282 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avin_00030 on replicon NC_012560
Organism: Azotobacter vinelandii DJ



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012560  Avin_00030  recombination protein F  100 
 
 
365 aa  736  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0003  recombination protein F  82.42 
 
 
367 aa  615  1e-175  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.510695  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0003  recombination protein F  82.97 
 
 
367 aa  612  1e-174  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.113705  normal  0.121048 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0012  recombination protein F  82.97 
 
 
367 aa  612  1e-174  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  2.50595e-05 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0005  recombination protein F  82.97 
 
 
367 aa  611  1e-174  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0003  DNA replication and repair protein RecF  81.32 
 
 
367 aa  607  1e-173  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0003  recombination protein F  81.32 
 
 
367 aa  605  1e-172  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0003  recombination protein F  79.56 
 
 
369 aa  602  1e-171  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00030  recombination protein F  79.56 
 
 
369 aa  602  1e-171  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0003  recombination protein F  80.49 
 
 
367 aa  602  1e-171  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.801088  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0003  recombination protein F  81.04 
 
 
367 aa  600  1e-170  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000153172  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0003  recombination protein F  54.72 
 
 
361 aa  379  1e-104  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0003  recombination protein F  48.19 
 
 
368 aa  350  3e-95  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000843052  unclonable  5.12174e-12 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0003  recombination protein F  43.33 
 
 
360 aa  310  3e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0384357  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0003  recombination protein F  44.44 
 
 
360 aa  306  3e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  hitchhiker  0.0042678 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0003  recombination protein F  44.44 
 
 
360 aa  306  3e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.133569  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0003  recombination protein F  44.44 
 
 
360 aa  306  4e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0851424  hitchhiker  1.17147e-09 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0010  recombination protein F  44.04 
 
 
360 aa  306  5e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0003  recombination protein F  44.44 
 
 
360 aa  305  9e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0977543  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0003  recombination protein F  44.17 
 
 
360 aa  303  2e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.029356  unclonable  2.00533e-11 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0003  recombination protein F  44.17 
 
 
360 aa  303  2e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.316978  hitchhiker  0.00705664 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0003  recombination protein F  43.89 
 
 
360 aa  304  2e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00706398  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0011  recombination protein F  43.61 
 
 
360 aa  301  2e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00668622  hitchhiker  1.41072e-09 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0003  recombination protein F  42.66 
 
 
360 aa  298  1e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0130388  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3716  DNA replication and repair protein RecF  40.44 
 
 
359 aa  295  6e-79  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.362635  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0015  recombination protein F  43.09 
 
 
360 aa  293  2e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00214178  hitchhiker  0.000779425 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0003  recombination protein F  42.38 
 
 
360 aa  291  9e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0188151  hitchhiker  5.23089e-05 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0003  recombination protein F  41.67 
 
 
365 aa  289  6e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00186248  hitchhiker  1.80359e-07 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00444  recombination protein F  42.62 
 
 
357 aa  288  1e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002007  DNA recombination and repair protein RecF  42.34 
 
 
359 aa  286  3e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0003677  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0003  recombination protein F  42.5 
 
 
360 aa  286  3e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  3.66734e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0008  recombination protein F  43.21 
 
 
360 aa  286  5e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0621721  hitchhiker  2.74736e-09 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0004  DNA replication and repair protein RecF  41.98 
 
 
373 aa  279  5e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.346024  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0003  recombination protein F  40.98 
 
 
361 aa  277  2e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0003  recombination protein F  41.8 
 
 
361 aa  276  4e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0661286  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0011  recombination protein F  39.61 
 
 
359 aa  276  5e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.10983  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0003  recombination protein F  41.26 
 
 
361 aa  275  1e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0385213  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0003  recombination protein F  40.98 
 
 
361 aa  275  1e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0110624  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2505  recombination protein F  41.1 
 
 
363 aa  273  2e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0488541  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0034  recombination protein F  40.88 
 
 
361 aa  272  8e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  9.27918e-06  normal  0.243305 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03583  recombination protein F  40.66 
 
 
357 aa  271  1e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.517201  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03527  hypothetical protein  40.66 
 
 
357 aa  271  1e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.367538  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3913  recombination protein F  40.66 
 
 
357 aa  271  1e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00221081  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4210  recombination protein F  40.66 
 
 
357 aa  271  1e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  8.37842e-06  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0003  DNA replication and repair protein RecF  40.66 
 
 
357 aa  271  1e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.877523  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5128  recombination protein F  40.66 
 
