70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9815 on replicon NC_011986
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011986  Avi_9815  Type IV secretory pathway component VirB8  100 
 
 		 230 aa  474  1e-133  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6400  VirB8 family protein  81.22 
 
 		 231 aa  394  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4173  VirB8  69.57 
 
 		 231 aa  340  9e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.717202  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4558  VirB8 family protein  70.56 
 
 		 231 aa  332  4e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.837968  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4440  VirB8  53.39 
 
 		 238 aa  249  3e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5081  VirB8 family protein  33.03 
 
 		 223 aa  132  5e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.477403 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4341  VirB8  31.67 
 
 		 223 aa  130  1.0000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0342732  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0682  VirB8 family protein  31.8 
 
 		 223 aa  129  3e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.765146  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5004  VirB8 family protein  35.35 
 
 		 229 aa  125  5e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.04145  normal  0.518843 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0251  Type IV secretory pathway AvhB8 protein  34.55 
 
 		 223 aa  121  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6211  VirB8 family protein  34.6 
 
 		 244 aa  99.8  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0724347 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5023  VirB8 family protein  33.33 
 
 		 238 aa  99  5e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00032583  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4372  VirB8 family protein  31.58 
 
 		 228 aa  97.4  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.929771 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0176  cmgB8  29.19 
 
 		 225 aa  92.4  5e-18  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.579945  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6330  VirB8 family protein  29.15 
 
 		 251 aa  90.1  3e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5819  VirB8 family protein  27.95 
 
 		 240 aa  85.5  6e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0062  type IV secretion system protein VirB8  27.23 
 
 		 239 aa  82.8  0.000000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.622511  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0057  type IV secretion system protein VirB8  27.23 
 
 		 239 aa  82  0.000000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a016  conjugal transfer protein TraJ/VirB8  29.33 
 
 		 202 aa  81.6  0.000000000000009  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1142  VirB8 family protein  29.65 
 
 		 225 aa  79  0.00000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0036  cmgB8  29.33 
 
 		 220 aa  77  0.0000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1482  VirB8 family protein  27.57 
 
 		 227 aa  76.6  0.0000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.96706  n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0013  conjugal transfer protein TraG  31.03 
 
 		 245 aa  76.6  0.0000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.734906 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2448  VirB8 family protein  26.61 
 
 		 351 aa  75.9  0.0000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0158  hypothetical protein  26.96 
 
 		 238 aa  73.9  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0027  conjugal transfer protein  30.17 
 
 		 263 aa  73.2  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0176  hypothetical protein  26.81 
 
 		 238 aa  73.6  0.000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3526  type IV secretion system protein VirB8  26.2 
 
 		 233 aa  70.9  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0022  VirB8  24.19 
 
 		 234 aa  68.6  0.00000000008  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0004  type IV secretion system protein VirB8  27.32 
 
 		 226 aa  66.2  0.0000000004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.2066  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0044  type IV secretion system protein VirB8  23.83 
 
 		 237 aa  65.9  0.0000000005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.677049  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0167  VirB8 family protein  27.47 
 
 		 252 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.42485 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0043  TriG protein  28.14 
 
 		 228 aa  63.2  0.000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0453  putative type IV secretion system protein VirB8/TraJ  28.44 
 
 		 248 aa  62  0.000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08208  conjugal transfer protein TraG  23.53 
 
 		 251 aa  59.3  0.00000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1681  type IV secretory pathway, VirB8 component  26.36 
 
 		 215 aa  58.9  0.00000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.944292  normal  0.516044 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0866  VirB8 family protein  24.67 
 
 		 290 aa  58.2  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3815  VirB8  26.21 
 
 		 217 aa  56.6  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.626186  normal  0.202746 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6500  VirB8 family protein  23.5 
 
 		 234 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6155  type IV secretion system protein VirB8  23.3 
 
 		 237 aa  55.8  0.0000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.141854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5235  Type IV secretory pathway component VirB8-like  26.13 
 
 		 243 aa  55.5  0.0000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0587868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3645  VirB8 family protein  25.73 
 
 		 218 aa  54.3  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0668357 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3980  VirB8 family protein  28.26 
 
 		 217 aa  54.3  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.505603  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0743  type IV secretion system protein VirB8  22.54 
 
 		 225 aa  54.3  0.000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.123986  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2652  putative type IV secretion system protein VirB8/TraJ  25.91 
 
 		 234 aa  53.5  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4848  VirB8  24.51 
 
 		 234 aa  52.4  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3318  VirB8 family protein  24.51 
 
 		 234 aa  52.4  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4197  VirB8 family protein  23.88 
 
 		 234 aa  50.8  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.388969  normal  0.861265 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1759  putative type IV secretion system protein VirB8/TraJ  25.98 
 
 		 239 aa  50.1  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0117754  normal  0.26092 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0097  pilx8 protein  28.74 
 
 		 237 aa  48.9  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0330769  normal  0.561395 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7530  VirB8 family protein  26.24 
 
 		 283 aa  48.1  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.587381  normal  0.0751978 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2824  Type IV secretory pathway TrbF protein-like protein  26.02 
 
 		 260 aa  47.4  0.0002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0113  TriG protein  25.57 
 
 		 228 aa  47  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7350  Type IV secretory pathway component VirB8 protein-like protein  23.29 
 
 		 299 aa  47.4  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.160326 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1557  conjugal transfer protein TrbF  26.94 
 
 		 234 aa  46.6  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000776204  normal  1 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4270  conjugal transfer protein TrbF  23.79 
 
 		 260 aa  45.4  0.0008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.117817  normal  0.0324718 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2357  conjugal transfer protein TrbF  25.7 
 
 		 234 aa  44.7  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.109686  normal  0.258524 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6506  conjugal transfer protein TrbF  23.35 
 
 		 260 aa  44.7  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6631  conjugal transfer protein TrbF  23.35 
 
 		 260 aa  44.7  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2577  conjugal transfer protein TrbF  25.23 
 
 		 234 aa  43.5  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.756433  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35650  conjugal transfer protein TrbF  24.41 
 
 		 234 aa  43.9  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.109489  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2011  conjugal transfer protein TrbF  26.73 
 
 		 234 aa  43.9  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.264252  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2651  conjugal transfer protein TrbF  25.12 
 
 		 234 aa  43.1  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0552472  normal  0.84636 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1323  conjugal transfer protein TrbF  27.06 
 
 		 234 aa  42.7  0.004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.30693  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3699  conjugal transfer protein TrbF  26.61 
 
 		 234 aa  42.7  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.084309  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30870  conjugal transfer protein TrbF  26.61 
 
 		 234 aa  42.4  0.007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000177985  unclonable  2.25295e-22 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2692  conjugal transfer protein TrbF  24.65 
 
 		 234 aa  42.4  0.007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0792392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3499  conjugal transfer protein TrbF  25.46 
 
 		 234 aa  42  0.008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4254  Type IV secretory pathway component VirB8-like  22.78 
 
 		 247 aa  42  0.008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5457  Type IV secretory pathway component VirB8-like  24.62 
 
 		 256 aa  41.6  0.01  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0195796 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>