001e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2437  polyprenyl synthetase  61.09 
 
 
298 aa  298  1e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2037  polyprenyl synthetase  55.67 
 
 
296 aa  294  1e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2894  Polyprenyl synthetase  58.45 
 
 
292 aa  290  1e-77  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0818  geranyltranstransferase  57.68 
 
 
300 aa  286  2e-76  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004257  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  51.02 
 
 
294 aa  281  9e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0235  polyprenyl synthetase  52.92 
 
 
297 aa  279  3e-74  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2616  farnesyl-diphosphate synthase  58.5 
 
 
294 aa  278  7e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0537917  normal  0.394724 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1257  Polyprenyl synthetase  54.3 
 
 
295 aa  278  1e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00136441  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1651  geranyltranstransferase  54.27 
 
 
291 aa  276  3e-73  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3026  Polyprenyl synthetase  54.3 
 
 
295 aa  275  7e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1599  polyprenyl synthetase  53.92 
 
 
291 aa  273  2.0000000000000002e-72  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1076  polyprenyl synthetase  47.6 
 
 
294 aa  270  2e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00179719  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1975  geranyltranstransferase  55.1 
 
 
306 aa  269  2.9999999999999997e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.668358  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3221  farnesyl-diphosphate synthase  60 
 
 
295 aa  270  2.9999999999999997e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1643  Polyprenyl synthetase  55.1 
 
 
306 aa  269  2.9999999999999997e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000512207 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0934  geranyltranstransferase  49.65 
 
 
298 aa  269  4e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.298715  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1500  polyprenyl synthetase  58.43 
 
 
327 aa  269  4e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2183  Polyprenyl synthetase  54.95 
 
 
297 aa  268  8.999999999999999e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000465843  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1746  farnesyl-diphosphate synthase  57.89 
 
 
306 aa  267  2e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.302231 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0098  farnesyl-diphosphate synthase  58.89 
 
 
285 aa  266  2e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0880  farnesyl-diphosphate synthase  55.48 
 
 
296 aa  266  2.9999999999999995e-70  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0843  geranyltranstransferase  53.63 
 
 
294 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2393  geranyltranstransferase  53.63 
 
 
294 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2535  geranyltranstransferase  53.63 
 
 
294 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2212  farnesyl-diphosphate synthase  53.79 
 
 
294 aa  264  1e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1985  polyprenyl synthetase  58.45 
 
 
307 aa  264  1e-69  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1511  geranyltranstransferase  53.29 
 
 
294 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0329  geranyltranstransferase  53.29 
 
 
294 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0363  geranyltranstransferase  53.29 
 
 
294 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1775  Polyprenyl synthetase  55.14 
 
 
302 aa  263  2e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0714998  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1705  geranyltranstransferase  53.29 
 
 
294 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3060  farnesyl-diphosphate synthase  52.72 
 
 
297 aa  263  3e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.016258  hitchhiker  0.00000723246 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3649  polyprenyl synthetase  53.79 
 
 
294 aa  263  3e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2404  polyprenyl synthetase  54.36 
 
 
297 aa  263  3e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0620494  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3212  geranyltranstransferase  52.72 
 
 
299 aa  263  3e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000111364 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4487  polyprenyl synthetase  53.79 
 
 
294 aa  263  3e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3878  polyprenyl synthetase  53.79 
 
 
294 aa  263  3e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.235577 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0152  Polyprenyl synthetase  49.83 
 
 
309 aa  261  8.999999999999999e-69  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00117274  hitchhiker  0.00332618 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0156  Polyprenyl synthetase  49.83 
 
 
309 aa  261  8.999999999999999e-69  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3328  polyprenyl synthetase  49.49 
 
 
293 aa  260  2e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.271135  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11191  polyprenyl synthetase  50.85 
 
 
300 aa  259  3e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.646183 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4821  polyprenyl synthetase  53.45 
 
 
294 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.221306  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0608  Polyprenyl synthetase  47.12 
 
 
307 aa  258  6e-68  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.887352 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3775  polyprenyl synthetase  52.94 
 
 
294 aa  258  6e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0109984  normal  0.0572479 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1423  Polyprenyl synthetase  49.83 
 