 
357 aa  271  1e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.010515  normal  0.212432 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0003  recombination protein F  40.66 
 
 
357 aa  271  1e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0566679  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4065  recombination protein F  40.66 
 
 
357 aa  271  1e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0837895  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4121  recombination protein F  40.44 
 
 
357 aa  268  9e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.976477  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4170  recombination protein F  40.44 
 
 
357 aa  268  9e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0248786  normal  0.357156 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4175  recombination protein F  40.56 
 
 
361 aa  268  1e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0239408  normal  0.0132322 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0003  recombination protein F  40.56 
 
 
361 aa  268  1e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4064  recombination protein F  40.44 
 
 
357 aa  268  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.146428  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4228  recombination protein F  40.44 
 
 
357 aa  268  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4048  recombination protein F  40.44 
 
 
357 aa  266  3e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.331316  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4225  recombination protein F  40.11 
 
 
357 aa  266  5e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.164466  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0003  recombination protein F  40.11 
 
 
357 aa  266  6e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  7.48335e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4151  recombination protein F  40.28 
 
 
361 aa  266  6e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000332755  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0138  recombination protein F  36.64 
 
 
358 aa  243  5e-63  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0003  RecF protein  40.22 
 
 
367 aa  242  9e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0312936  normal  0.12892 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0003  DNA replication and repair protein RecF  41.83 
 
 
360 aa  240  3e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0698954  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0003  DNA replication and repair protein RecF  39.39 
 
 
357 aa  239  5e-62  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  1.67718e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0003  DNA replication and repair protein  39.11 
 
 
357 aa  238  1e-61  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0109066  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0003  RecF recombinational DNA repair ATPase  37.43 
 
 
353 aa  233  5e-60  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0003  RecF recombinational DNA repair ATPase  37.13 
 
 
353 aa  231  2e-59  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0003  DNA replication and repair protein RecF  35.36 
 
 
363 aa  228  2e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0752559  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00005  Recombinational DNA repair ATPase  34.91 
 
 
338 aa  228  2e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  5.71812e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1225  DNA replication and repair protein RecF  40.22 
 
 
349 aa  214  2e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.193168  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0018  RecF protein  36.14 
 
 
363 aa  209  4e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0003  DNA replication and repair protein RecF  40.13 
 
 
362 aa  207  3e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  1.76519e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3031  DNA replication and repair protein RecF  38.9 
 
 
359 aa  205  8e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.51 
 
 
377 aa  203  4e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0003  DNA replication and repair protein RecF  39.34 
 
 
354 aa  203  4e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00180653  normal  0.423581 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0003  DNA replication and repair protein RecF  37.95 
 
 
357 aa  191  2e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.795799 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03481  recombination protein F  35.79 
 
 
365 aa  181  2e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0003  recombination protein F  34.32 
 
 
364 aa  181  2e-44  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.26612  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0003  recombination protein F  35.31 
 
 
364 aa  180  4e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0323054 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0003  recombination protein F  34.05 
 
 
364 aa  177  4e-43  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0185053  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.35 
 
 
404 aa  176  7e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00736355  unclonable  1.72391e-06 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0005  DNA replication and repair protein RecF  32.01 
 
 
402 aa  175  1e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.478589  hitchhiker  0.000458598 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.39 
 
 
359 aa  157  4e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00348761  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  31.35 
 
 
370 aa  155  1e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.56 
 
 
382 aa  152  1e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  27.42 
 
 
364 aa  147  2e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  28.42 
 
 
364 aa  147  3e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.42 
 
 
364 aa  145  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  30.27 
 
 
365 aa  141  2e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.63 
 
 
350 aa  139  7e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00329262  decreased coverage  0.000397503 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0002  DNA replication and repair protein RecF  30.63 
 
 
350 aa  139  7e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.617644  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.16 
 
 
372 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.16 
 
 
372 aa  135  8e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  28.76 
 
 
374 aa  134  2e-30  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.81 
 
 
382 aa  134  3e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  28.07 
 
 
369 aa  134  3e-30  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  31.21 
 
 
370 aa  131  2e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  3.69508e-07  hitchhiker  1.45417e-07 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  28.8 
 
 
365 aa  130  3e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  28.38 
 
 
368 aa  129  6e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.54 
 
 
369 aa  129  8e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0003  DNA replication and repair protein RecF  21.35 
 
 
362 aa  126  6e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  1.15018e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.83 
 
 
372 aa  126  6e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>