More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9819 on replicon NC_011986
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011986  Avi_9819  type IV system transglycosylase  100 
 
 
362 aa  749  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6404  lytic transglycosylase catalytic  71.07 
 
 
362 aa  544  1e-154  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0649822  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4561  lytic transglycosylase catalytic  63.54 
 
 
360 aa  451  1e-126  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.000593543  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4176  lytic transglycosylase, catalytic  56.07 
 
 
354 aa  387  1e-106  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0500833  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3978  lytic transglycosylase catalytic  34.33 
 
 
384 aa  135  1e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3643  lytic transglycosylase catalytic  30.81 
 
 
384 aa  134  2e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0752757 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3807  lytic transglycosylase, catalytic  61.11 
 
 
215 aa  133  4e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4119  Lytic transglycosylase catalytic  56.78 
 
 
280 aa  131  1e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  7.67564e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2744  lytic transglycosylase, catalytic  50 
 
 
228 aa  132  1e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3817  lytic transglycosylase, catalytic  35.27 
 
 
384 aa  131  1e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.315131  normal  0.0342532 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0975  Lytic transglycosylase catalytic  52.07 
 
 
261 aa  130  3e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.615186 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1100  soluble lytic murein transglycosylase and related regulatory protein  55.65 
 
 
174 aa  130  4e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1627  Lytic transglycosylase catalytic  51.67 
 
 
207 aa  130  4e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0815  Lytic transglycosylase catalytic  54.31 
 
 
235 aa  130  4e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.328303  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2905  lytic transglycosylase, catalytic  56.25 
 
 
237 aa  129  5e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.739036  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1424  lytic transglycosylase, catalytic  56.03 
 
 
191 aa  129  6e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0284128  normal  0.0259883 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0046  Lytic transglycosylase catalytic  55.86 
 
 
244 aa  127  2e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.616891  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1608  lytic transglycosylase, catalytic  52.38 
 
 
206 aa  127  3e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1605  lytic murein transglycosylase  55.36 
 
 
202 aa  126  5e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.914455  normal  0.613396 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2464  lytic transglycosylase, catalytic  51.54 
 
 
442 aa  125  8e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.329237 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1380  Lytic transglycosylase catalytic  50 
 
 
234 aa  125  1e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00033505 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0772  Lytic transglycosylase catalytic  51.67 
 
 
196 aa  125  1e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1655  Lytic transglycosylase catalytic  57.01 
 
 
368 aa  125  1e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.055455  normal  0.208807 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2337  Lytic transglycosylase catalytic  52 
 
 
204 aa  124  2e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0452  lytic transglycosylase, catalytic  56.9 
 
 
204 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0428943 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2511  lytic transglycosylase, catalytic  51.26 
 
 
217 aa  124  3e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0393  lytic transglycosylase, catalytic  52.68 
 
 
305 aa  124  3e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.168274  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0352  lytic transglycosylase  51.79 
 
 
273 aa  124  3e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1873  lytic transglycosylase catalytic protein  51.2 
 
 
204 aa  122  1e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.249488  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1632  Lytic transglycosylase catalytic  51.72 
 
 
222 aa  121  2e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0239259  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3650  lytic transglycosylase, catalytic  53.1 
 
 
243 aa  120  3e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0050  lytic transglycosylase, catalytic  52.59 
 
 
211 aa  120  4e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5361  lytic transglycosylase, catalytic  41.5 
 
 
333 aa  120  4e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.716209 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1886  lytic transglycosylase, catalytic  57.14 
 
 
189 aa  119  6e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.158781  normal  0.249624 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0440  lytic transglycosylase, catalytic  55.17 
 
 
204 aa  119  7e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1794  putative lytic transglycosylase  55.17 
 
 
204 aa  119  7e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.391793  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1727  transglycosylase, SLT family  49.56 
 
 
261 aa  118  1e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  2.65036e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1537  soluble lytic murein transglycosylase  48.67 
 
 
261 aa  117  2e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000696816  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0973  Lytic transglycosylase catalytic  51.3 
 
 
318 aa  118  2e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1707  Slt family transglycosylase  48.67 
 
 
261 aa  117  2e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2003  Lytic transglycosylase catalytic  46.83 
 
 
217 aa  118  2e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1758  transglycosylase, SLT family  48.67 
 
 
261 aa  117  2e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1583  Slt family transglycosylase  48.67 
 
 
261 aa  117  2e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00492296  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1548  soluble lytic murein transglycosylase  48.67 
 
 
261 aa  117  3e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  2.33422e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1946  soluble lytic murein transglycosylase precursor  42.07 
 
 
297 aa  117  3e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.378225  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1836  transglycosylase, SLT family  48.67 
 
 
259 aa  117  3e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  5.72163e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1781  Slt family transglycosylase  48.67 
 
 
261 aa  117  4e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0369322  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2959  lytic transglycosylase catalytic  52.68 
 
 
280 aa  117  4e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1881  lytic transglycosylase catalytic  42.07 
 
 
297 aa  116  5e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.520099  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3617  transglycosylase, SLT family  48.67 
 