 
300 aa  258  6e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.37451  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3249  polyprenyl synthetase  52.94 
 
 
294 aa  258  6e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.923814  normal  0.018819 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11761  polyprenyl synthetase  48.97 
 
 
299 aa  258  7e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6782  Polyprenyl synthetase  51.9 
 
 
293 aa  258  1e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.750259  hitchhiker  0.0000580202 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2828  farnesyl-diphosphate synthase  51.56 
 
 
293 aa  256  2e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1146  polyprenyl synthetase  55.64 
 
 
293 aa  257  2e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.297824  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3477  polyprenyl synthetase  48.99 
 
 
293 aa  257  2e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.171034  hitchhiker  0.00323812 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1276  polyprenyl synthetase  47.96 
 
 
293 aa  256  4e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0835849  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0416  Polyprenyl synthetase  53.38 
 
 
297 aa  256  4e-67  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2770  polyprenyl synthetase  50.18 
 
 
293 aa  255  7e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.409346 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11601  polyprenyl synthetase  48.62 
 
 
300 aa  254  9e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1570  Polyprenyl synthetase  55.44 
 
 
305 aa  254  9e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0681  polyprenyl synthetase  49.32 
 
 
299 aa  254  1.0000000000000001e-66  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1358  polyprenyl synthetase  48.31 
 
 
293 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00331153  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0613  geranyltranstransferase  53.29 
 
 
294 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15151  polyprenyl synthetase  49.32 
 
 
299 aa  253  3e-66  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.423714  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1663  polyprenyl synthetase  51.32 
 
 
295 aa  253  4.0000000000000004e-66  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.746907  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2132  farnesyl-diphosphate synthase  52.41 
 
 
296 aa  252  5.000000000000001e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.47194  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1081  polyprenyl synthetase  48.28 
 
 
300 aa  252  6e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.168923  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1383  polyprenyl synthetase  47.97 
 
 
293 aa  251  8.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.444608 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3002  Polyprenyl synthetase  47.97 
 
 
293 aa  251  8.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.383925  decreased coverage  0.0000000854993 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1344  polyprenyl synthetase  47.97 
 
 
293 aa  251  8.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00140947  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0831  farnesyl-diphosphate synthase  49.81 
 
 
295 aa  251  9.000000000000001e-66  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000171972  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2632  farnesyl-diphosphate synthase  55.09 
 
 
297 aa  251  9.000000000000001e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11751  polyprenyl synthetase  48.28 
 
 
300 aa  251  1e-65  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0413  geranyltranstransferase  50.68 
 
 
294 aa  251  1e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.058519  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1417  polyprenyl synthetase  48.29 
 
 
296 aa  250  2e-65  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.430266  normal  0.288086 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3372  polyprenyl synthetase  56.93 
 
 
298 aa  249  3e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2893  geranyltranstransferase  59.19 
 
 
303 aa  249  3e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09331  polyprenyl synthetase  49.66 
 
 
306 aa  249  3e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.47365 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0881  farnesyl-diphosphate synthase  57.82 
 
 
294 aa  249  4e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0972  Polyprenyl synthetase  47.46 
 
 
320 aa  248  7e-65  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.23311  normal  0.31243 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2176  polyprenyl synthetase  51.68 
 
 
297 aa  248  7e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000107352  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1697  farnesyl-diphosphate synthase  45.92 
 
 
297 aa  248  7e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.110898 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1668  geranyltranstransferase (farnesyldiphosphate synthase)  52.03 
 
 
296 aa  248  1e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000016201  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0776  farnesyl-diphosphate synthase  48.99 
 
 
301 aa  247  1e-64  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.10408 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1049  farnesyl-diphosphate synthase  51.06 
 
 
294 aa  247  1e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3111  geranyltranstransferase  55.52 
 
 
306 aa  247  2e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2704  farnesyl-diphosphate synthase  46.42 
 
 
309 aa  246  2e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00000153186  normal  0.671867 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3252  geranyltranstransferase  55.52 
 
 
306 aa  247  2e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2990  polyprenyl synthetase  50.19 
 
 
293 aa  246  3e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0298794  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2789  polyprenyl synthetase  48.31 
 
 
293 aa  246  3e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00992702  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>