 
261 aa  116  5e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  2.81259e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00442  soluble lytic murein transglycosylase  49.11 
 
 
328 aa  116  5e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.129314  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1826  lytic murein transglycosylase, putative  38.97 
 
 
202 aa  116  5e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287682  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2981  lytic transglycosylase, catalytic  50.46 
 
 
438 aa  116  6e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1321  lytic murein transglycosylase, putative  47.83 
 
 
188 aa  116  7e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2442  Lytic transglycosylase catalytic  42.47 
 
 
245 aa  116  7e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3562  transglycosylase SLT domain-containing protein  50.93 
 
 
226 aa  116  7e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0827  lytic transglycosylase, catalytic  51.72 
 
 
206 aa  115  9e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2791  lytic transglycosylase catalytic  48.72 
 
 
197 aa  115  1e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.504732  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1953  lytic transglycosylase, catalytic  49.17 
 
 
203 aa  114  2e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  5.18233e-15  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2486  lytic transglycosylase, catalytic  49.59 
 
 
198 aa  114  2e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  4.27479e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1376  lytic transglycosylase catalytic  48.67 
 
 
238 aa  114  2e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  4.77614e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1584  lytic transglycosylase catalytic  47.79 
 
 
261 aa  115  2e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.166498  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3830  lytic transglycosylase, catalytic  49.56 
 
 
239 aa  114  3e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.582426 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4660  transglycosylase SLT domain-containing protein  50.44 
 
 
239 aa  114  3e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3860  lytic transglycosylase, catalytic  50 
 
 
329 aa  114  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3923  lytic transglycosylase, catalytic  49.56 
 
 
239 aa  114  3e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4039  lytic transglycosylase, catalytic  49.56 
 
 
239 aa  114  4e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1769  lytic transglycosylase, catalytic  47.58 
 
 
189 aa  113  4e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4205  Lytic transglycosylase catalytic  49.12 
 
 
251 aa  113  5e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1871  lytic transglycosylase, catalytic  48.21 
 
 
281 aa  113  5e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  1.00876e-10  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4378  lytic transglycosylase catalytic  49.12 
 
 
251 aa  113  5e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4244  lytic transglycosylase catalytic  49.12 
 
 
251 aa  113  6e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0754  lytic transglycosylase, catalytic  53.98 
 
 
291 aa  113  6e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.970703  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2404  Lytic transglycosylase catalytic  43.48 
 
 
216 aa  112  1e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1036  Lytic transglycosylase catalytic  49.17 
 
 
202 aa  112  1e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.962851 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1300  Lytic transglycosylase catalytic  50.89 
 
 
218 aa  111  1e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0023245  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1332  Lytic transglycosylase catalytic  44.37 
 
 
194 aa  112  1e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0695277  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1294  Lytic transglycosylase catalytic  59.14 
 
 
199 aa  111  1e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4054  lytic transglycosylase catalytic  49.56 
 
 
247 aa  111  2e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2210  lytic transglycosylase, catalytic  56.6 
 
 
218 aa  111  2e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0748  lytic transglycosylase, catalytic  46.55 
 
 
146 aa  110  3e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00376609  normal  0.892869 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1360  Lytic transglycosylase catalytic  50.93 
 
 
304 aa  110  4e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0159  lytic transglycosylase, catalytic  49.56 
 
 
245 aa  110  4e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3422  lytic transglycosylase  43.41 
 
 
197 aa  110  5e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2441  lytic transglycosylase, catalytic  46.28 
 
 
300 aa  110  5e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0168706  normal 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3565  Lytic transglycosylase catalytic  45.38 
 
 
158 aa  109  6e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2518  lytic transglycosylase catalytic  45.45 
 
 
224 aa  109  7e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.116955 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0517  lytic transglycosylase, catalytic  49.15 
 
 
208 aa  109  8e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2340  lytic transglycosylase, catalytic  43.41 
 
 
218 aa  109  8e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0096  lytic transglycosylase, catalytic  47.37 
 
 
249 aa  108  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3607  lytic transglycosylase, catalytic  48.21 
 
 
326 aa  108  1e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2149  lytic transglycosylase, catalytic  41.29 
 
 
191 aa  108  1e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.213234  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1154  lytic transglycosylase, catalytic  44.63 
 
 
283 aa  108  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.40288  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2105  Lytic transglycosylase catalytic  48.78 
 
 
212 aa  107  3e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0670803  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0443  lytic transglycosylase, catalytic  54.55 
 
 
218 aa  107  4e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.270121  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1919  Lytic transglycosylase catalytic  44.19 
 
 
199 aa  106  6e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1800  lytic transglycosylase, catalytic  46.67 
 
 
242 aa  106  7e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.272775  normal  0.55672 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28610  lytic transglycosylase  50.45 
 
 
201 aa  106  8e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0527  Lytic transglycosylase catalytic  43.41 
 
 
155 aa  105  8e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.193488 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3973  lytic transglycosylase catalytic  54.55 
 
 
204 aa  105  9e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>